鉴于1982版的规划存在较多计划经济的痕迹，对于改革开放以后的经济体制变革过程中的城市发展问题预计不足，导致在规划实施中尚存在着旧城开发强度过大,新区建设力度不足,城市基础设施建设同城市居民的需求不相适应等问题。

因此，1993年，重庆市开始新的城市规划编制。在1982年版城市总体规划与1987年版规划调整的内容基础之上，1996年通过四川省审查后遇上重庆直辖，又遂将万州、涪陵、黔江两市一地规划加以整合,略作修改后,于 1997年底报国务院,1998年批准实施。

1998年版总体规划继续沿用“多中心组团式"的布局结构,在主城(大于过去的母城)内规划了渝中、大杨石等12个组团。规划提出要进一步强化城市多级中心的结构体系,设立观音桥、南坪、沙坪坝和大杨石四个城市副中心,强调每个组团应完善组团中心和社区中心。规划突破了中梁山和铜锣山两山屏障,在主城外围地区规划了鱼嘴等11个组团，作为与主城密切联系的独立新城,是主城用地结构的延伸和发展。

规划期限 。规划期限为1996-2020年,其中,近期建设期限至2000年,中期安排期限至2010年。远景展望到21世纪中叶。

城市定位。本次规划将重庆市定位于西南和长江上游重要的中心城市,全国重要的工业基地、交通枢纽和贸易口岸。规划建成西南地区和长江上游的经济中心和科技、文化、教育事业的中心,形成“三中心”(金融中心、商贸中心、科技信息文化中心)、“两枢纽”(交通枢纽、通信枢纽)、“一基地”(高新技术产业基地),发挥区位优势和辐射作用,带动西南地区和长江上游经济社会的发展。

城市空间区划范围。规划按三个空间层次划分:主城:东起铜锣山,西至中梁山,北起井口、人和、唐家沱,南至小南海、钓鱼嘴、道角,面积约600平方千米,是城市化水平较高、城市人口相对集中的地区。

都市圈:东起迎龙、南彭,西至缙云山,白市驿,北起北碚、两路、鱼嘴,南至西彭、一品,面积约2500平方千米。

市域:重庆直辖市行政辖区范围,面积8.23万平方千米。重庆市城市规划区范围同都市圈范围一致。

城镇化水平预测。1996年全市总人口3002.26万人,其中非农业人口570.13万人,城市化水平 18.99%。预计2020年总人口3290万人、主城人口规模370万人。1994年重庆市主城建成区面积159平方千米，2020年主城建成区面积300平方千米。

用地结构规划。主城用地结构分为三片区,十二组团。嘉陵江以北为北部片区,包括大石坝、观音桥、唐家沱三个组团;长江以东为南部片区,包括弹子石、南坪、李家沱三个组团:嘉陵江以南,长江以西为西部片区,包括渝中、大杨石、大渡口、中梁山、沙坪坝,双碑六个组团。十二个组团继续保持“多中心,组团式”的布局结构。

规划方针与目标。以市域产业布局为依据,都市圈为核心,主要交通线为发展轴,逐步形成以重庆都市圈为中心,万州、涪陵、黔江等城市为地区中心的网络式城镇体系,建成由特大城市一大城市一中等城市一小城市一小城镇组成的层次分明、规模适度、功能合理的重庆市域城镇体系。

城镇群规划。根据市域城镇及其区域形态发展水平的差异,将市域规划为四个较大的区域形态:市域中心城市及其城镇密集区、万州城镇群、涪陵城镇群和黔江城镇群。市域中心城市及其城镇密集区,是以特大城市重庆都市圈为中心城市的城镇密集区,包括永川、江津、合川、长寿、荣昌五座中等城市,大足、铜梁、綦江等十几座小城市以及200多座小城镇所组成的城镇群。城镇人口规模现状超过500万人,2020年城镇人口规模将达到1015万人。成为本市城市化水平相对较高,经济开发强度相对较大的地区。

市域中心城市及其城镇密集区,是以特大城市重庆都市圈为中心城市的城镇密集区,包括永川、江津、合川、长寿、荣昌五座中等城市,大足、铜梁、綦江等十几座小城市以及200多座小城镇所组成的城镇群。

万州城镇群,是以万州城区为中心城市,包括开县、梁平、忠县、云阳等十多座小城市和200多座建制镇所组成的城镇群。

涪陵城镇群,是以涪陵城区为中心城市,包括南川、武隆、垫江、丰都等几座中小城市及90多座建制镇所组成的城镇群。

黔江城镇群,是以黔江县城为中心城市,包括石柱,彭水、酉阳和秀山等几座小城市和80多座建制镇所组成的城镇群。

对重庆城区的片区主导产业规划做出安排：

一是对铜锣山南段——真武山、中梁山及山脉两侧的绿色屏障保护区,主要发展旅游业,保护和发展森林植被限制开山采石,迁出不适宜发展的工矿企业,保护“陪都"遗址,禁止发展工业和开发房地产,划定绿色禁建区。

