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入侵挪威

1939年5月，德国海军上校朗格接任“埃姆登”号第十任舰长。在二战爆发初期，“埃姆登”号隶属邓尼茨指挥的德国海军武装侦察部队（BdA），该舰队包括旗舰“纽伦堡”号、“柯尼斯堡”号、“莱比锡”号、“科隆”号轻巡洋舰以及数量庞大的驱逐舰、布雷艇和驳船。如此庞大的编队阵容意味着第三帝国即将开展一项非常重要的任务：延伸西线防御系统，将出海口的实际控制区域从荷兰一直延伸到斯卡格拉克海峡。

西线防御系统的强化工程持续了两周半，德国军方的海上维修基地部署在威廉港，负责按时补给工程前线各种所需建材以及水雷等进行布防。这里发生了一个小插曲——9月4日下午，隶属于英国空军第107和110中队的十架“布伦海姆”轰炸机对停泊在海湾半开敞锚地的德国战舰进行了突袭。机群飞越威廉港时，第107中队5架轰炸机中的3架被德军高射炮群敲了下来，第4架受损严重，迫降时坠毁在海港主码头和停泊在此的“埃姆登”号前甲板之间的空地上，造成了“埃姆登”号9名舰员丧生，20名受伤。

1940年3月12日，“埃姆登”号和重型巡洋舰“吕佐夫”号（Lützow）、燃油补给舰“诺德马克”号（Nordmark）一起加入了对波兰港口城市希维诺乌伊希切的封锁作战。在4月份德军入侵挪威和丹麦的“威悉演习”行动中，“埃姆登”号隶属对奥斯陆作战的德国海军第五编队，该编队还包括“布吕歇尔”号（Blücher）、“吕佐夫”号重型巡洋舰、“海鸥”号（M?we）、“信天翁”号（Albatros）及“秃鹰”号（Kondor）鱼雷艇、R17和R24号扫雷艇以及两艘拖捞船 。

4月5日晚，“埃姆登”号和“布吕歇尔”号执行了探照灯演习任务。随后，“埃姆登”号装载着610名全副武装的德军士兵及其装备，和“布吕歇尔”号以及三艘鱼雷艇于7日早晨6点集结。8日“吕佐夫”号加入编队并担任“布吕歇尔”号的后方警戒任务后，编队一路北上，途径丹麦大贝尔特海峡，挺进奥斯陆峡湾。然而挪威人早有准备——他们熄灭了沿途所有的航标灯和灯塔，巡逻艇巡逻并用摩尔斯电码询问一切遇到的船只，如果回答有误就会招来岸上重炮群的炮击。

为了避开挪威人，编队指挥官、德国海军少将库梅茨决定赌一把运气。破晓时分，海上浓雾弥漫，能见度极差，半速前行的舰队试图潜行通过危险的德勒巴克海峡。在当地时间凌晨5时25分，领航舰“布吕歇尔”号首先被挪威人发现，一发280毫米岸炮炮弹直接命中舰体。据目击者事后描述，首轮炮击中至少三枚150毫米炮弹命中，随后不同口径的岸炮对其集火设计，造成舰体倾覆。凌晨7时32分，“布吕歇尔”号沉没，搭载的大部分陆军士兵葬身鱼腹。“吕佐夫”号指挥官海军上校蒂勒临时接管编队指挥权，他下令全速后退。

当侦察机对这一区域进行详细侦查后，德国人有了一个新计划。“埃姆登”号和“吕佐夫”号将德军士兵运送到德勒巴克防线附近的圣卜克顿，然后从地面发起进攻。当地下午时间15点55分开始，德国空军的水平轰炸机和俯冲轰炸机一波接一波的将炸弹倾泻在要塞上，2艘鱼雷艇和4艘扫雷艇逼近海岸准备放下地面作战部队，这时的“埃姆登”号和“吕佐夫”号则对有威胁的地面目标进行炮击。德勒巴克防线的作战人员放弃了抵抗，弃械投降。随后两舰与“海鸥”号、数艘扫雷艇迅速通过海峡并于三小时后到达奥斯陆的预定海域。这时候“埃姆登”号成为无线电联络中心，为从三个方向进攻奥斯陆的德军部队提供了通信中继。

