周芷若见了张无忌最后一面后，便辞去掌门之位，自罚为历代祖师守墓三年。两年后，郭襄之墓为雷电所毁，使周芷若发现其飞升之秘，并借其留下的黄珠手串功力暴增。

周芷若行走江湖，在终南山与黄衫女重逢。黄衫女道出杨过和小龙女得道飞升的秘密，并邀周芷若同练王重阳补全的“玉女心经”，最终二人携手飞升而去。

周芷若到濠州与张无忌见了一面，见他和赵敏非常恩爱，便说张无忌可以和赵敏在一起，却不许拜堂成亲。她说的这番话倒有七八分是在开玩笑，其中意难平之意，惟余一二。

与张无忌分别后，周芷若回到峨眉，召集门内弟子，当场宣布，自己德才不足，且在少林英雄大会上欲杀谢逊，几乎将峨眉带入万劫不复之地，故将掌门之位传予静玄，并自请到后山，为郭襄、风陵祖师以及灭绝师太守墓三年，以赎己过。

此前，周芷若因练“九阴真经”，已将自身的“九阳功”功力化去。后来，周芷若中了“玄冥二老”的玄冥神掌，张无忌为她疗伤时，“九阳神功”不仅化解了她体内的寒毒，连她修炼的“九阴真气”也化去七七八八。此时一切尘埃落定，周芷若觉得“九阴真经”虽然厉害，但还是峨眉的“九阳功”更为适合自己，便散去了体内残余的“九阴真气”，又从头修炼起“九阳功”来。

如此两年过去，周芷若在后山每日除了早中晚三次扫墓，便是修炼武动。如此心无旁骛之下，“九阳功”进境一日千里。这一日正值夏至，午后天气闷热，周芷若收功完毕，便拿了一把扫帚，为三位先人扫墓。

周芷若刚打扫完毕，忽见天空黑云四合，转眼间已暗如黑夜。云层间电蛇乱闪，雷声隐隐。她刚准备回屋，便见一条粗如儿臂的电蛇直击而下，正中郭襄祖师的墓穴，紧接着便是一道震耳欲聋的雷声，伴随着砖石纷飞。周芷若只觉后脑嗡的一声，便晕了过去。

片刻之后，大雨倾盆而下，将晕倒在地的周芷若浇醒过来。她顾不得查看自己伤势，立即飞奔到郭襄的墓旁，只见穴顶已被雷电炸得粉碎，进了不少雨水。好在暴雨来的快，去的也快，此时日虽未出，乌云已散，天色亮了起来。周芷若担心郭襄祖师遗骸受损，便告了一声罪，跳入墓穴。

周芷若方入得墓穴，便是心中一震，一具破烂的棺木映入眼帘。原来雷电不仅击碎了穴顶，还将墓中的棺木一并击坏。周芷若震惊过后，想将棺木推到干燥之处，不想双手用力一推，棺木竟就此散架，变成一堆木块。而棺木之中，除了一个油纸包外，空空如也，并无人类骨骸。

周芷若呆立片刻，便鬼使神差地打开了油纸包。只见其中有几张写了字的纸，还有一串六个黄色珠子组成的手串。周芷若拿起纸，借着天光看了，原来这是郭襄留给后代弟子的一封书信。信的大意是:

郭襄继承父母遗志，创立峨眉，本是为反元大计，留下一点火种。后来，郭襄为寻屠龙刀的下落，与朝廷鹰犬百损道人等高手一场大战，身受重伤。为躲避敌人，郭襄进入一座无人古寺，见寺壁上雕着十八罗汉，各持手印，心有所感，当下便以金轮法王当日所传瑜伽密乘之手印疗伤，竟引得天地能量入体，重伤半日而愈。

回峨眉后，郭襄仔细研究瑜伽密乘，发现其中竟隐含着天地至理，于是传予风陵等弟子，但除了郭襄自己外，无一人练成。不仅如此，随着吸收能量越来越多，郭襄渐渐感到直欲飞升而去。至此，纵使她不用瑜伽手印，能量仍源源不断涌入体内，欲罢不能。

不久后，郭襄渐渐感到飞升之日将至，无奈之下，只好匆匆将掌门之位传予风陵，假死脱身。她没告诉风陵等弟子真相，一是不知飞升之后的处境，二是防止弟子沉迷于飞升之道，反误了反元大计。

但郭襄也想到，一旦自己的墓穴被损，被人发现其中秘密，为免后代弟子猜疑，自己总要有个交代，便留下了这封书信。信的最后，郭襄叮嘱发现秘密的弟子，一定要保守秘密。而信旁的黄珠手串，也是当年金轮师父所赠。可将平日练功溢出的能量，尽数吸收。见信的弟子，可运用峨眉心法，吸收手串中的能量，增长功力。

