1941年夏，随着德苏战争的爆发，日本陆海军参谋长与天皇的重要顾问们一起，开始越来越多地在皇宫里工作了。裕仁的统帅权迅速发生变化，他将成为从任何意义上讲都是名副其实的大元帅。1937年11月设立的大本营政府联络会议两个月后基本停止运营，直至1940年7月才重新恢复。现在大本营政府联络会议比以前召集得更加频繁，机能也被逐渐强化。计划院总裁和内大臣成为联络会议的固定成员。1940年一年中，联络会议发展成为决定国家政策及其方针最重要的、定时召开的会议组织。

此外，联络会议还将审议地点从首相官邸搬到了皇宫里面。这就使内阁失去了存在感，决策功能被轻视。联络会议实际上是一个讨论会，最终还必须由天皇本人做出决定。从1940年9月27日到1941年11月，联络会议共召集了几十次。直至1944年8月上旬，联络会议被最高战争指导会议所取代为止，又多次召开了会议。

联络会议的最终决定仍通过御前会议正式公开，如今，御前会议也比以前召开得更加频繁了。大本营也被重组，至1945年，增加了新的机构或部门处理诸如情报、兵站、科学技术、占领区的军政等问题。到1945年5月，大本营的职员发展到1792人，其中一些人在皇宫内工作，但大多数在皇宫外工作。

然而，统帅部的某些主要特征和裕仁在其中的工作方式依然如故。天皇的军人和文职顾问集团各自独立的官僚利益继续左右着政策。战争指导方针的草案继续由军事指挥系统的下层起草，经过磋商与合意，然后提交上来。天皇对报上来的所有报告始终谨慎，总是寻找出其中矛盾或不相符之处。所以，即使是陆海军参谋长或者主要阁僚们的正式报告有矛盾之处，或者军部与政府的意见相当一致或近似一致，只要裕仁没有被说服，他都会驳回报告。

随着与美英作战危险的逼近，也随着参谋本部资深军官（如常被呵斥的杉山将军）对裕仁的性格及其渊博的军事知识的了解，那些为天皇准备说明资料的中层军官知道了如何避免他们的顶头上司被责骂，或被问一些令他们为难的问题。不排除这样的可能性，为天皇批准（或者否决）指挥决策而准备的判断材料中，虽然算不上歪曲，但至少都受到两军种策略的引导。如果仅是作为优先次序和简化的手段，那么复杂的决策系统经常会招致操纵行为。

另一方面，裕仁非常清楚政策审议过程是如何运作的。他掌握着陆海军和外务省最重要的局长、部长和课长的名字及其工作情况，包括他们的倾向。皇宫中的侍从武官府有一条热线电话与陆军参谋本部作战课、海军军令部作战课以及参谋本部和军令部的第一部相连，以便侍从武官能迅速传达天皇的质询或提出自己的疑问。裕仁还知道是谁领导着参谋本部负责作战计划和部队配置的第一部——更具体一些说，是谁统管第一部第20班（负责战争指导）和第二课（负责作战行动）。更重要的是，他熟知联络会议上被审议、经他研究的“国策”文件的起草过程中，官僚政治体制的每一个工作程序。

1941年以后，统帅机构逐渐变得更加复杂精细。天皇涉及了所有的军事情报，范围广且深。作战课的参谋们汇编了详尽的问答资料。有关战争形势的报告每周、每日，有时一天两次，提交给天皇。有关战况分析，则有月报和年报供天皇阅览。正如历史学家山田朗论证的那样，裕仁会例行地收到正在制订中的战争计划草案、有关作战的全面说明，并附有详尽的地图。给天皇的报告中详尽说明了作战理由和执行计划的具体部队。

太平洋战争爆发后，战况报告每天都会送到宫中，昼夜不论，随时呈递给天皇。这些报告详细列举了战斗损失及其原因、日本军队的战斗表现等，甚至包括了诸如运输船被击沉地点和因此损失的物资这样的细节。有时，“就连从前线发给大本营的电报”也由24小时轮流值班的三位陆军和五位海军侍从武官交到裕仁手上。这些侍从武官诸多的工作之一是定期更新裕仁手边的作战地图。此外，太平洋战争期间，大本营海军部还向天皇提交了题为“关于战况的说明资料”的正式书面报告。这些资料，再加上其他情报来源，使得天皇格外消息灵通。但是这个情报系统有一个缺点，那就是陆军和海军分别准备、分别向天皇提交各自的秘密情报，因此只有天皇本人始终了解全貌，特别是关于损失方面的情况。

当前线报告的“事实”有误时，裕仁的“情报”就成了误报。不过，山田评论说，向天皇汇报的人们“确信他们所报告的事实”。确实，他们的上奏目的不是要欺骗天皇，而是要报告军队遭受的人员和军备上的损失的准确数字，以及给敌方的打击。他所收到的资料是及时的、详细的，质量也很高——事实上也必须如此，因为天皇不仅要指导战争中重要战略的开展，还要敦促解决那些不可避免的灾难，以及参谋和战地指挥官对情况的错误估计。

此外，为了确认他所收到的报告的准确性，裕仁还经常派他的陆海军侍从武官，或者他的弟弟们到各个战区视察，收集常规途径以外的情报。1942年3月至1945年11月，尾形健一担任裕仁的侍从武官，据他所言，天皇“经常差遣武官到战地去。到了战地，他们尽可能地靠近前线，而且经常选在将士们最艰苦的季节去。另外，他们回来后的复命受到天皇的格外重视”。在问询国务大臣或参谋总长时，裕仁会频繁地引用这些报告。也是通过这种方式，裕仁一直在盯着他的指挥官们。

最后要指出的是，裕仁有观看国内外新闻纪录片和电影的习惯，而且一直保持着，通常是一个星期在皇宫内观看两到三次。裕仁时常翻阅经过审查的日本报纸，并且经常就他在报上读到的消息，有针对性地询问军队的首脑们。因此说，他不但了解战争的真相，而且也知道那些有倾斜的报道，或是有关被彻底“洗脑”的日本人所接受的那些报道。

早在珍珠港事件前夕，统帅部为了保证裕仁得到全面的报告，曾进行了巨大而且耗时的努力。

从那时起，参加作战和战略策划的重要军官们的效率就开始降低。例如，第一部部长由于要花大量时间使天皇同步了解事态进展，经常无法完全埋头于自己的主要任务，即作战行动和战略的策划。1941年在陆军参谋本部任职的井本熊男认为，天皇的这种工作方式，无意中成了日本战败的一个因素。要让裕仁消息灵通，需要超人的努力，这迫使部长们不得不将最高层的工作委托给“课长甚至课长的下属”。而这些人很快就被“卷入部长们的战争领导工作中。这样一来，虽然他们能处理日常事务，却无法统帅大本营。在这个问题上，出现了重大的缺陷”。