对马宗氏家纹
起源
在日本对马国宗氏的家传中，镰仓时代初期作为太宰少贰武藤资赖的下属、参与讨伐对马最大豪族阿比留氏的宗重尚是第一代。在家传中，宗重尚是桓武平氏平清盛的后裔，是平知宗的儿子、平知盛的孙子，坛浦之战后被惟宗氏养大。对马藩的公撰资料《宗氏家谱》中有“宽元四年，讨灭对马州阿比留平太郎，接受了父亲平知宗的传位，袭封，采用祖母的氏，以惟宗为姓”。但实际上，一般认为宗氏出身于大宰府的在厅官人惟宗氏。
对马宗氏谱系图
宗氏在史料上能得到确认的最早的当主是担任对马地头代的第2代当主宗助国，据说他是宗重尚的弟弟兼养子。在文永11年（1274年）元朝入侵日本时，宗助国率领宗氏一族的郎党80多骑在佐须浦战死。
宗助国之后依次是宗盛明、宗盛国、宗经茂。第5代当主宗经茂时期宗氏逐渐控制对马。
对马国分郡图
南北朝、室町时代
正平4年/贞和5年（1349年），宗经茂的弟弟宗赖次（仁位宗香）成为第6代当主，将居馆从大宰府转移到下县郡仁位村中村，颁布命令禁止滥伐山林。正平17年/贞治元年（1362年）宗赖次实施二分五厘物成，致力于民政的稳定。
宗赖次之后是宗澄茂、宗赖茂。宗澄茂被大宰府少贰氏任命为筑前守护代，活动范围扩大到北九州。应永5年（1398年），宗赖茂将居馆迁移到志多贺。当年，宗经茂的孙子宗贞茂夺取家督之位，成为第8代当主。宗贞茂时开始与李氏朝鲜交往。宗贞茂同时担任筑前守护代，帮助主君少贰氏多次进入九州北部。1401年一族的宗贺茂发动了叛乱。应永15年（1408年），宗贞茂将筑前守护代的职位让给弟弟宗贞澄，自己回到对马进行统治。应永25年（1418年）宗贞茂去世，儿子宗贞盛继承了家业为第9代当主。
宗贞盛幼名都熊丸，通称彦六或右马。父亲去世时还没有元服，实权由倭寇首领早田左卫门太郎掌握。
应永26年（1419年），朝鲜为打击倭寇，发动己亥东征，进攻对马。在两军奋战胶着时，宗贞盛警告朝鲜使者暴风雨即将来临，要求停战修好，最终朝鲜军队退回。战后，宗贞盛致力于修复和强化与李氏朝鲜的关系。
宗贞茂和宗贞盛在领地内和对朝鲜都自称是“守护”，但宗氏但并不是室町幕府册封的对马守护。对于幕府来说，永享4年（1432年）之前，对马的领主是少贰氏，宗氏只是少贰氏的臣属。永享5年（1433年）幕府追讨少贰满贞，将他的领地全部没收。从此，宗氏成为幕府治下的对马领主。
宗贞盛致力于内政、外交，以稳定岛内统治为目标，与朝鲜建立了通交体制。被大内氏驱逐出太宰府的少贰嘉赖投靠宗贞盛住在对马，宗贞盛多次帮助没落的少贰氏向九州本土派兵。
嘉吉元年（1441年），少贰嘉赖死后，继任的少贰教赖被幕府命令追讨，被迫逃往对马。
嘉吉三年（1443），宗贞盛屈服于朝鲜的压力，被迫签订了“嘉吉条约”。名义上，对马成为了朝鲜的属州，宗氏成为了朝鲜的代官。但是朝鲜给了宗氏通好证，宗氏独占了与朝鲜的贸易带来的利益。
文安3年（1446年），作为少贰教赖舅舅的宗贞盛上洛，向管领细川胜元诉说少贰教赖的窘境，并请求赦免。第二年文安4年（1447年），得到赦免消息的少贰教赖回到了肥前国，之后与大内氏、九州探题涩川氏交战。长禄3年（1459年）少贰教赖进入筑前国，但败给大内教弘，又逃到了对马。
