乳腺钼靶有几个问题，一是假阴性，就是有的癌症无法被发现。比例在10%到20%之间。更年期之前的女性出现假阴性的比例高，因为年轻女性乳房密度高，这也是一些权威组织建议得到50岁后才开始做乳腺钼靶的原因之一。 但是这些没有被检查出来的癌症的危险性还不清楚，有一项实验对3184名乳腺钼靶认为良性的妇女进行追踪，每6个月做一次乳腺钼靶，连续3年，结果其中17位（0.5%）被确定为癌症，也就是假阴性，但好消息是这些癌症仍然是0或1期，经过治疗，5年后，这17位患者无一复发，也就是说，乳腺钼靶所错过的是那些增长缓慢的癌症，或者说如果不用乳腺钼靶检查的话，也许永远不会被发现，也就是后面要说的过度诊断。 乳腺钼靶的假阳性则更可怕，达到50-60%。这些假阳性会影响受检者的生活质量，因此导致焦虑和抑郁，也导致受检者和医疗支出上的浪费。 即便乳腺钼靶检查出来确实是乳腺癌，其中有相当一部分可能是根本无需治疗的，这些癌症生长非常缓慢，不会危及生命，只是因为有了乳腺钼靶这项技术才被发现出来，类似的过度诊断在其他肿瘤的筛查中也存在，乳腺癌算高的，各项研究得出的数据不一样，范围在1-54%之间。 乳腺钼靶是电离辐射，如果次数太多，会稍稍增加患癌的风险，特别是年轻女性，这也是很多权威机构建议延迟筛查岁数和减少频率的原因，40岁以上女性，这种风险就低多了，起码35岁以下进行乳腺钼靶就弊大于利。目前的争论是40到50岁的女性是否值得做乳腺钼靶筛查。