二是嘉陵江以北的主城北部片区为污染控制区,主要用作机关,事业单位迁建用地。以发展第三产业为主，少量发展污染轻的工业，严格限制发展对大气污染的企业。北侧加强绿化,南侧污染严重企业要搬迁或转产。逐步建成以第三产业为主的园林式新城区。

三是渝中区一沙坪坝一杨家坪的三角地带及附近区域的老地区,以“退二进三”为主,将商业、居住作为主要功能,轻污染工业各片区集中,原则上不安排新建污染重的工业项目。现有扰民和污染严重企业分期迁出。保护现有绿地及建设片区间隔离绿带。

四是大渡口及九龙坡黄桷坪、中梁山地区的西部老工业区,不再扩建和发展新的大运量、重污染工业,限制污染水环境企业的发展,重点治理现有企业污染,加快企业技改步伐。

五是国家级重庆经济技术开发区,发展对污染较轻的工业,大力发展高附加值深加工的技术密集型的工业及第三产业,对现有不适应功能要求的企业进行调整,经济技术开发区内要集中供热,污水集中处理。

六是唐家沱以下长江河谷工业发展区,允许发展对水环境有影响的工业企业,同时要加强水污染防治,形成合理的工业组合,适当限制污染大气的企业发展。

对主城十二个组团的功能做出定位规划：

渝中组团:是全市的政治、金融、商贸中心和水陆客运交通枢纽;大杨石组团:包括大坪、杨家坪、石桥铺地区，是我市的体育中心、高新技术产业开发区和机械工业集中地区；沙坪坝组团:嘉陵江西南岸,由平顶山一上桥一歌乐山围合的地区,是我市的科技、文化中心；双碑组团:嘉陵江西岸,磁器口以北,童家溪以南,是我市重要的机械、冶金工业区,应严格治理环境污染；大渡口组团:包括新山村和茄子溪,是我市以冶金、建材工业为主的重要工业区和西南建材批发市场所在地；中梁山组团:中梁山编组站以东,是我市重要的工业区和仓储区。

观音桥组团；嘉陵江以北,人和以南,鸿恩寺、红岩水库以东,主要发展金融、贸易、信息产业,规划新牌坊地区为全市远期中央商务区(CBD),龙头寺地区为对外交通枢纽；大石坝组团:由大石坝、冉家坝组成，主要发展金融、贸易、文化等第三产业,规划为全市高新技术孵化区和行政办公区。唐家沱组团:长江以北，寸滩港以东,铁山坪以西,是我市主要港区,重点发展对大气无污染的以修造船为主的加工工业。

南坪组团:以重庆经济技术开发区为主体，主要发展科技,金融、文化,商贸和旅游等第三产业以及对大气与水体无污染的技术密集型工业；弹子石组团:由鸡冠石和弹子石组成,主要发展对大气无污染的加工工业；李家沱组团:南岸九公里以南,道角以北,主要发展机械和轻纺工业。

1998年版城市总体规划还就城市公共服务设施及综合交通等内容作了重要部署,其中,综合交通规划提出建立一个以地面公共客、货运输为主体,快速路和快速轨道交通为骨干,多种运输方式相结合的功能完善.管理先进、安全、便捷、高效、经济的城市综合交通体系。

主城区内规划建设跨江特大桥梁16座,其中长江上9座,嘉陵江上7座,已建成4座,即石板坡长江大桥、李家沱长江大桥、嘉陵江牛角沱大桥和石门大桥,规划至2020年建成黄花园、鹅公岩、高家花园、大佛寺、牛角沱复线、大竹林、马桑溪、菜园坝等9座大桥。

在主城区内布设五条轨道交通线路,线路总长119千米,包括轨道一号线、二号线、三号线、四号线及五号线;规划建设五个重要的换乘中心(童家院子、南坪、大坪、石桥铺、沙坪坝)、50多个重要的枢纽车站、五个地铁车场和四个控制中心(两路口、大坪、童家院子、四公里);规划建设朝天门、江北二个客运中心,兰家沱、猫儿沱、佛耳岩、九龙坡、寸滩、果园等一批骨干港区及27个中小型港区。

扩建重庆江北机场为国际机场,新建停机坪、场道、站坪、第二航站楼和第二跑道等设施;规划预留垫江县黄沙乡为重庆第二民用机场场址。建设万州五桥机场做好黔江舟白机场前期准备工作。

1998年版城市总体规划存在的几大缺陷与不足,例如未能充分考虑城乡地区的显著差异,偏重于城市规划而未能顾及农村地区的发展等等,对于三峡库区移民迁建完成后的库区社会经济发展等问题,也欠缺应有的考虑和顾量,未能充分理解中央设立重庆直辖的基本意图。如何协调城乡发展,成为新时期重庆市社会经济发展面临的最为关键的难题。