宝徳4年（1452年）6月，宗贞盛去世，儿子宗成职继任第10代当主。自镰仓时代的宗助国以来，宗氏一直接受少贰氏的偏讳，宗成职则接受了将军足利义成（后来的义政）赐予的偏讳。
战国时代、安土桃山时代
应仁2年（1468年），宗成职去世，宗贞盛的弟弟宗盛国的次子宗贞国继任第11代当主。应仁3年（1469年），宗贞国帮助少贰氏与大内氏战斗，顺利地攻陷了博多、太宰府，少贰赖忠驻扎在旧领太宰府，宗贞国则占据住吉、博多。宗贞国和少贰赖忠产生嫌隙，一怒之下返回了对马岛，留下守护代宗贞秀继续驻守博多。
文明10年（1478年），大内政弘发动反攻，少贰氏败北，宗贞国在筑前国的领地也被夺走。在幕府和朝鲜双方的调解下，宗氏和大内氏达成协议，宗氏将博多还给大内氏，也不再索取筑前的领土，而作为替代宗氏获得了在博多和关门海峡一带自由贸易的权力。后来，宗贞国将本姓从惟宗改为平。因为作为大宰府在厅官人出身，惟宗姓象征着与大宰少贰氏的主从关系，改姓意味着与少贰氏断绝主从关系。
宗贞国此后专注于对马岛内的统治，利用手腕使得岛内的八郡郡主重新归其掌控，重建了废弃多年的国分寺，以国主而非岛主自居。并且加强了和朝鲜之间的贸易往来。当时的朝鲜成宗也允许朝鲜商人和三浦的对马商人进行交易，因此对马在贸易方面兴盛一时。朝鲜主要是购买对马从博多买来的东南亚的苏木、胡椒、象牙，以及日本本土产的铜、锡、刀、漆器等，而对马则主要从朝鲜购入棉布、米豆、蜂蜜、人参等物。
延徳4年（1492年）宗贞国隐居，将家督让给儿子第12代当主宗材盛，明应3年（1494年）宗贞国去世，享年六十五岁。
永正4年（1507年），宗材盛去世，其子宗顺盛继承家督，为第13代当主。第二年、第三年在朝鲜的加德岛、釜山先后发生了三浦倭人沦为倭寇的治安事件，朝鲜试图取缔三浦的倭馆，并派人和对马进行交涉。三浦倭馆的日本人在永正7年（1510年）初联络宗顺盛进行交涉，结果当年2月发生了居住于三浦的四个日本人出海钓鱼被朝鲜当做倭寇逮捕处死的事件，引发了三浦日本人的不满乃至骚乱。4月，宗顺盛派遣代官宗盛亲率领4500余人支援，进攻朝鲜边将所在的佥使营，釜山浦佥使李友曾被杀，乃而浦佥事金世钓被俘，熊川城遭到包围。在一部分日本人撤回对马岛后，宗盛亲试图和朝鲜讲和，遭到拒绝。朝鲜庆尚道元帅柳顺汀率镇定军进攻，将宗盛亲击败，斩首295人，宗军战败撤退。6月，宗氏试图再度反击，被朝鲜击退。这一事件史称“三浦之乱”。
为了便于和朝鲜讲和，宗顺盛在永正8年（1511年）亲自率兵前往京都。将军足利义尹接见了宗义盛，赠与宗义盛偏讳，改名为宗义盛。宗义盛向足利义尹说明边防的重要性，而自己丢失了筑前的领地，又和朝鲜断绝了贸易往来，十分贫苦。足利义尹被他的一番话打动，赐予他北近江800贯（约4万石）的领地。足利义尹也派出僧人弥中作为使者，帮忙与朝鲜讲和。
此时，得到细川澄元支持的足利义澄率军进攻京都，在船冈山合战中，得到了大内义兴及其手下一众中国地区豪强支持的足利义尹获得大胜。宗义盛也参与了战斗，因功获得了足利义尹的赏赐。
永正9年（1512年），朝鲜在幕府的说服下，勉强同意与对马讲和，双方签订“壬申条约”。
永正15年（1518年），大内义兴返回防长，宗义盛也意识到北近江的领土压根收不上来税，于是便抛弃北近江领地返回了对马。
