秦桧害死39岁的岳飞后，风光活了13年。在高宗去他家探视病情时，秦桧默默流泪，秦桧的这种表现并非“人之将死，其言也善”，他并没有在自己将死的时候，后悔自己的恶行，而是在临死时还在玩着花招。
秦桧本性很自私阴险恶毒，从他害死岳飞的手段便知。绍兴十一年（1141年）十月，秦桧让谏官万俟卨弹劾岳飞，让张俊诬告岳飞部将张宪谋反，抓走张宪，对其动用私刑逼供，岳飞父子被押送大理寺岳（原址在今杭州小车桥附近）狱中。当时的金国因无力攻灭南宋，退而求其次提出与宋议和，秦桧从个人利益出发积极响应。
完颜宗弼在给秦桧的书信中提出一个条件必须先杀了岳飞才能议和：“尔朝夕以和请，而岳飞方为河北图，且杀吾婿，不可以不报。必杀岳飞，而后和可成也。”
而宋廷想借机打压手握重兵的将领，特别是主战派的岳飞、韩世忠二人，秦桧明白了朝廷的意思，就立刻加速了残害岳飞的步伐。
“不是一家人不进一家门”，秦桧的老婆王氏也是个阴险毒辣的人，他提出要对岳飞斩草除根，秦桧毫不犹豫地听从，暗暗对岳飞重手出击。
秦桧让党羽万俟卨、罗汝楫弹劾，诬蔑岳飞援淮西“逗留不进”、主张“弃守山阳（楚州）”，使岳飞被罢枢密副使之职，接着诬告岳飞，给他罗列罪名，说岳飞曾说自己和宋太祖都是三十岁任节度使，谩侮先皇、意图谋反！大家都知道宋太祖是黄袍加身夺取的江山，得位不正，宋朝后来的统治者因而最忌讳自己的武将走这条路，秦桧这样说岳飞就是想给他扣上谋朝篡位的罪名，秦桧怕这样还弄不死岳飞，又以受诏不救淮西等罪名，他在淮西之战中罗列罪名有四：一、逗遛违诏，二、辞以乏粮，三、不携重兵，四、缓於救濠，条条都是死罪，秦桧自编自演最终的目的就是让岳飞毫无生还之机。
秦桧罗列的这些栽赃的说辞，根本站不住脚，一些朝廷官员看不下去，起来为岳飞鸣冤辩护，结果都被秦桧打压处置。秦桧利用自己的权力，大肆打压异己，让整个朝廷都成了他的傀儡。那些反对他的人，轻则被贬官流放，重则丢了性命，整个南宋朝廷被他搞得乌烟瘴气。
例如大理寺丞李若朴、何彦猷认为岳飞无罪，被罢官；
宗正卿赵士㒟以全家百口人的性命担保岳飞无罪，被秦桧报复遭革职并逐出临安。
文士智浃、布衣刘允升、范澄之等也分别上书为岳飞申冤，但都受到株连，刘允升被下大理寺处死，智浃、范澄之后来都死于流放地。
最终，秦桧以 “莫须有”的罪名，将被打得遍体鳞伤的岳飞赐死狱中，将岳飞的长子岳云和爱将张宪拉到菜市场砍头。
岳飞的冤死引起全国百姓的悲痛、惋惜、哭泣哀嚎声一片，百姓们纷纷感叹 “奈何生在乱世人”，可也只能恨自己人微言轻对此无能为力。
因为这幕后的支持者不是一般人，秦桧赵构君臣二人之间有着赤裸裸的交易，有些事、有些人赵构不便直接露头的，秦桧就露头，赵构不便出手的秦桧就出手。
害死岳飞后，秦桧在朝廷中更加肆无忌惮。
就在岳飞刚被害死后，宋金《绍兴和议》的手续彻底完成并实施，宋金遵照协议，让徽宗及显肃皇后、宪节皇后的灵柩运至行都，太后还慈宁宫。
为了表彰秦桧的“功劳”赵构对秦桧封官加爵，先是封秦桧为太师，进封魏国公，之后不到一个月接着进封秦、魏两国公，秦桧继子秦熺进士及第。
和议已成定局，得胜的秦桧更加嚣张，他如风卷云涌般地报复之前反对自己的人，那些主战派一个个都遭了殃，秦桧贬号称“小元祐”的赵鼎于潮州，后来将年过花甲之年的赵鼎逼得绝食而死；贬主战派王庶于道州，王庶刚到被贬地就一命呜呼，估计被秦桧下了毒手；胡铨被贬于新州（今广东新兴）管制，永不录用，后来再被贬至吉阳军（今海南三亚市崖州区）；曾开、李弥逊、张俊等也被罢官。
