说起大蛇丸与木叶村的恩怨，从表面上来看，就是因为他进行禁术研究被三代发现，被迫离开了村子，但其实还有更深层次的原因，长久以来他对村子和老师已逐渐失望。
大蛇丸自幼父母双亡，性格内向且悲观，于是他将情感全都寄托在忍术研究上，渴望通过获得更加强大的力量保护重要的人。然而，当他发现忍者世界中，生命是那么的脆弱之后，便开始追求永生和无止境的力量，他认为这是解决一切问题的根本途径，一名忍者，只有掌握世间所有的忍术，便能获得真理。
然而他的这一切在三代火影看来都是错误的，三代不单坚决反对大蛇丸的禁术研究，而且还在四代火影的推举中，选择支持更加年轻的波风水门，这二件事对于大蛇丸来说打击是巨大的，作为自己授业恩师的三代，不仅没有支持自己，还选择了水门，这使得大蛇丸感受到背叛和挫败，极大加深了他对三代的不满。尽管三代念在师徒之情并未对他痛下杀手，但讲大蛇丸赶出村子，实际上已经是对大蛇丸理念的全盘否定了，所以大蛇丸后来才走上了复仇的道路。
所以大蛇丸进攻木叶，我相信他也是抱着拿下木叶村之后自己完全控制木叶，成为火影的目的进行的。得不到师傅和村子其他忍者的认可，他就想通过武力的方式，让不认可他的人看到自己优秀的一面。其实单单从这次计划来讲，大蛇丸一系列的谋划的确算得上是十分优秀的操作了。
他首先自己成立了音忍村，培养了不少的忍者，通过中忍考试这个关键时刻，就方便把自己的势力全部安插在木叶村内。另外再通过暗杀风影的举动，把整个砂忍村完全控制在自己手中。最后他自己再藏一手秽土转生这个禁术。
他计划十分周密而且推行起来几乎都没有出现明显的失误，只是战争一旦开始，就会出现许多变数，像我爱罗不但没有配合行动，而且还被一个下忍给阻止了。三代火影也在战斗中用出了他完全没有预料到的尸鬼封尽。如果不是因为这二个极大的变数，大蛇丸的计划还真有可能实现，毕竟此时的木叶村整体实力已经大不如前了。
大蛇丸是一点都没有小瞧木叶村，他还私底下与团藏有比较深入的合作，这一次进攻木叶，想必也是有团藏的一部分原因在内，团藏一直都在和三代竞争，恨不得早点把三代拉下来自己当火影。也因为大蛇丸和团藏的关系，使得大蛇丸的计划中，根组织是肯定不会插手的。
所以大蛇丸这次计划是经过多年来不断铺垫和准备，如果不是因为出现了大蛇丸完全意料不到的变数，这一次计划成功的概率是相当大的。
