《孤舟》是一部以抗日战争为背景的悬疑战争剧，主要讲述了顾易中在抗战期间经历的一系列复杂事件和成长的故事。其中对他影响巨大的两个女人一个是初恋肖若彤，一个是相濡以沫的张海沫。

胡之平作为一个有文化有思想的爱国人士，却在利益诱惑之下以顾慧中和孩子为借口投靠周知非，而如张海沫这样的普通人，却为了国家和爱人甘愿进入旋涡中心。

罗武强表白肖若彤，黄秋收牺牲，才知顾易中对张海沫有多深情。

顾易中一开始进入90号特工站只为了证明自己的清白，而随着胡之平“八号细胞”的身份被揭开，父亲、姐姐皆因此事而死，查明真相后他本想接受肖若彤的建议，离开苏州去根据地，可区昕萍却用张海沫的性命威胁他。要求为她提供蒋伯先的消息，他只能被迫重回90号。

他清楚存在于她们两人之间的感情，海沫并不会真的有生命危险，只是即使只有万分之一的可能，他也绝不能让此事发生。一路以来，他遭所有人唾弃时，甚至连姐姐顾慧中、女友肖若彤都不敢完全信任他，海沫都从未怀疑过他。总在他需要的时候帮他度过危机，不求任何回报。

蒋伯先被营救成功。又收到了美国轰炸日本珍珠岛的消息，一连串事件让李先生看到了未来局势的变化，日本人很快就会彻底完了。为了未来的生存他需要更多的筹码，便让周知非拉拢罗武强。而罗武强骁勇善战，手握一支八千人的独立精锐部队，并且武器精良，实力出众，因此各方势力都想要拉拢他与自己统一战线。

海沫生日，顾易中以给她买礼物为由与黄秋收接头，给他的任务是查清小林信男正在实施的“武工作”的具体计划和细节。海沫看到了一切，却丝毫没有责怪就连生日都要算计进来。她处处配合他的需求，甚至体谅他不能爱的心情。

周知非为了抓到顾易中的把柄，诬陷海沫是重庆方面的特务。顾易中以海沫是未婚妻为理由将此事化解了。后来他故意让顾易中、张海沫、肖若彤、罗武强一起参加饭局，希望从中找出几人假关系的破绽，最终在海沫的协助下，依然没有突破。

肖若彤被派去接近罗武强，罗武强却说在很久之前他便心仪于她。甚至准备好了求婚的戒指希望她能嫁给他。在得知他对自己的感情后，她不愿用感情的事情欺骗他加入她的阵营，果断的拒绝了他。

周知非拿到黄秋收与顾易中接头的照片时，立刻联系了上海的人抓了黄秋收。他以为终于抓住了顾易中的把柄，却没想到黄秋收在被押往90号的途中，与全车人同归于尽了。

而罗武强在摇摆不定时，顾易中终于找到了日本人关于“武工作”的情报，原来日本人一直是假借合作为由，实际是想暗地里将他一网打尽。在看清真相后，罗武强才终于答应了肖若彤的提议。

可周知非依然不甘心，他绑走了肖若彤，肖君侠与顾易中暗中营救肖若彤，眼看着就要成功了，却在最后一步被开枪打死了。肖若彤死在了顾易中的怀里。

她看到了顾易中与张海沫之间的默契和感情，只怪自己当初没有更坚定的相信他，没能用尽全力与他站在一起，而到最后时刻，她明白他从未辜负自己，但他的心里在不知不觉中，早已住进了另一个人，只是他没有察觉。

周知非的晚宴上，虽然他隐忍着情绪，但他对海沫关心和自然的靠近是能看出他内心深处对她的依赖，仿佛只有她才能让他翻涌的内心恢复平静和安宁。

他从不敢承认自己对海沫的感情，或许到最后他也不敢看清自己，只能用革命友谊来解释对她的依赖和喜欢。

罗武强的加入为抗战的胜利奠定了基础。黄秋收却在此次事件中牺牲了。看到最后，才知张海沫和顾易中在不知不觉中早已互相牵绊。不在是单方面的喜欢。