岳飞被害死后的第一年（1143年），秦桧为掩盖自己的罪行，为愚弄天下万民，秦桧借助天象和各种地理气象来粉饰太平，甚至制造假象。天降大雪时他就装模做样地庆贺瑞雪，看到楚州奏盐城县海水清澈，就奏请朝廷庆祝；当听闻虔州知州薛弼说在木头内发现文字“天下太平年”，秦桧更加弄虚作假，天天上祥报，除了向天下疯狂输出各种“喜讯”和“祥瑞”，另外在不停地打击排斥异己，例如曾上疏弹劾秦桧十大罪状，后来又为岳飞辩护的胡舜陟遭秦桧报复逼死在狱中；宋高宗亲选的状元郎张九成拒绝求和被秦桧屡次报复，被贬谪居南安军（今江西大余）……
岳飞被害死的第二年，也就是绍兴十四年（1144年），秦桧兴风作浪大兴文字狱，无论是谁只要和秦桧言语不和就会遭殃，例如因言获罪者有黄龟年、白锷、张伯麟、解潜、辛永宗等，赵鼎、李光都被再次流放到海岛。
接着秦桧罢免吴表臣，之前在宋、金达成和议时，吴表臣就得罪了秦桧，秦桧想派吴表臣出使，议定地界，并指政事堂为饵，被吴表臣拒绝了，后来又因普安郡王（赵伯琮）封典与秦桧意见不合，吴表臣被罢官；因立嗣一事苏符（苏轼的孙子）等人也遭秦桧打击。
秦桧比秦国的赵高过犹不及，类似“指鹿为马”的场景在朝廷不断上演，秦桧身边出现一批趋炎附势的小人，例如台州曾惇为献诗，称秦桧为“圣相” 许多跟风献媚的官员如苍蝇般向秦桧涌来，纷纷上书拍秦桧的马屁，将他捧上超越古代圣贤的地位，有人竟称他为“元圣”。秦桧的权势为他自己和他的家族带来无尽的福利和荣耀，秦桧让养子秦熺任秘书少监，让他负责撰修国史；还明目张胆地焚毁自罢相以来涉及自己的所有诏书和奏章，企图掩盖自己作恶的证据。
在岳飞被害死的第三年，赵构对秦桧全家大加封赏，他赏赐秦桧府第，对秦桧的家眷都加封官职。高宗将亲笔题写的“一德格天”的匾额赐给秦桧，给他特别的荣耀，赵构赐的这几个字出自宋代曹勋的《政府生日四首》“一德格天瞻相业，密不雨协郊禋。”。回想以前高宗曾为岳飞亲笔书写“精忠岳飞”四个大字并制成锦旗送给岳飞，岳飞的精忠更加宋朝上下家喻户晓。当时高宗送秦桧匾额，就是向天下宣告，秦桧所做的一切是被赵构认可的，天下也应认可。
岳飞被害死的第四年，秦桧建家庙，高宗赐给他祭器，给足了秦桧脸面，帝王赐将相祭器这在历史上还是头一遭。到目前为止，秦桧仍没有停止对异己的重力打击，张九龄之弟张九皋的后代张浚上疏进言说形势严峻、要早作预备，并上奏备战抗金，秦桧得知后大怒，削其兵权，将他贬至连州。
《宋史》卷473：十六年正月，桧立家庙。三月，赐祭器，将相赐祭器自桧始……张浚上疏，言："今事势如养大疽于头目心腹之间，不决不止，愿谋为豫备。不然，异时以国与敌者，反归罪正议。"桧久憾浚，至是大怒，即落浚节钺，贬连州，寻移永州。
岳飞被害死的第五年，秦桧被封为益国公。秦桧的异己越来越少，献媚的人在逐渐增长，进士施锷上文歌颂时政，秦桧看到大大喜欢，永免其文解，这等于为他以后的考试免去很多麻烦。也就是说施锷以后参加中央考试可以不用审核地方官给予文解的证明文书之类。从此对秦桧颂咏献媚的人越来越多，当时整个朝廷黑白颠倒，谎话飞满天。
岳飞被害死的第六年，秦桧继续打击异己，将门之后李显忠因上奏恢复中原，被秦桧嫉恨削去军职。
