清朝在入关之前，是清太祖努尔哈赤建立的后金，当时的朝廷之中并没有设置内阁这一机构。公元1644年，清军入关建立了全国性的政权后，开始仿效前代明朝，设立内阁制度。但清朝的内阁制度从产生到基本定型有一个很长的过程，这也是权力制衡和斗争的结果。

为什么这么说呢？因为努尔哈赤在建立后金后，为了高效地管理政权、治理国家，建立了独具特色的“八旗制度”，努尔哈赤与八位旗主王爷共同执掌军事、管理政务及旗务，这也就是所谓的“八王议政”，我们在看电视剧《雍正王朝》时大概印象会比较深刻。

但是随着满清建立全国性的政权之后，这种最初家族式的管理国家的模式显然已经无法适应目前的需要。清朝的内阁制度也就是在这个时候逐渐酝酿产生，最初的时候不叫内阁而叫内三院。提到清朝的内阁，我们经常会联想到“三殿三阁”的说法，即保和殿、文华殿、武英殿，文渊阁、体仁阁、东阁。但最初的时候却并不是这样的。

清朝刚建立内阁之初，其实是“四殿两阁”，也即中极殿、保和殿、文华殿、武英殿，以及文渊阁、东阁。之后的很长一段时期，内阁都会发生一些变动，直至乾隆时期，剔除了中极殿，增加了体仁阁，于是形成了“三殿三阁”的最终格局。

清朝的内阁也设置了大学士，但有别于明朝的内阁大学士品级一般比较低，清朝的内阁大学士品级非常高，最初为正二品，一直到雍正八年时期，内阁大学士一律定为正一品衔，协办大学士为从一品衔，内阁大学士和协办大学士统称为“中堂”，也就是我们通常认为的宰相。

清朝雍正年间，因西北用兵遂设立军机处，由于军机处的设立，在票拟批答、上传下达以及皇帝交办的机密要务一切归于军机处办理，内阁成了事实上的摆设，只是负责办理一些例行事务，内阁的权力也变得越来越低，内阁大学士更多的成为了一种荣誉职衔。

但即便如此，在朝臣看来，对内阁大学士依然有着很深的情结。这主要是因为，在朝臣看来，特别是文臣看来，只有官居内阁大学士，才被公认为是当朝的宰相。军机大臣虽然权重，但位并不高，只是临时性质的职务。

这也就是为什么，清光绪年间的帝师翁同龢官至军机大臣兼户部尚书，却对当时的文华殿大学士、直隶总督、北洋大臣李鸿章很是眼红，因为在他看来李鸿章才是真正的当朝首辅，自己最多算是个资历很深的实权派而已。