永正17年（1520年），宗义盛将家督传给侄子第14代当主宗盛长，十二月去世。
宗盛长出自仁位宗氏，不能服众，继承家督后不久，就发生了宗盛亲率部攻打仁位郡的内乱。宗盛长与朝鲜的交涉不利，也使得宗氏一族对其怨言不止。大永6年（1526年），在家臣的逼迫下，宗盛长在中村屋形被迫自杀，随后对马岛内陷入内乱。
由于宗盛长的儿子年幼，在“三浦之乱”中战死的丰崎郡主宗盛弘（第8代当主宗贞茂的次子宗盛国的孙子）的儿子宗盛贤成为第15代当主，但宗盛贤品德不好，不能服众，也不能守住中村屋形，便将居城从中村迁到府中的池之屋形。
大永8年/享禄元年（1528年），出于对宗盛贤的不满，家臣勾结筑前的宗盛治兄弟、豆酘郡主宗盛乡，突袭池之屋形，宗盛贤落荒而逃，居城也被焚毁。以佐须为本处的守护代宗盛廉，原本也被宗盛乡联络一起谋反，但是宗盛廉却发兵帮助宗盛贤平定了叛乱。由于池之屋形遭到焚毁，宗盛贤便在国分寺的东侧修建了新府城金石屋形，后来成为金石城。
天文元年（1532年），宗盛贤改名宗将盛，但是仍旧胡作非为。天文8年（1539年），家臣们逼迫其退位，宗将盛的叔父、在国分寺出家的宗晴康（接受了将军足利义晴的偏讳）以其嗣子的形式继任成为第16代当主。
宗晴康时期，对马境内共有38家宗氏分家，领地支离破碎。宗晴康为了统一宗氏的势力，于天文15年（1546年）禁止本家以外的人自称宗姓，谋求领地的统一化和宗氏的战国大名化。天文16年（1547年，朝鲜和宗氏重新签订了“丁未条约”，“壬申条约”追加的5艘贸易船被取缔，贸易港只限于釜山浦。天文21年（1552年），宗晴康把家督让给儿子宗义亲（后改名宗义调），永禄6年（1563年）去世，享年89岁。
第17代当主宗义调，因受到将军足利义晴赐予的偏讳，原名宗义亲，后来13代将军足利义藤（后来的足利义辉）重赐名讳，改名为宗义调（以后的“义”字成为宗氏的通字）
弘治元年（1555年），朝鲜全罗道一带发生了“达梁倭变”等倭寇入寇事件，宗义调协助朝鲜讨伐倭寇，朝鲜意识到倭寇似乎和对马宗氏关系并不紧密，加上宗氏在应对倭寇问题上的积极态度，朝鲜便在弘治3年（1557年）与宗氏签订丁巳条约，扩大了贸易范围，带来了宗氏贸易上的繁荣。
弘治3年（1557年）10月，津奈调亲（第15代当主宗将盛的异母弟弟）等人发动叛乱，被宗义调击败逃亡筑前。津奈调亲在永禄2年（1559年）再度发动进攻，结果被仁位郡主仁位盛亲击败，逃亡至壹岐岛的胜本浦时，被宗义调擒获斩首，此后宗义调实现了宗家事实上的统一。永禄9年（1566年）8月，宗义调将家督让给养子宗茂尚（宗将盛之子）后隐居府中，但仍掌握着实权。后来由于宗茂尚英年早逝，让宗茂尚的弟弟宗义纯继承家业。但宗义纯无德，被逼退位后自杀，因此让宗茂尚、宗义纯的弟弟宗昭景（后改名宗义智）继承家业，宗义调作为监护人仍掌握实权。
壹岐岛的松浦氏部众在天正11年（1584年）攻打对马的佐贺浦，又在天正14年（1586年）攻打对马的盐户，先后被仁位郡代击退。宗义调派兵反攻壹岐岛，也被击败。天正15年（1587年），宗义调动员八郡兵力准备再度攻打壹岐岛，丰臣秀吉进行调解，双方罢兵。