岳飞被害死的第七年，秦桧的人生达到巅峰，高宗命人为秦桧制画像，并厚颜无耻地亲自对秦桧做赞；当秦桧听到各郡都上奏说监狱已空，秦桧为堵天下悠悠之口再次禁私撰野史，允许民间告发对自己不利的口舌。
岳飞被害死后的第八年，久积在心的民怨终于爆发，正月里的一天，就在秦桧上朝的路上，殿司小校施全拿着利刃挡在秦桧的轿子前，要刺杀秦桧，秦桧的跟随奋力抵抗，施全因寡不敌众被拿下，过审后在闹市被处死。
虽然秦桧没有被刺杀，但是这次刺杀在精神上给秦桧以重击，秦桧从此有了心里阴影，特别惧怕死亡，他只要出门就一定带上侍卫，夜间有时会被噩梦惊醒；紧接着秦桧对异己的打击更加丧心病狂：
李光的次子李孟坚右承务郎，因讥谤朝政，引起秦桧不满，秦桧随便找了个理由说他撰写自己老爹的私史，对其罢官除名贬至峡州，连坐八人。
紧接着秦桧以“诽谤”罪论处汪大圭，刘纪中、惠俊等人，而对于秦桧的恶行，高宗继续纵容，秦桧生了病，高宗允许他乘轿上朝、免朝拜礼。
岳飞被害死的第十年，秦桧在言论上更加敏感，一言不合就以诽谤罪论处，以“诽谤朝政罪”制造王庶两个儿子王之奇和王之荀、叶三省、杨炜、袁敏求四大冤狱案。王庶反对议和被秦桧逼死在被贬的路上，这还不算完，秦桧又对其两个儿子赶尽杀绝。
岳飞被害死的第十一年，秦桧奏请高宗将不利于自己的证据毁灭掉，他让高宗从台州谢伋家收回綦崈礼所受的圣旨也就是秦桧第一次被罢相的圣旨，距离此时已经有22年之久。
当时秦桧和吕颐浩共掌朝政，吕颐浩刚正有骨气，和抗金名将张浚、韩世忠等是好友，早就看不惯秦桧的小人嘴脸。秦桧知道吕颐浩就是自己仕途的绊脚石，就密谋夺吕颐浩权，他让党羽造谣说：“周宣王修内政、攘外敌，故能中兴，今二相应分管内政外政。”高宗听信秦桧的谗言，诏命吕颐浩去管军旅，秦桧专管政务。
吕颐浩不甘让小人拿捏，就让黄龟年弹劾秦桧，将秦桧的卑鄙技俩公布朝廷，揭示他专主和议，破坏恢复，结党专权，说秦桧就如王莽、董卓之类。不久，秦桧党羽皆被罢出尚书省。接着高宗召綦崈礼入宫奏对，拿出秦桧所陈二策给他看（河北人还金国，中原人还刘豫）。并说：“秦桧说‘南人归南，北人归北’。朕是北人，将归哪儿？秦桧又说‘为相数月，可耸动天下’，朕至今也没看到。”綦崈礼就把高宗的意思写入训辞，布告中外。随后，高宗降诏，罢去秦桧相位，任为观文殿学士，提举江州太平观，并张榜朝廷，以示不再复用。
秦桧一辈子都在算计别人，没想到自己当宰相才几个月就被被人弹劾罢相，并将自己揭露得体无完肤，这对秦桧来说是一生的耻辱，他如今一手遮天，根据他的低劣人性自然想将这段不利于自己的历史抹去。
岳飞被害死的第十二年，自知寿命不长的秦桧更加着重培养提拔子孙，他的孙子秦埙（xūn）以锁厅试和省试第一的身份参加殿试，这次“锁厅试”的主考是陈之茂，秦桧为了让自己孙子得第一，开考前秦桧多次向陈之茂暗示，陈之茂看不惯秦桧那一套，他就将29岁的陆游判定为第一名，不过畏于秦桧的权威，还是将秦桧的孙子排了第二。“锁厅试”结束后，举行省试，主考官是秦桧的亲信御史中丞魏师逊、礼部侍郎兼大学士汤思退，结果秦埙为第一，陆游下了榜。
在进行殿试时，赵构亲自主持的考试，他选出第一名就是状元，当高宗读到秦埙的文章，发现其行文语气与秦桧毫无二致，就钦点张孝祥为状元，降秦埙为第三（探花）。
不过由于秦桧的运作，秦埙被任为实录院修撰，宰相子孙同领史职，前所未有。