平静时光

当夏天来临的时候，挪威被纳粹德国彻底占领，“埃姆登”号也回到但泽港，重新归属武装侦察部队。1940年8月，海军上校米罗走马上任，成为了第11任舰长。1941年2月7日，德国海军将幸存的四艘轻巡洋舰（“纽伦堡”号、“莱比锡”号、“科隆号”和“埃姆登”号）全部划拨海军军校做训练使用。当年9月恢复战备状态。

为了应对集结在喀琅施塔得的苏军舰队，德国海军重新招回了波罗的海舰队，这次舰队的指挥官是德国海军中将奥托·西利亚克斯，下辖“提尔皮茨”号战列舰、“舍尔海军上将”号装甲舰、四艘轻巡洋舰以及数量众多的小型水面舰艇。当德军情报人员最终确认苏军暂时没有作战意图后，德军波罗的海舰队在第一时间被分拆成了两大部分，“埃姆登“号和”莱比锡“号被分在了南部编队，驻防在德国重要的不冻港口利巴瓦港，以应付波罗的海区域随时有可能出现的突发情况。

1941年9月25至27日，“埃姆登”号和“莱比锡”号的锅炉被重新点燃，这次的任务是协助德军地面部队在爱沙尼亚岛登陆，并对苏军炮兵阵地进行覆盖性打击。1941年底，德军逐步控制了波罗的海的制空权和制海权，“埃姆登”号也度过了一段平静的时光。

1942年6月，“埃姆登”号在威廉港迎来了又一次大修，一套新的雷达波探测设备替代了低处探照灯。此时，“埃姆登”号已经服役16年，对主引擎来一次彻底的大修是很有必要的。然而财务紧张、造船厂船坞位置紧张，计划搁置了。

末日

1944年9月19日，“埃姆登”号作为德国海军布雷行动总指挥官的旗舰，自挪威的霍顿港启航，在丹麦日德兰半岛与挪威南部之间的斯卡格拉克海峡中实施了布雷。1944年10月1日，“埃姆登”号同4艘驱逐舰和汇合，再次在斯卡格拉克海峡实施了布雷。在布雷途中，盟军的海空力量一直试图干扰编队的作业，着实让德国人惊出了一身冷汗。10月，德国人继续布雷，水雷在特烈港和霍顿港外星罗棋布，极大地阻碍了盟军舰船的通航。

1944年底，“埃姆登”号在奥斯陆附近承担了多次物资人员运输和护送的任务。12月10日，“埃姆登”号在航行途中不慎搁浅，造成舰体第二隔水舱破损，机械受损严重。只能被拖往希肖造船厂修理，但修理进程异常缓慢。直到1945年1月23日苏军逼近时，德国海军被迫下令让尚未完全修复的“埃姆登”号投入战斗。失去了制海权和制空权的“埃姆登”号在短暂的战斗后伤痕累累，足足花了6天的时间才勉强回到了基尔港，而这在很大程度上还要归因于苏军潜艇部队和空军的疏忽。

在基尔港的德意志造船厂，“埃姆登”号继续承受着盟军的轰炸。3月11日，前甲板上层建筑和部分鱼雷发射管被炸毁；4月3日，前烟囱被一颗航空炸弹直接命中；4月9日，英国皇家空军对基尔港共投下了2634吨炸弹，造成“舍尔海军上将”号和“希佩尔海军上将”号完全损毁，一枚偏离船尾的炸弹也造成了“埃姆登”号的损坏；4月13日晚间的空袭又给“埃姆登”号造成了非常严重的损伤，舰体已明显偏离垂直中轴线达15度之多。

1945年4月26日，“埃姆登”号残破的舰体被拖上陆地封存。1945年5月3日，“埃姆登”号被凿沉，在接下来的五年中，残骸被陆续切碎并销毁。