地下水资源主要由降雨和地面水入渗储存至可透水岩石层(又称地下水层)，地球上估计约有八十四百万亿吨的地下水，分布范围深又广，蕴藏在地表下数多公尺的地下水，无法像空气污染、水污染、废弃物污染及噪音污染等可直接透过感官发现污染情形，不易察觉的环境污染特性无形的间接影响着人民健康及用水安全，为防治土壤及地下水污染和掌握地下水水质状况，地下水监测井即扮演着重要要角色。

2000年以前每省平均设置455口地下水监测井，其设置目的为区域性地下水背景调查，设置13口(约3%)，而后陆续增设监测井，加强地下水井网密度，包含环保监测井53口、工业区备查井30口、水利观测井15口及营运中掩埋场监测井6处12口。有鉴于监测井设置所费不赀，监测井状况将影响水质监测之代表性，故环境保护透过每年定期执行监测井维护管理，维持监测井正常功能，同时进行水质采样作业，并经地下水检验分析推估可能污染物，将检验分析结果建于环境保土壤及地下水管理资讯系统中，建立长期资料可提供地下水相关研究应用分析，再依据历年检验结果调整监测频率及检验项目，掌握土壤及地下水水质状况。

历年监测计划建立的资料库，可透过监测数据进行氨氮、重金属、总有机碳等多项监测项目及地下水流向模拟分析，观察地下水水质背景变化，结合水文地质调查亦可提升地下水污染调查与整治的效益，使民众用水无忧同时确保健康安全与环境卫生。