建文帝朱允炆是明太祖朱元璋的孙子，已故太子朱标的长子。朱元璋早年立长子朱标为皇太子，但是后来由于朱标早逝。朱元璋便改封长孙朱允炆为为皇太孙。让其在自己百年之后，继承皇位。但是，对于朱元璋的这种安排，有一个人极为不满，他就是朱元璋的四儿子、燕王朱棣。
朱棣在朱元璋的众多儿子中才华最为出众，而且胸怀大志。起初他对父皇选立长兄朱标为太子不好说什么，单是朱标死后，朱元璋又立懦弱无能皇长孙朱允炆为太子，却引起了朱棣的强烈不满，他数次在朱元璋的面前诋毁朱允炆如何如何无能懦弱，绝非可托天下之人。
洪武三十一年（公元1398年）七十一岁的朱元漳去世，由二十一岁的皇孙朱允继位，年号建文，后世也称为明惠帝。
朱元璋在位之时，他先后分封自己的子孙为藩王，这些分封藩王都手握重兵，称霸一方，朱元璋在世之时，还老老实实。但朱元璋死后，他们根本不把懦弱无能的建文帝放在眼里，不服从朝廷指令。为了解决地方藩王对朝廷的威胁，建文帝采纳了齐泰、方孝孺等人的建议，实行削藩的政策。建文帝厉行削藩，地方藩王纷纷被削夺爵位，抑或被废为平民，抑或被禁为囚徒，闹得是沸沸扬扬，怨声载道。
燕王朱棣早就有起兵反叛，夺取帝位之心，苦于没有借口，这次削藩弄得天下诸侯怨声载道，对燕王来说简直是一个千载难逢的好机会。建文元年(1399年)七月，燕王朱棣以清君侧、讨伐齐泰、黄子澄为名起兵北平，发动了历史上有名的“靖难之役”。
燕王起兵之后，建文帝急忙征调各地方的军队入京勤王。但是，由于削藩以来，地方诸侯已被他得罪殆尽，所以，地方诸侯都投靠了燕王，背叛建文帝。就这样，燕王的军队没费多大的力气，很快就打到了南京城。1399年6月12日，被建文帝免罪不杀的曹国公李景隆打开了金川门，迎接燕王进城。此时，守卫南京的20万大军，不战而降，朱棣一举攻下了南京城。
建文帝见大势已去，下令火烧皇宫。燕王朱棣攻入皇宫之后，没有找到建文帝，宫里的太监说建文帝在万般无奈之下，跳入火中自焚了，并从火堆里找出一具尸体指认说是建文帝。朱棣假惺惺的痛哭一番，说自己只是要清理奸臣，并不是要皇上死。
此后，有关惠帝已经出逃的传闻颇多，明成祖朱棣对此总是不放心，废墟中的那具焦尸到底是否就是建文帝，建文帝到底死没死，这件事也几乎成为他的一块心病。数百年来，建文帝的下落也是一桩争讼不决的历史悬案。后世史家和民间传说更是众说纷纭，离奇万分。
一种说法认为建文帝是自焚宫中，据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记录，燕王朱棣发动历史上有名的“靖难之役”。经过四年的征战，燕王获得全胜，建文四年（公元1402年）六月十三日，燕王统领大军开进南京金川门。当燕王军队开进皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。与此同时，建文帝所使用的宝玺也没了踪影。
史籍中有记载，《太宗实录》记，当朱棣引兵到金陵城下时，“诸王及文武群臣父老人等皆来朝，建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰：‘我何面目相见耶！’遂阖宫自焚”。《太宗实录》卷九记载：“上（即朱棣）望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：‘果然，若是痴骏耶!吾来为扶翼不为善，不意不谅而遽至此乎!”仁宗朱高炽御制长陵后碑也说，建文帝殁后，成祖备以天子礼仪殓葬。
成为明成祖的朱棣后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。燕王为让天下知道建文帝已自焚，曾作有祭文，但其坟墓在什么地方，无人可知。
有人认为，建文帝自焚说不可信。虽然《太宗实录》等史籍称朱棣于残宫中找到建文帝遗骸，并令以皇帝规格举行葬礼，但事实上无人知晓建文帝陵园之所在。《春明梦余录》记，崇祯年间，有大臣上疏，请以建文君入祀典，崇祯帝无可奈何地说：“建文无陵，从何处祭？”再者，史籍关于建文帝尸体验证的记述，大多含混其辞。
另一种说法是在南京攻破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。《明史·程济传》记：“金川门启，济亡去。或曰帝亦为僧出亡，济从之，莫知所终。”《明史·恭闵帝纪》说：“或云帝由地道出亡。正统五年，有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。”从此，建文帝以僧人身份流浪各地数十年，足迹遍及江苏、浙江、四川、贵州、云南以及缅甸等地。朱棣死后，建文帝才归来，迎入西内，死后入葬北京西山。
朱棣登位后，多次派心腹大臣到处访问。永乐年间郑和下西洋的陪同官员中，有不少锦衣卫士，这显然就是用于暗中察访建文帝的。明成祖曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人名册重新整理，对僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年（公元1407年）起，还派人以寻访仙人张邋遢为名到处查找，涉及大江南北，前后共二十余年。
民间传言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝先逃到云贵地区，后来又辗转到了南洋一带，直到现在，云南大理仍有人以惠帝（建文帝）为鼻祖。也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年（公元1423年）在此病亡，埋于庵后小山坡上。
但有学者提出，建文帝出亡为僧之说不足凭信，因为当时京师内宫并无秘密地道或御沟通往城外，所谓建文帝剃发为僧、云游四方等，皆民间传说而已。
还有一种说法流传较广，说建文帝从南京城逃出之后，辗转来到泉州，流落到海外，后来朱棣登基之后，派郑和下西洋，就是为了寻找流落海外的建文帝。传说，建文从密道中逃出京城之后，道路都被燕王的军队围阻，因此化妆南下，辗转来到武昌罗汉寺。
罗汉寺的住持看过建文帝的度牒后，将建文引入寺中躲藏。过了一段时间后，建文帝等人又在主持的指引之下做船前往泉州开元寺，然后辗转逃到海外。据《泉州开元寺志》记载，当时泉州开元寺的住持正是罗汉寺住持的弟子。建文帝来到泉州开元寺之后，便隐匿寺中，派人寻找出逃海外的机会。终于有一天，他们坐上了一个阿拉伯商人的货船，随行来到印度尼西亚的苏门达腊岛，开始在此隐居，据说，当地的华人，至今仍在每年农历五月十六建文帝登基那天，举行隆重的拜"皇爷"之礼。
关于建文帝的生死和下落自古至今一直众说纷纭，历史就是这样，也许建文帝的生死与下落真的如其它历史之谜一样，是一个永远也解不开的谜。