周芷若读完书信，便收好手串，着手修复郭襄祖师的墓穴，三日三夜不休，终于使墓穴恢复旧观。修完墓穴后，周芷若睡了整整一日后，将手串戴到右手，运转“九阳功”，手串内果然有能量源源不断地涌入体内，七日方停。

原来，由于郭襄吸收的能量太多，因此手串也吸收了不少溢出的能量。在当时的郭襄看来，手串内的能量不过尔尔，但这些能量，已经使周芷若功力暴增十倍，且帮她打通了任督二脉，晋入先天境界。至此，仅以内力体量而论，周芷若已超过了“九阳神功”大成的张无忌，直追修炼了一百多年的张三丰了。

周芷若神功大成，却无悲无喜，仍待三年守墓之约期满，才飘然下山，踏入江湖。此时，义军收复大半江山，蒙元朝廷苟延残喘。有些人趁火打劫，为害乡里。周芷若见了，便顺手除之。

这一日，周芷若来到长安，见城南终南山巍峨而立，雄伟不凡，不由想起了那位神秘的黄衫女子，便向大山而去。方到山脚，山中忽然传来数声琴声，正是《小雅·鹿鸣》。所谓“呦呦鹿鸣，食野之苹。我有嘉宾，鼓瑟吹笙”。周芷若见对方有邀请之意，她此时艺高胆大，便欣然循琴声而去。

不多时行至山腰，果然见到了当日的黄衫女。她身后是一座古墓，上刻着“活死人墓”四个大字。黄衫女见来人竟是周芷若，且三年不见，她已晋入超凡入圣的境界，不由又惊又喜。她邀请周芷若进入古墓，奉上茶点，寒暄数句后，便点明了相邀之意。

黄衫女告诉周芷若，她本名杨瑶琴，是神雕大侠杨过和小龙女的孙女。一年前的一日，她去祭奠祖父母，偶然发现本应保存他们遗骸的石棺之内空空如也，只在棺盖上刻着一些字，开头八个字是：玉女心经，七篇而终。补二成九，白日飞升。接下来，便是这八个字的由来，以及补全的两层内功心法。

原来，杨过和小龙女归隐数年后，一日受老顽童周伯通所邀，到重阳宫参加王重阳一百八十岁诞辰。结果老顽童见王重阳的雕像年久失修，大发雷霆。杨过见状，表示愿出钱为重阳真人重塑金身。在拆除旧雕像的过程中，周伯通发现其中一个卷轴，上面写着王重阳临终之时，想起自己辜负了林朝英一片深情，非常愧疚，于是将她所著的七层“玉女心经”又补上两层，凑够九层。王重阳补上的两层中，融合了他对“九阴真经”和金丹大道的领悟，练成之后便可白日飞升，长生不老。

林朝英创制“玉女心经”的本意，就是为了有朝一日，能够和王重阳一起修炼，因此“玉女心经”便需两人同练。而王重阳所补的两层，也是如此。老顽童爱武成痴，见后本想修炼，但一来瑛姑虽然健在，但年事已高，功力不足。二来只有王重阳补齐的两层，没有原来的“玉女心经”，也是无济于事。最后，周伯通求着杨过和小龙女快快修炼，待二人练成后他再瞧瞧威力如何。

杨过和小龙女早已练成了“玉女心经”，也对“九阴真经”非常熟悉，因此只用了七年之间，便已练成。飞升之日，杨过和小龙女留下书信给杨瑶琴的父亲杨默，说二人大限已至，自动进了墓中的石棺。直到一年前，杨瑶琴才知道祖父母极有可能并未死去，而是白日飞升了。

发现这个秘密之后，杨瑶琴便动了心，要体验一下白日飞升的奥妙。然而，大道之途，吉凶未卜，同练之人不仅需袒露相对，还要功力与她相若。如此推算下来，适合之人少之又少。

黄衫女久寻人选不得，心中苦闷，这一日出墓散心，突然感到山下来了一个非常强大的存在。她心中一动，便以琴声相邀，想不到却请来了周芷若。她虽不知周芷若为何武功进境如此之快，但她想请周芷若和自己同练王重阳补全后的“玉女心经”，只是不知周芷若有何想法。

杨瑶琴本以为，周芷若听了自己这番话，会当作痴人说梦，却不知她几乎在同样的时间里，得知了郭襄祖师得道飞升的消息。相似之事再听第二遍，心中已无当初那般震撼。

周芷若见杨瑶琴言辞恳切，便将自己的一番奇遇尽数相告，并表明自己也有问道长生之意。杨瑶琴闻言大喜，立即拿来了补全后的“玉女心经”，让周芷若翻阅。

此后三年，周芷若与杨瑶琴同住同卧，形影不离，直到培养出了无间的默契，两人才开始着手修炼“玉女心经”。

九年后，周芷若和杨瑶琴携手飞升。