中外文献中虽然都没有留下于阗国灭亡的确切时间，但是根据《宋史·于阗传》记载：“大中祥符二年（1009）其国（于阗）黑韩王遣回鹘罗厮温等以方物来贡。”由此可知当时于阗地区已经处于喀喇汗王朝的控制之下，因为黑韩（黑汗）是北宋对喀喇汗王朝的称谓。研究于阗语文书的学者，将于阗文书的最后年代断定在1006年，因此，可以推定于阗灭国最晚应在1006年之前。

另外，学术界也有人认为，敦煌藏经洞就是在得知信仰佛教的于阗被信仰伊斯兰教的喀喇汗王朝攻占后，害怕他们再去进攻敦煌而封闭的。

于阗在哈喇汗王朝的统治下，语言和人种逐渐回鹘化，并陆续皈依了伊斯兰教。但是，“同庆元宝”却向世人说明，早在伊斯兰化、回鹘化之前，信仰佛教的于阗国曾经有浓厚的中华意识和文化认同。