崔万军的执教履历还是很丰富的，2005年曾在辽宁队担任过蒋指导的助理教练。2007年崔万军前往大洋彼岸的孟菲斯大学担任助教，打进NCAA四强。

随后，崔万军回国，在2010、2011赛季率领江苏同曦男篮连续两年夺得NBL冠军。2011年，崔万军回到沈阳，出任东北大学篮球队名誉顾问。

当年已经在国内教练圈小有名气的崔万军被新疆男篮看中，据说也是蒋指导推荐的，从2012-13赛季开始，崔万军执教新疆队近三个赛季，并且在2013-14赛季率队杀入总决赛，在辛格尔顿伤停的情况下，依靠哈德森的单外援还和北京队最后大战了六场，那个赛季还是赢得了不少球迷的肯定。

2014-15赛季开始期间，新疆队大手一挥，让郜树敏顶替崔万军，放弃了哈德森，选择乔丹-克劳福德，又签下了布拉切，本土球员有周琦和刘炜的加盟，不过那个赛季新疆队开赛后是一盘散沙，克劳福德眼部受伤，随后又换成了马布里的表弟特尔费尔。崔万军在赛季中途再次接管新疆队，最终新疆队仅以25胜13负排名第九，无缘季后赛，当年的季后赛名额竞争确实激烈，很难相信胜率66%的球队居然在CBA打不进季后赛，崔万军也再次下课。

中间穿插一句，当年有新疆球迷评价崔万军，说他合同没过半就闹涨价，二进宫之后带队也没什么心气，不少球迷还起了外号，叫“婉君”“火云邪神”等等。

在新疆队下课后，崔万军开始执教中国国奥男篮，同时，崔万军也辅佐宫鲁鸣在长沙亚锦赛上荣获冠军，拿到了唯一一张里约奥运会的入场券。

2015-16赛季，崔万军加盟福建男篮，2017-18赛季，崔万军被任命为广州队主教练，最近几年和走马灯一样，先在同曦执教，随后又重返福建队，不过都没有高光的表现，大多数时间都被半程炒鱿鱼，和丁伟、张德贵几个教练并成为CBA救火队员。

最后点评一下，崔万军的执教特点和王晗比较像，当然肢体语言肯定没王晗丰富，场上给主力球员的发挥自由度还算比较高，但崔万军对球队整体的纪律性和比赛作风要求更严格一些，这也导致他在部分球队出现水土不服的情况，和球员沟通不畅。

总的来说，阵容不好的时候你发现崔万军带队打的还不错，等阵容豪华了又打的跌跌撞撞达不到预期，比上不足比下有余的水平，至于能否适合吉林队，都是东北籍教练，感觉磨合上不是问题，问题在于如果琼斯下赛季离队，那么吉林的成绩出现大幅度回落也是必然，到时候不知道球队能否顶住舆论的压力。