干货分享|细胞器基因组序列上传NCBI

元莘生物 2024-08-02 11:14:10

STEP1 注册NCBI账号并登录

点击右上角登录按钮

 选择任一方式登录账号或进行账号注册后再登录 

STEP2 进入数据提交页面

点击首页提交Submit按钮

选择GenBank模块,点击Submit按钮

选择Start Banklt Submission,进入细胞器基因组信息上传页面

STEP3 作者联系方式填写

按照左侧的填写提示完成信息填写

注意邮箱两个都要填写,且其中一个要为非QQ、163邮箱

Phone和Fax可以不填写

全部填写完成点击Continue

STEP4 序列作者添加及参考信息填写

填写及添加序列作者的信息

如果文章尚未发表,下方参考信息选择Unpublished

如果正在撰写投稿中,勾选In Press,并填写下图所示信息

如果文章已经发表,勾选Published,并填写下图所示信息

如需增加参考作者,点击Specify New Authors,得到下面页面,填写进行补充

如无需增加作者,默认Same As Sequence Authors,再点击Continue即可

STEP5 填写技术信息及序列组装程度填写

根据实际情况勾选测序手段

勾选assembled sequences (consisting of two or more sequence reads)

填写组装软件,使用了几款就填写几款(根据文章需求)

Assembly Name 样本名

Coverage:平均测序深度

全部填写完成后点击Continue

STEP6核苷酸序列信息填写

该数据立即释放,勾选Immediately After Processing;不立即释放勾选Release Date:,并填写释放日期

Molecule Type: 下拉选择分子数据类型

Topology:下拉选择序列是线性还是成环的

选择上传的数据的格式:FASTA /Alignment

粘贴基因组信息或者选择上传本地文件

全部填写和上传完成点击Continue

STEP7 物种信息填写

根据提示信息勾选

填写完成点击Continue

STEP8 选择序列原始提交还是第三方注释提交

根据提示信息勾选

填写完成点击Continue

 

STEP9 选择细胞器来源

点击Organelle/Location选项下滑勾选

填写完成点击Continue

STEP10 提交细胞器基因组注释信息

勾选 Add features by uploading five column feature table file

点击选择文件,从本地上传注释tbl文件

上传成功会出现如图所示的整个tbl表格以及基因组特征表格

点击Continue即可

STEP11 提交细胞器基因组注释信息

检查输入邮箱是否正确(后续会收到NCBI邮件回复,得到Genbank id 或者需要进行修改)

检查下方gb文件是否有误,有误可回到前面步骤修改

确认无误后点击Finish Submission完成提交

好啦,今天的高通量原始数据上传教程就到这里啦,有疑问的老师可以再联系我们~

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元莘生物

简介:专注于分子生物学好和高性能计算在医学领域的应用