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农村土地承包经营权登记后的权属争议时有发生，阿宇总结一般存在两个阶段四种情况，各阶段的确权处理主体不同。

一、登记确权。该阶段主要存在“登记错误”、“未实际取得土地承包经营权”等问题。根据原《农村土地承包法》第十一条（现第十二条）规定，第二十三条规定：“县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。”据此，曾经的土地承包经营权确权机关有：县级人民政府、县级农村土地承包管理部门、同级人民政府。

而2018年对农村土地承包法的第二次修正中，已经将该条内容修正为第二十四条：“国家对耕地、林地和草地等实行统一登记”，即确权登记是由国家统一进行。《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十条规定：“农村土地承包经营权证登记簿、承包合同登记及其他登记材料，由县级以上地方农业行政主管部门管理。”因此，现土地承包经营权确权机关包括县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门。

登记确权中容易发生纠纷的二种情形：情况一，登记错误。农村土地承包当事人认为农村土地承包经营权证和登记簿记载错误的，有权申请更正。因此，当事人可以直接向 乡（镇）人民政府农村经营管理部门提出更正申请。情况二，未实际取得土地承包经营权。此情形当事人应当向有关行政主管部门申请，而不是通过诉讼。根据《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》：同一农村土地承包户内成员因未实际取得土地承包经营权提起民事诉讼的，法院应当告知其向有关行政主管部门申请解决；坚持诉讼的，依法裁定驳回起诉。二、权属争议的确权。该阶段主要存在“一地二包”、“权属纠纷”等情形。《土地权属争议调查处理办法》第十四条规定，农村土地承包经营权争议案件不属于土地权属争议受案范围，不属于由人民政府先行处理的土地确权案件的受案范围。人民政府将农村土地承包经营权争议作为土地确权案件作出确权处理决定的，属于超越职权的违法行政行为。据此，如果农村土地承包经营权已经登记了的情形下，相关的权属争议就不属于行政纠纷、不是行政案件了，镇政府无权确权，而是属于合同纠纷、民事案件。虽然当事人无法进行行政诉讼，但可以选择协商解决或请求调解，或者向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起民事诉讼。权属归属问题容易发生纠纷的二种情形：情况三“一地二包”、情况四“权属纠纷”，它是前后两个土地承包合同的效力、当事人之间的权属纠纷问题，当事人可以要求发包人(村集体经济组织)协调解决，或通过仲裁或民事诉讼的途径确定合同的效力，以合同的效力确定权属的归属，此时农村土地承包经营权权属的归属就由法院来确定。法律依据：《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》

第十条  农村土地承包经营权证登记簿、承包合同登记及其他登记材料，由县级以上地方农业行政主管部门管理。农村土地承包方有权查阅、复制农村土地承包经营权证登记簿和其他登记材料。县级以上农业行政主管部门不得限制和阻挠。

第十五条  办理农村土地承包经营权变更申请应提交以下材料： （一）变更的书面请求； （二）已变更的农村土地承包合同或其它证明材料； （三）农村土地承包经营权证原件。

第十六条  乡（镇）人民政府农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核。符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。

第十七条 农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的；承包方应向乡（镇）人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。经乡（镇）人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。

《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》

第一条 下列涉及农村土地承包民事纠纷，人民法院应当依法受理：(一)承包合同纠纷;(二)承包经营权侵权纠纷;(三)承包经营权流转纠纷;(四)承包地征收补偿费用分配纠纷;(五)承包经营权继承纠纷。集体经济组织成员因未实际取得土地承包经营权提起民事诉讼的，人民法院应当告知其向有关行政主管部门申请解决。集体经济组织成员就用于分配的土地补偿费数额提起民事诉讼的，人民法院不予受理。

《农村土地承包法》

第十二条 国务院农业农村、林业和草原主管部门分别依照国务院规定的职责负责全国农村土地承包经营及承包经营合同管理的指导。县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门分别依照各自职责，负责本行政区域内农村土地承包经营及承包经营合同管理。乡（镇）人民政府负责本行政区域内农村土地承包经营及承包经营合同管理。

第二十四条 国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。土地承包经营权证或者林权证等证书应当将具有土地承包经营权的全部家庭成员列入。登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用。

第五十五条　因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。 当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。

《土地权属争议调查处理办法》

第二条 本办法所称土地权属争议，是指土地所有权或者使用权归属争议。 第十四条 下列案件不作为争议案件受理： (一)土地侵权案件； (二)行政区域边界争议案件； (三)土地违法案件； (四)农村土地承包经营权争议案件； (五)其他不作为土地权属争议的案件。