岳飞被害死后的第十三年，沈长卿和芮烨共赋《牡丹诗》，被邻人告发，皆被贬；对秦桧赋诗献媚的知府吕愿中被召用。这时竟然有人奏请秦桧乘金根车（天子法驾，所乘曰金根车，驾六龙，以御天下）、设益国府官署、加九锡，秦桧泰然受之。
不久，秦桧病重，八月，宋太祖赵匡胤的五世孙赵令衿无意冒犯秦桧，在会宾客观看权相秦桧祖祠时说过“君子之泽，五世而斩”，而遭秦桧爪牙诬告，被投入大牢。御史徐喜揭发赵鼎之子赵汾与赵令衿关系密切，被送入大理寺。秦桧对赵鼎、张浚和胡寅深恶痛绝，赵鼎已死，秦桧就让赵汾自诬与张浚、胡寅谋划叛乱，企图将他们一网打尽，受牵连者达53人。秦桧当时病得手无提笔之力，无法写字，这些人才捡回小命。
《宋史》卷473：赵令衿观桧《家庙记》，口诵"君子之泽，五世而斩"，为汪召锡所告。御史徐嚞又论赵鼎子汾与令衿饮别厚赆，必有奸谋，诏送大理，拘令衿南外宗正司。桧于一德格天阁书赵鼎、李光、胡铨姓名，必欲杀之而后已。鼎已死而憾之不置，遂欲孥戮汾。桧忌张浚尤甚，故令衿之狱，张宗元之罢，皆波及浚。浚在永州，桧又使其死党张柄知潭州，与郡丞汪召锡共伺察之。至是，使汾自诬与浚及李光、胡寅谋大逆，凡一时贤士五十三人皆与焉。狱成，而桧病不能书。
秦桧害死岳飞后一边往自己脸上贴金，一边打压排斥异己，坏事做尽，身上背着成百上千的人命债，一步步走向死亡，他突然病倒，很严重，濒临死亡那种。
对于秦桧将死的消息，赵构甚至有些不相信，他佯装关切去探望病情，一探虚实。
赵构是忌惮秦桧的，秦桧的阴险、恶毒赵构尽收眼底，甚至感觉“驾驭不了”秦桧。他自己曾说，只要和秦桧见面都要在靴子里暗藏匕首自卫。其实赵构在岳飞被害中是主谋，他不过是暗地操作，让朝臣抓不到把柄，只会看到秦桧在把持朝政冤杀大将，赵构说因惧怕秦桧而鞋子藏刀自保，说秦桧权势滔天，擅自处理奏折等等，都是围着“撇干净杀岳飞”的真相而已。
绍兴二十五年（1155年）十月二十一日，高宗去秦桧家探视病情，秦桧躺在床上，脸色苍白，气息微弱，无一语，只流泪而已。在生命的最后一刻秦桧还想和赵构做交易，无奈自己已无资本，甚至连说话的能力都没有了，只好用眼泪来试图换取“老搭档”的同情，他想让赵构满足自己最后的心愿让自己的“儿子”秦熺袭宰相之职。
秦桧满脸泪流是想也只能用这样的招数让赵构对自己多年来的背锅“害死岳飞”给予最后的补偿。
高宗看到秦桧马上就一命呜呼，确定他将不再对自己构成任何威胁时，就直接命沈虚中草拟秦桧父子的致仕制书（辞官书）。当夜，秦熺派秦埙同林一飞、郑木冉见台谏官徐喜、张扶，策划自己的拜相事宜，但这一切都是徒劳。就在秦桧闭眼的前几个小时，赵构加封秦桧为建康郡王，进秦熺为少师，皆致仕（“还禄位於君”）。
当晚，秦桧带着失望，带着遗憾愤恨而死，终年66岁。至于宋高宗亲自为秦桧坟墓题写神道碑额，题字：“决策元功，精忠全德”，把秦桧当作大功臣、大忠臣表彰，让秦桧死后备哀荣，也不过是掩盖自己当年幕后害死岳飞的真相罢了。
秦桧在岳飞死后，虽然一度权势滔天，但他的罪行终究被人们所揭露，岳飞的死让他背负了千古骂名，他在朝中结党营私，贪污腐败，残害忠良，这些行径引起了公愤，他的罪行永远不会被人们忘记，岳飞庙内秦桧夫妇的跪像已经定格在世人心里，秦桧的罪恶正如朱熹所说：“秦桧之罪所以上通于天，万死而不足以赎买。”
