各国军队都面临军种矛盾问题。

纳粹德国三军并立，但海空军力量明显弱于陆军。由于希特勒是“大本营主席”、自兼陆军总司令，军种矛盾不会发生大问题，有问题也是希特勒自己发昏。1940年法国作战希特勒有意将最后功劳留给空军，令陆军放慢前进速度，致使英军敦刻尔克撤退行动成功。

苏联陆军远超海空军强大，苏德之战又以地面作战为主，因此苏军恒以其它军兵种配属陆军集团行动，陆军事实上被视同合成部队。斯大林是“大本营主席”，下设总参谋长，军兵种在军政、军令两方面都是统一的。

美国与日本一样都只有陆、海军两个军种，海军足够强大、能与陆军平起平坐，而两军矛盾也都是历久弥深。美国也没有总参谋长（马歇尔只是陆军参谋长，历史评论通常认为他与罗斯福关系密切，因而起到总参谋长作用）、没有国防部长，陆海军在军政方面的统一、军令方面的统一都有很大困难。与日本不同的是，罗斯福作为总司令起到“大本营主席”的实际作用，又有参谋长联席会议相当于是集体的总参谋长，陆海军的军政统一、军令统一都在罗斯福身上得以体现。美国政府陆、海军部长是文官，陆军参谋长、海军作战部长是其下级，至少避免了部长与总长勾结的问题。在战场上美军建立了陆海军统一指挥的统帅部，但顾及陆海军利益划分一定区域，如太平洋战区、西南太平洋战区、欧洲远征军。

即使这样，陆海军矛盾仍然影响作战，比如海军上将尼米兹任总司令的太平洋战区对陆军部队的指挥就比较勉强。1944年6月塞班岛作战期间，第5两栖军长霍兰·史密斯海军中将撤掉第27步兵师长拉尔夫·史密斯陆军少将职务，引起陆、海军将领大冲突，官司打到华盛顿。

1945年冲绳岛战役由尼米兹太平洋战区指挥，由于地面作战已达集团军规模，陆军中将巴克纳任第10集团军司令，下辖第3两栖军（辖第1、6陆战师）和第24军（辖第7、96步兵师），陆军部队虽只占半数巴克纳却敢顶撞尼米兹。4月23日尼米兹、范德格里夫特和斯普鲁恩斯视察冲绳岛，与第10集团军讨论当前战局，尼米兹要求巴克纳加快推进速度，因冲绳海域的美军舰艇遭日军自杀特攻损失很大。巴克纳强调这是地面作战，拒绝尼米兹的过分插手。尼米兹无权处置巴克纳，但他可以威胁如5天内战况没有根本改变就调换别的部队来此。6月18日巴克纳阵亡，尼米兹立即让第3两栖军长盖格海军少将代理第10集团军司令、而不是第24军长霍奇陆军中将代理，战场上的紧急决定只能由尼米兹作出，而麦克阿瑟鞭长莫及。5天后，麦克阿瑟急调陆军上将史迪威接任第10 集团军司令。

二战临近胜利时美军原有体制难以为继，谁来指挥进攻日本本土（本属尼米兹太平洋战区范围）？麦克阿瑟耿耿于怀的是“关于战争的一切错误决定中，最令人费解的也许就是未能对太平洋战争实行统一的指挥”——若实行统一指挥，指挥官不可能不是他。罗斯福始终挡住了麦克阿瑟的觊觎，去世前决定亚太战场撤销两大战区，恢复陆、海军独立，另加斯帕茨上将指挥的战略航空部队。计划中的对日本本土作战指挥模式修改为发起登陆时海军全权负责，滩头阵地建立后陆军全权负责，而不仅仅是更换指挥官。美军指挥体制的真正完善解决是在1958年《国防改组法》实施以后了，作战指挥职能完全从陆军参谋长、海军作战部长、空军参谋长转移到战区联合指挥官。

日本陆、海军的矛盾，大的方面有争夺作战资源，例如飞机生产能力分配给陆军多少、海军多少，每个月都要争吵。还有战略目标的分歧，陆军要北进、海军主张南进。日军在外南洋所罗门方向消耗了很大一部分力量，陆军认为自己是被海军拖进来的。这些问题的症结是统帅权独立于国务之外，属于日本宪法的缺陷。更多的陆、海军矛盾归因于统一军政、军令指挥权问题，统一的机构已经有了，就是大本营。问题在于大本营应当有真正的“主席”。

战争期间日本内部多次讨论过陆、海军统一问题。1941年山下奉文考察德国、意大利后提交的建议就有空军独立、陆军机械化、统一国防机构，设国防大臣、国防总长等内容。由于海军在战争中损耗极大，海军认为此时实行陆、海军统一，实际是意味着陆军吞并海军，海军提出先解决陆海军指挥的统一化和装备的一元化。战争末期海军甚至连统一指挥都不同意。1944年底日军决定停止莱特岛作战、全力防守吕宋岛，陆军提出菲律宾地面作战由第14方面军司令山下奉文统一指挥陆海军，遭海军反对。

1945年3月3日天皇分别向陆、海军大臣表达自己对陆、海军统一问题的关注。为此陆军方面多次主动同海军举行正式或非正式磋商，朝香宫鸠彦还以军事参议官身份提出设置大本营总长的书面方案，但海军连商讨的余地都没有。最终战败后，各地日军投降书上都须陆、海军将领并列署名，只有密苏里舰、南京、新加坡三地的投降书分别由参谋总长梅津美治郎、中国派遣军总司令冈村宁次、板垣征四郎（代表南方军总司令寺内寿一）签字。