文献解读|转录因子LBD16靶向细胞壁修饰离子转运基因影响桃树侧根形成

元莘生物 2024-09-13 15:03:19

文章信息

发表期刊:Plant Physiology

影响因子:37.2

中科分区:生物学1区

发表时间:2024.01.13

研究背景

侧根形成(LR)和转录因子调控:侧根形成(LR)对于植物吸收水分和养分至关重要,包括三个阶段:侧根原基的起始LRP、LRP的生长和LR的出现;上述阶段会受到LBDs/ASLs转录因子的调控,LBD参与侧枝器官边界的建立,LBD会特异性靶向调控下游靶基因,靶向调控细胞的核迁移和不对称分裂,以及细胞壁的水解,这个过程中会有植物素的参与(生长素等)。转录因子PpLBD16调节LR的形成:PpLBD16已经被证明参与桃根系发育并调节LR的形成,但PpLBD16引发的下游分子事件尚不明晰。

图1 LBD TF调控植物发育的分子机制

研究思路&研究设计

Originegene

本研究采用DAP-seq和RNA-seq等多组学联合分析证实转录因子LBD16在维管植物中会参与侧根的形成和发育调控;RNA-seq结果显示:LBD16主要调控细胞壁合成和降解、离子运输、离子结合及稳态等相关基因的表达;DAP-seq结果显示:LBD16主要结合3个顺式作用元件,LBD16主要结合的基因包括细胞壁修饰基因(PpEXPB2和PpSBT1.7)、离子运输基因(PpCNGC1)、以及多酚氧化编码基因(PpPPO)。研究利用DAP-seq和RNA-seq在桃子全基因组中鉴定PpLBD16的靶基因和特异性结合位点;同源过表达和病毒诱导基因沉默技术来证明假设的靶基因位于PpLBD16下游,参与调节LR的形成。

图2 文章研究思路和实验设计

研究结果

1.PpLBD16参与调节LR的形成

研究基于桃37个LBD蛋白序列和拟南芥10个LBD蛋白序列构建了LBD系统发育树,并进行同源转化,证实了PpLBD16的功能与AtLBD16一致,PpLBD16定位于拟南芥根细胞的细胞核上。

拟南芥中PpLBD16的过表达会显著增加LR的数量,促进初生根PR的生长,PpLBD16的表达量和LRs数量和密度成正相关;拟南芥突变体(arlbd16)的LR数量和密度显著降低。桃根中同源过表达PpLBD16,提高桃的生根率( AR和LR均有显著升高),反之沉默会降低桃的生根率。综上,PpLBD16参与根系发育,并积极调节LR的形成。

图3 PpLBD16正调控LR的形

2.桃根PpLBD16的转录调控网络

研究对桃根的过表达(OE PpLBD16)和沉默(TRV2_ PpLBD16 进行RNA-seq,研究PpLBD16的转录调控网络;通过差异分析,相对于对照组而言,OE组有379个差异基因(234上调,145下调),TRV组有656个差异基因(302上调,354下调);OE组和TRV组共调控146个差异基因。

PpLBD16多为正向调控LR的形成,因此对PpLBD16正向调控的差异基因进行GO富集分析,其中包括OE组上调的基因和TRV组下调的基因,富集结果显著富集到:细胞壁发育、韧皮部发育等功能。ARS起源于韧皮部,控制ARS形成的基因也参与调节LR的发育。

3.PpLBD16参与细胞壁生物发生、离子/物质运输、细胞增殖和韧皮部发育

根据GO富集结果显示:PpLBD16显著调节细胞壁和各种生物膜相关的差异基因,使用cytoscape可视化了与细胞壁、细胞膜、细胞增殖和韧皮部相关的差异基因,结果表明,29个差异基因与细胞壁相关;这些差异基因主要包括细胞壁合成相关基因PpXTH2/22和GALACTU、PpXUT1、PpEXPB2等;

综上, PpLBD16表达的改变改变了桃根细胞壁的生物合成和分解代谢,影响了桃根细胞内物质的合成和运输,调节了根组织的细胞增殖。

图5 GO富集网络图

4.PpLBD16下游核心基因分析

筛选了对OE和TRV均有应答的基因,筛选到了8个PpLBD16正向调控差异基因,10个PpLBD16负向调控基因。

DAP-seq结果显示:PpLBD16结合的峰27421个,涉及12622个基因(多为TSS附近),使用MEME-chip识别peak,识别出的前三个显著基序为MEME-1/MEME-2/ABR1。

DAP-seq和RNA-seq联合,23个DEG(定量趋势一致的基因:8正,3负,12OE上调TRV下调)其中13个基因的启动子或5’UTR区域可以被PpLBD16结合,6个基因含有重要的基序均为MEME-2。

图6 DAP-seq技术对PpLBD结合位点进行全基因组鉴定

这四个可能的靶基因中,PpEXPB2和PpSBT1.7与细胞壁相关,PpCNGC1与膜相关。

PpEXPB2、PpSBT1.7、PpCNGC1和PpPPO受到PpLBD16的正调控,这些基因很可能是PpLBD16的直接靶标。

图7 结合RNA-seq、DAP-seq和RT-PCR分析筛选PpLBD16的核心基因

实验验证

对桃幼苗进行根段取样,根被划分为6个区域:根尖、LRP发育、LRP出芽、LRP伸长、LR发育成熟、PR区域,代表了LR发展的不同阶段。定量分析结果显示,PpLBD16(包括4个靶向基因)在根尖和LRP发育区域高表达,在LRP发育过程中显著高表达,LR出现后,其表达量显著降低,上述发现表明PpLBD16参与了桃LRP的萌发和分化。

综上,PpLBD16与4个靶基因一起共同参与桃LRP的发育。

图8 桃根中PpLBD16和4个靶基因的定量数据

研究结论&结果讨论

LBD16对根系的生长尤其是LR的形成至关重要,LBD16作为ARF7/19的下游靶基因,介导生长素调控LR启动;上游调控机制模型已构建相对完善;下游的转录调控网络和靶基因模型需要进一步完善。

对桃的研究中发现,PpLBD16与拟南芥中的AtLBD16同源,都属于IB类LBD;LBD16是IB类IIIA亚类的成员,对LR和伤口诱导的根形成至关重要;除了调节LR的形成,LBD16还参与AR的产生,PpLBD16的过表达促进了桃子AR的形成,沉默则是抑制;综上表明PpLBD16在桃子根生长中的关键功能是保守的。

LR的形成包括定位、起始、生长和涌现;这些过程需要积极的代谢活动来支持细胞增殖;LR的出现需要LRP穿过覆盖的细胞,包括邻近的内胚层,皮层和表皮。这个过程中依赖于细胞壁的软化和修饰;RNA-seq数据显示,PpLBD16正向调节的差异基因与细胞壁和各种生物膜密切相关,参与细胞壁的生物合成和降解、离子/物质转运和离子稳态/结合等。

参考文献

Wu, Xuelian, et al. “Transcription Factor LBD16 Targets Cell Wall Modification/Ion Transport Genes in Peach Lateral Root Formation.” Plant Physiology, vol. 194, no. 4, Mar. 2024, pp. 2472–90. 7.4, https://doi.org/10.1093/plphys/kiae017.

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