1987年，军委领导班子调整，济南军区政委迟浩田调任总参谋长，副政委宋清渭接替政委一职。在此后的工作中，军区发生几件事，使得他与司令员李九龙倍感压力。宋清渭甚至说：说我水平不高可以，说我养尊处优不管事，不出力不符合事实。

1985年军队精简整编后，有很多工作亟待解决。像济南军区原本只下辖山东省军区，武汉军区撤销后，将河南省军区划归济南军区管辖，而且还有野战军。从这一刻开始，军区机关到基层连队，都忙着自身的精简整编。

也就从此时以后的几年里，军区部队发生几件案件，给宋清渭和军区部队带来冲击。

在1987年之前，有三起案件，那时候他还是军区副政委。这一年，他接替政委后，1988年，某步兵师和坦克师的个别战士违反军纪，影响恶劣。两个案件间隔时间短，而此时司令李九龙和政委宋清渭在北京开会。会前接到机关报告，说步兵师9位战士犯罪；会议结束后，又接到机关报告，坦克师一个战士盗枪等。不到10天接连发生2起案件，让两位军政主官受到极大震动，并向军委作检讨，承担责任。

会议结束后，他们就返回军区召开军以上干部会议，听取汇报，安排善后工作。

政委宋清渭回忆，那段时间自己是强撑着把案件处理好，把正常工作安排好，不能乱中再出错。对于两起事件的发生，他充满愧疚和自责，自己接替军区政委一年多来，可以说自己水平不高，但说自己不管事、不出力不符合事实。

他自己深刻反思，在指导基层建设上存在问题，为找准问题的症结，与司令到两个单位作深入调查研究。带着工作组进行21天的调查，也发现不少问题存在，如一个时期以来，出风头报喜不报忧、掩盖矛盾的现象较为严重。有的领导和机关深入不下去，沉不到底，对基层的问题若明若暗。那位犯案的人，在连队不请假外出，有时候酗酒滋事，有干部认为他是称职的班长。

工作组进入后，发现该连连长不在位，后得知带着两个战士到山西做生意去了。

从思想政治工作来说，缺乏主动性，原则性，团里对刺头兵不严肃处理，基层想处理没有权，到一个团坚持备战秩序，六七十个人没有戴帽子，军纪涣散。诸多消极因素对集中暴露，是领导工作和基层建设的问题发展到一定程度的必然结果。

说起基层，宋清渭过去一直在军区机关工作，1963年以后到作战部队担任团政委、师政委、军副政委、军政委，经常到基层连队蹲点，及时掌握基础官兵的思想，有利于部队建设发展。当1985年从军到大军区担任领导以后，因为工作忙碌，到基层的次数降低不少。加上很多工作都需要他来处理。

实际上，过去宋清渭是最了解基层部队的干部，从基层调研回来后，他作了关于吸取两起案件的教训，改进领导和机关工作的讲话，总结了教训，列举了现象和事例。很多人听了他的讲话，受到很大触动反响非常强烈。为此后，基层建设的不松懈，建立过硬的一线指挥部而努力。