武德六年（623年），李孝恭改任襄州道行台尚书左仆射，当时岭南地区尚未平定，李孝恭遣使前去招抚，岭南四十六州皆来归附，江南悉定。同年江东枭雄辅公祏反叛，入侵寿阳，李渊诏令李孝恭为行军元帅前去讨伐。武德七年（624年），李孝恭自荆州抵达九江，节制李靖、李勣、黄君汉、张镇州、卢祖尚五路人马攻打辅公祏。辅公祏遣大将冯惠亮、陈当时领水军驻扎在博望山（今安徽当涂县西南长江滨，与和县西南梁山隔江对峙），令陈正通、许绍宗领步骑驻扎在青林山（今安徽当涂县东南三十里）。李孝恭大军赶到，辅军居险邀战，李孝恭坚守营垒，避而不战，同时派兵奇袭辅军粮道。辅军粮草日渐不足，急于交战，便派兵夜袭唐军大营，李孝恭仍坚守不动。 后李孝恭派老弱之兵去攻打叛军营寨，并令部下卢祖尚率劲卒列阵伏兵以待。前去攻打营寨的老弱士卒败走后，叛军乘胜追击，途中遭遇卢祖尚部伏兵，大战而败。辅军将领陈正通弃营而走，与冯惠亮退保梁山（今和县西南），李孝恭乘胜追击，破其梁山营垒，辅军水师坠江溺亡者达数千人之众，陈正通率陆军连夜逃走。李孝恭又遣李靖连下广陵、杨子等重镇。同年三月，辅公祏穷途末路，弃其老巢丹阳东逃。李孝恭遣骑兵追击至武康（今浙江湖州地区），生擒辅公祏及其伪仆射西门君羡等数十人。叛乱平息。朝廷诏令嘉奖，李孝恭因功受赏“上等宅邸一座，女乐两部，奴婢七百人，金宝珍玩无数、授东南道行台尚书左仆射。后发行台，拜扬州大都督，统慑江淮及岭南地区。