天正15年（1587年），丰臣秀吉开始征伐九州。5月，宗义调回归家督之位，与宗义智一起参加秀吉的九州征伐，使对马领地得到保全。
之后，丰臣秀吉命令宗氏与李氏朝鲜进行交涉，提出1年内朝鲜国王要从属于日本，否则就出兵朝鲜。宗义调派家臣柚谷康广到朝鲜进行交涉，为避免丰臣秀吉出兵朝鲜而尽力周旋。
天正16年（1588年）12月，宗义调病死，享年57岁。宗义智再次成为当主。
天正18年（1590年），宗义智把从朝鲜派来日本的使节称为表达臣属的使节，让丰臣秀吉接见。丰臣秀吉以为朝鲜臣服，就要求朝鲜作为征服明朝的向导。但是，朝鲜使节实际上是在宗义智的欺骗下来向丰臣秀吉祝贺全国统一的。朝鲜自建国以来一直是明朝的属国，不可能同意作为征明向导。穷途末路的宗义智偷偷把要求朝鲜做向导的命令改为借道，朝鲜也没有答应。
由于与朝鲜的谈判失败，从天正20年（1592年）开始，文禄侵朝战争开始，宗义智为一番队的成员。一番队包括小西行长7000人、宗义智5000人、松浦镇信3000人、有马晴信2000人、大村喜前1000人、五岛纯玄700人，总计18,700人。
宗义智率领5000军队于天正20年（1592年）4月12日从对马北端的大浦启航，登陆釜山。13日发动总攻，14日攻占东莱，15日攻占机张、左水营，16日攻占梁山，17日攻占密阳，之后攻占大邱、仁同、善山，4月26日在尚州击破庆尚道巡边使李郓。4月27日越过庆尚道向忠清道进军，在弹琴台之战中击破申砬率领的朝鲜军，攻占了忠州。5月1日进入京畿道攻占丽州，2日经过龙津到达汉城东大门前。3日进入汉城。与诸将举行汉城会议后，5月11日，宗义智向北进攻，5月18日在临津江战役中击破金命元等朝鲜军队。5月27日攻占开城，之后陆续攻占黄海道的瑞兴、凤山、黄州、中和。进入平安道，6月8日到达大同江附近，受到了朝鲜军的夜袭，但奋战击退（大同江之战），在这里停止进攻。
7月16日，明朝的辽东副总兵祖承训攻击平壤，但被击退，宗义智与小西行长一起追击败走的明军，杀死了明将史儒、千总张国忠、马世隆等。7月29日，李元翼率领的朝鲜军进攻平壤，但也被击退。
文禄2年（1593年）1月7日，明朝以李如松为提督，派遣约4万名明军汇合金命元率领的1万名朝鲜军，向平壤发起了进攻。明军突破平壤城城门后，日军退避到北部丘陵地区的阵地。李如松给出了「给予退路让出城」的提议，日军接受，开始向南撤退，但受到明军追击，演变成了溃败。面对明军以汉城为目标大举进攻，日军各军在集结汉城后出击，击退了明军（碧蹄馆之战）。之后，两方开始议和，日军也因为军粮不足，撤退到了釜山周边地区。
宗义智和小西行长一起与明方使者沈惟敬等人为谈判而来回奔走，但由于双方要求的条件差距太大难以达成协议，因此两方使者将国书内容篡改为双方都能接受的条件，假意达成协议。但伴随着这种欺骗行为被两国分别识破，谈判最终破裂。
庆长2年（1597年）2月，丰臣秀吉发出了再次出兵朝鲜的号令。日军的作战目标是先占领全罗道，再进攻忠清道、京畿道，目标达成后建设城郭，派兵驻守，然后其他军队按计划回国。宗义智属于左军，再次与之前文禄的其他军队一起行动，向全罗道进攻。8月13日开始攻击南原，4天后攻克（南原城之战）。接着攻占全罗道的其他地区。其他路日军攻占了忠清道、京畿道。作战目标达成后，日军按照当初的计划建设城郭群。此后，宗义智作为驻守将领驻守在南海倭城。
