孝昌三年（南梁大通元年，公元5287年）十月，北魏雍州刺史萧宝夤占据长安反叛，已经焦头烂额的北魏朝廷任命长孙稚为行台前往讨伐萧宝夤。彼时长孙稚背发毒疮还没有痊愈，其子长孙子彦也患脚病，要扶着拐杖才能入宫拜谢。让患病中的大臣领兵出战，北魏群臣也感觉不妥，但也没有更好的办法，那么长孙稚能顺利平叛吗？

萧宝夤反叛后，正平郡的薛凤贤也在反叛，其族人薛修义也聚众河东，分别占据盐池，围攻蒲坂，准备东西联合，来响应萧宝夤的叛乱。到了武泰元年（南梁大通二年，公元528年）正月，萧宝夤率军包围了冯翊县城，却无法将其攻下。

不久后长孙稚的军队抵达了恒农，行台左丞杨侃对长孙稚献计说：“从前曹操跟韩遂、马超在潼关交战相持不下。韩遂、马超的才能远不能与曹操相比，但战事却能拖得很久，原因就在于韩遂、马超扼守住了险要关口。如今的敌人守备防御也已经稳固，即使曹操再生恐怕也无计可施。与其这样，您不如向北夺取蒲阪城，再渡过黄河向西进入敌人的腹地，置敌军于必死之地。这样华州之围便会不战而自解，潼关守敌必定顾虑后方而逃走。周围的城池解决了，长安城便可坐而取之。如果您觉得我的计策可行的话，我愿意为您做前锋。”

长孙稚听罢对杨侃说：“您的计策倒是很好，但是现在薛义包围着河东、薛凤贤据守着安邑，宗正珍孙把守着虞坂，无法通过，怎么能到达呢？”杨侃对此胸有成竹，不慌不忙地说：“珍孙只不过是一介武夫，因偶然的机缘得以成为将领，他只能被人驱使，哪能指挥得了别人！河东郡的治所在蒲阪城，蒲阪城西边靠近黄河，所辖区域大部分在郡治所的东部。薛义率军队、百姓向西包围了蒲阪城，他们的父母妻儿却还都留在原来的村庄，一旦听说官军到了，他们都会有内顾之忧的，一定会望风披靡不战自溃。”

长孙稚终于被说动，于是便派长孙子彦与杨侃一起率骑兵从恒农北渡黄河，占据了石锥壁。此时杨侃又声言：“现在暂时停在这里等待步兵，并且看一看民心所向。”随后命令那些送来投降者的名单的人各自回到村子，并且和他们约定等到官军燃起三堆烽火时，他们也要燃举烽火相呼应，否则一律视为叛军的同党，要格杀勿论。杨侃的话果然收到奇效，村民们相互转告，即使内心不想投降的人也假装举起烽火，一夜之间，火光遍布数百里。围攻蒲阪城的叛军不知其中原委，各自溃散逃归。薛义也逃回了老家，与薛凤贤一起请求投降。正月丙子日（十八月），长孙稚攻克了潼关进入了河东郡。

就在长孙稚有条不紊进军之时，北魏朝廷又再出奇葩点子，他们准备废除盐池税。长孙稚顿感不妥，便上书申明自己的看法。他认为盐池应该被视为宝贝好好守护，依据常理均衡地补给百姓。如今叛乱四起国家正常的户调绢帛无法收上来，一切全靠府库的储备。而这盐税收入，按绢的价值计算的话差不多是不少于三十万匹绢的收入，是北魏政府一笔重要的收入。当初孝文帝所在太平之年都创置盐官对盐池加以管理、保护，目的并不是要跟老百姓争利，而是担心由于利益冲突而导致社会动乱，如今租税已经提前征收了六年，百姓负担巨大，盐池的重要性不言而喻。于是长孙稚让那些管理、保护盐池的将尉们继续按往常一样征收盐税，至于是否废除由北魏朝廷做最后决定。

还未收到北魏朝廷答复，雍州战场情况再度发生变化，萧宝夤派部将侯终德攻打毛遐的部队。但这时郭子恢、张始荣先后被北魏官军击败，侯终德军势大挫，于是便心生叛逆回军偷袭萧宝夤。萧宝夤对此毫无准备，一场大败在所难免，走投无路的萧宝夤只得带着妻子南阳公主和一百多名部下从后门逃出渡过渭桥，投奔万俟丑奴，萧宝夤最终被万俟丑奴任命为太傅，雍州也得以平定。随后长孙稚被任命为车骑大将军、开府仪同三司、雍州刺史、尚书仆射、西道行台。