1961年3月底，肯尼迪宣布提高国防预算。以便将无懈可击的“北极星”潜艇数量从6艘增加到29艘，潜艇上瞄准苏联目标的、装有核弹头的导弹数量从96枚增加到464枚。他还命令将“民兵”洲际弹道导弹数量提高一倍——从300枚增加到600枚，以及接到地面警报后15分钟起飞的B-52战略轰炸机数量增加50%。根据肯尼迪的判断，军备的扩大没有任何严格意义上的道理。军备扩大能够阻止苏联进攻吗？赫鲁晓夫咄咄逼人的冷战论调可以忽略或打折扣吗？虽然在导弹、轰炸机和潜艇力量方面与美国相比处于劣势，但苏联能够让其一部分核弹穿过美国的防线吗？军备扩大到什么程度才能够满足国会、公众和媒体，令他们相信美国不会遭到毁灭性的攻击？当新闻发布会上有个新闻记者重复“指责我们没有充分地保持核遏制力量或可信度，同时指责我们没有完全令苏联的领导人们相信我们决心硬碰硬”时，肯尼迪系统性地描述了他的政府在国防方面的扩大措施。事后，他的恼怒之情给皮埃尔·塞林杰留下了深刻印象。“他们不明白。”肯尼迪在说到对他国防政策的批评时告诉他。赫鲁晓夫的气势汹汹，结合美国的恐惧心理，使肯尼迪无法从疯狂的军备竞赛中往下撤劲儿。

肯尼迪的传记作家赫伯特·帕米特说，杰克·肯尼迪“如果知道有那么多历史学家后来强调说，他对人类生存的贡献是冷战的延长和军备竞赛的升级，他一定会极其懊恼”。这种郁闷之情将是可以理解的。虽然要求提高美国军事力量、对共产主义“威胁”做出过度反应的压力难以阻挡，但肯尼迪确保了核战争的决定权仅仅属于他一个人所有，这就是说，他可以为全人类挽回一场史无前例的灾难——而且他做到了这一点。他为了避免他所说的“最终败局”而对一个又一个国际危机的妥善处理，是他担任总统期间的最伟大的成就。 老挝危机作为一位曾经考察过非洲这个冷战时期潜在主要战场的参议员，肯尼迪进入白宫的时候，十分希望能够预防苏联对该大陆的进犯。他的关心焦点立刻瞄准了刚果。正如他在1961年1月30日的国情咨文中所指出的那样，刚果被“民间冲突、政治动乱和民众混乱蹂躏得支离破碎”。1960年从比利时统治下获得的独立已经导致了严重的分裂，其中刚果民主共和国最富裕的加丹加省宣布独立于利奥波德维尔。

1961年1月前首相帕特里斯·卢蒙巴的遇刺削弱了联合国的影响力，促使莫斯科通过派遣技术人员和支持卢蒙巴追随者的部队来施加自己的影响。对于苏联的这种威胁，肯尼迪在2月中旬的一次新闻发布会上声明：“我很难相信任何一个政府会真的计划采取如此危险、如此不负责任的措施。”他觉得“非常重要的是，不要错误地理解美国对可能出现的后果所采取的立场”。他明确指出，他支持联合国在刚果的存在，且这是避免美国和苏联在那里形成对抗局面的唯一选择。他告诉记者们说，联合国是一种阻止力量，防止“由于大国单方面的大规模干涉而可能导致战争的所有风险”。正如他私下不断说的那样：“联合国不能将所有大国都集中在刚果，但它至少能够将大家分开。”在每一个关键处，肯尼迪都强调美国支持联合国作为终止民间冲突的唯一适当的机构。他给赫鲁晓夫传话，敦促不要让刚果成为改善苏美关系的障碍。但是，卢埃林·汤姆森大使与赫鲁晓夫在3月的会晤表明没有什么希望让莫斯科在刚果问题上做出任何让步。赫鲁晓夫宣称，联合国秘书长达格·哈马舍尔德纵容刺杀卢蒙巴的行动，而联合国正在“被用于压迫各国人民、帮助殖民主义者保留殖民地”。当汤姆森说“明智的做法是不要让冷战进入非洲”时，赫鲁晓夫问道，“社会主义国家怎么能够支持一项为背叛自己人民的人提供援助的计划呢？”他保证苏联“将运用一切手段与这一政策做斗争”。

虽然后来几个月的事态表明，赫鲁晓夫更加感兴趣的是在非洲得到宣传上的收获，而不是冒苏美对抗的风险，但对赫鲁晓夫的话信以为真的肯尼迪派约翰逊去非洲，对抗苏联的企图。约翰逊在塞内加尔这个东西方争夺的战场上给他遇到过的所有人都留下了强烈的印象。他坚持要将一张7英尺的床、一个特殊的淋浴喷头、几箱顺风威士忌、几盒圆珠笔和刻着LBJ的几盒打火机随身带到达喀尔。约翰逊没有听从大使的忠告去了一个渔村，散发圆珠笔和打火机，跟所有人握手——包括没了手指的麻风病患者——并怂恿不屈不挠的当地人学习得克萨斯人，因为得克萨斯人在40年的时间里将年收入提高了10倍。这种与约翰逊所说的“凯迪拉克外交”形成的鲜明对比，正是肯尼迪希望他的副总统能够实现的目标，无论职业外交官员们如何看待这种“乡巴佬外交”。

在肯尼迪看来，赫鲁晓夫在1961年1月的讲话是对西方在发展中地区影响力的一种直接挑战。肯尼迪将该讲话看作“苏联企图的一种权威诠释”，“一遍又一遍”地阅读该讲话，“无论是在他的办公室，还是在内阁会议上，或是在与朋友们一起吃饭或者独自一人的时候。有时他会大声念出来，然后让他的同事们加以评论。”也许是因为牢记了那次讲话，他命令美国国防部“更加重视发展反游击队力量”。由于这不是军方的优先领域，同时由于他相信这样能促使人们认为他的政府愿意接受有关军事危险的新思想，因此他建议将爱德华·兰斯代尔将军关于特种部队的一份论述改编为一篇大众杂志文章。兰斯代尔因为在菲律宾与共产党的争斗而获得的名声似乎很可能会激起公众对反游击战争的兴趣。

但是，肯尼迪在这里看到的不仅仅是良好的公关宣传作用。他相信，培训并派遣这样的队伍将证明在与共产党进行“地下”或“黄昏”战争中是一种很有价值的手段。肯尼迪命令国家安全委员会将兰斯代尔的研究分送给美国中央情报局和美国驻非洲和亚洲的大使们。他还批准安排1900万美元资金，用于支持3000人的特种部队——这支特种部队有希望为美国带来一种“反游击战能力”，以抵抗未来有限战争中的暴动。“绿色贝雷帽”——既是名称，又是外貌特征，使这些特种部队区别于常规部队，后来成了有关美国在地理上、政治上敌对的世界各个地区战胜威胁的能力的憧憬和幻想的滋生地。虽然肯尼迪觉得这些部队的效能在很大程度上取决于将他们的军事行动与支持当地进步型改革结合在一起，但他无法完全抑制自己的想当然，想象反暴队伍或“自由战士”们能够以相对较小的生命和资金代价单独取得巨大成就。