庆长3年（1598年）8月18日，丰臣秀吉去世。10月15日，日本国内向被派遣到朝鲜的日军下达了回国命令。宗义智本来应该和小西行长在昌善岛集合一起回国，但此时在顺天倭城的小西行长、松浦镇信、有马晴信、大村喜前、五岛玄雅被明朝和朝鲜的水军困住无法撤退，于是宗义智与岛津义弘、立花宗茂、高桥统增、寺泽广高等人一起组成水军前往顺天救援，与埋伏在露梁海峡的明朝水军交战（露梁海战）。最终小西行长等人穿过战场间隙成功逃脱，宗义智与小西行长等人一起经过釜山回国，前后7年的侵朝战争结束了。
江户时代
庆长5年（1600年），关原之战爆发，宗义智加入西军，参加了攻击伏见城，并在进攻大津城和关原战斗中以家臣为代理参加作战。战后，德川家康希望与朝鲜迅速恢复建交，因此放了宗氏一马。宗义智没有被问罪，领地得到保全，成为了对马府中藩的第一代藩主。同时，宗义智与正妻即小西行长的女儿小西玛利亚离婚。
之后，对马藩在江户时代一直独占德川幕府与唯一正式邦交国朝鲜的外交实务和贸易业务。确定了从庆长14年（1609年）与朝鲜签订己酉条约到明治9年（1876年）签订日朝友好条约这段时间内的日朝外交贸易的基本结构。
对马岛的粮食生产力极低，无法计算石高，但由于宗氏处理与朝鲜的外交、贸易的功绩，被幕府承认为国主级大名，家格为10万石格。藩主的官位也被叙任为国主大名级的从四位下侍从，世世代代世袭对马守的官职。
宗氏除了对马岛的领地之外，在丰臣政权时期的文禄4年（1595年），被赐予萨摩国出水郡1万石（庆长4年（1599年），换到肥前基肄郡），文化14年（1817年）在肥前松浦郡、筑前国怡土郡、下野国都贺郡、安苏郡加封了2万石，但对马藩的财政不依赖于粮食生产，大部分依赖与朝鲜的贸易。
17世纪后半期，由于贸易的繁盛和银山的开发成功，对马藩被称为“西国第一分限”，但进入18世纪后，由于贸易逐渐不景气和银山逐渐枯竭，对马藩陷入了财政困难。虽然藩内厉行节俭和得到幕府的财政援助，但是藩内的财政问题始终没有消除，在废藩时期留下了巨大的负债。
对马藩执行参勤交代是特例，只需要3年一次就可以了。藩主在江户建造宅邸，除了对马岛和各领地，在京都、大坂、壹岐胜本、博多（后来废止）、长崎也建有藏屋，在朝鲜釜山拥有倭馆，那里常驻着数百名家臣和商人。
明治时代
最后一任对马藩主宗重正，在1869年（明治2年）的版籍奉还中被任命为严原藩的藩知事，同时也被列为华族。到明治4年的废藩置县为止担任藩知事。
1884年（明治17年）华族令施行后，宗重正被封为伯爵。继承爵位的宗重望伯爵当选为贵族院的伯爵议员。
大正12年（1923年），宗重望去世时没有孩子，拥有庞大负债的宗家，有从富裕的家族迎接养子来改善财产状况的打算，对马出身的永留小太郎愿意提供私人财产，但是在重视血缘传承的旧藩士的主张下，宗重望妹妹的儿子、出身旧久留里藩主黑田氏的黑田武志改名宗武志继承了宗家。但是宗武志当时还是中学生，宗家在那之后也一直面临破产的危机。昭和6年（1931年），宗武志与朝鲜高宗李熙的小女儿李德惠结婚，但李德惠患有精神疾病，李氏家族每年向宗家提供1万日元左右的资金援助。
