1927年12月，白崇禧以私通孙传芳的罪名，将14军军长赖世璜枪决，并撤销该军番号，缩编为师，由熊式辉任师长。熊式辉大怒，彻底和桂系决裂，倒向了蒋介石。 1926年，国民革命军发动北伐，矛头直指盘踞长江流域的孙传芳部队。当时的北洋军第4师师长赖世璜部队驻扎在江西赣州一带，成为了北伐军进军的重要目标。 蒋介石为了减少军事冲突，派遣总司令部参议杨赓笙和熊式辉前往赣南，与赖世璜进行谈判。经过一番商议，赖世璜同意率部投诚，为北伐军在赣南地区的推进开辟了一条重要通道。 赖世璜部队改编为国民革命军第十四军后，赖世璜出任军长，熊式辉则担任军中党代表。这种双重领导体制在当时的国民革命军中较为普遍，目的是加强党对军队的控制。 然而，这种体制也埋下了日后军中矛盾的种子。党代表和军事主官之间的权力界限并不明确，常常出现指挥不畅的情况。 北伐军攻占长沙后，第十四军奉命从于都出发，向赣州发起进攻。这是一次关键的战役，如果能够攻下赣州，就能打开北伐军东进的通道。 但是战事并不顺利，孙传芳部队在赣州地区布防严密，并且利用地形优势，对第十四军发动了猛烈反击。第十四军在这场战役中损失惨重，最终被迫撤退。 战败的消息传到北伐军总部，立即引起了高层的重视。副总参谋长白崇禧亲自过问此事，要求对战败原因进行彻查。 在追责过程中，赖世璜和熊式辉之间的矛盾公开化。赖世璜指责熊式辉作为党代表过分干预军事指挥，导致战机失误。 熊式辉则认为赖世璜指挥不力，没有执行上级的作战计划。两人的争执越来越激烈，严重影响了军队的团结。 最终，赖世璜以军长的身份，免去了熊式辉兼任的师长职务。这个决定让熊式辉感到受辱，他随即离开第十四军，前往上海暂避。 熊式辉在上海期间，收到了一份来自旧部黄光斗的密报。这份密报的内容直指赖世璜在赣州战役期间与孙传芳部队有秘密联系。 黄光斗在密报中称，孙传芳曾派人向赖世璜许诺，如果他能在关键时刻倒戈，就让他在南京攻占后出任江西督军。这个消息虽然没有确凿的证据，但却给了熊式辉一个重要的政治筹码。 在当时的北伐军中，白崇禧是一位极具影响力的将领，他掌管着军中的纪律调查权。白崇禧与赖世璜之前就存在诸多矛盾，两人在军事指挥和地方控制权上多有争执。 熊式辉将黄光斗的密报内容转告给了白崇禧。对于这个足以致命的指控，白崇禧立即采取了行动。 白崇禧没有进行详细的调查取证，而是直接以克扣军饷和贻误战机的罪名对赖世璜进行了军事审判。审判的过程十分简短，没有给赖世璜多少申辩的机会。 最终，赖世璜被判处死刑，白崇禧下令将其枪决。这个处决决定在北伐军内部引起了不小的震动。 在新的军事编制中，熊式辉被任命为第十三军副军长，同时兼任第37师师长。不久之后，军队再次进行整编，第十三军被改编为第5师，熊式辉出任师长。 熊式辉在赖世璜事件后，对白崇禧的做法极为不满。他认为白崇禧处置赖世璜的手段过于草率和残酷，这种做法暴露了桂系在军中的专横作风。 随着时间推移，熊式辉与桂系的关系愈发紧张。桂系内部也开始对熊式辉产生怀疑，认为他在赖世璜案件中的表现显示出了不可靠的政治立场。 1927年，国民革命军内部出现重大转折，蒋介石宣布下野。这个时期，各方势力都在暗中观察局势，等待时机做出政治选择。 熊式辉敏锐地判断出蒋介石此举是以退为进的策略，他立即向蒋介石发出密电，表示愿意追随左右，放弃军职出国游历。这个表态显示出他已经准备摆脱桂系的控制。 当蒋介石从上海重返南京时，熊式辉率领部队沿沪宁铁路为蒋介石护航。蒋介石为了笼络这位新的政治盟友，很快任命熊式辉为淞沪警备司令，让他掌控上海这个重要城市的军事力量。 在此后的政治生涯中，熊式辉多次展现出对蒋介石的忠诚。1930年，当冯玉祥派特使试图拉拢熊式辉反蒋时，他不仅拒绝了这个提议，还公开发表声明支持蒋介石。 1931年，熊式辉被任命为江西省主席，实行党政军一元化的领导体制。在任职期间，他通过组建府卫大队、整编地方武装等方式，巩固了自己在江西的统治基础。 到了抗战时期，熊式辉的政治角色更加复杂。他一方面担任抗日大本营第二部部长，另一方面也支持统一战线，与共产党展开合作。 熊式辉在江西主政期间，采取了较为开明的政策。他支持建立新四军，并与陈毅等共产党领导人保持联系，为抗日统一战线的形成做出了贡献。 这种政治立场的转变，从一个侧面反映出了民国时期军政要员在复杂政局中的生存之道。熊式辉从桂系到蒋系的转变，既是个人政治选择的结果，也是那个动荡年代的一个缩影。 1941年，熊式辉调任重庆，担任中央设计局秘书长。在离开江西前，他推荐老友曹浩森接任省主席职务，显示出他在政坛上的影响力依然存在。
