民国年间，有个著名的府院之争，在府院之争中，孙洪伊挟总统黎元洪以自重，徐树铮倚总理段祺瑞以为抵制，两人皆视对方为仇敌，几乎无时无事不发生冲突，并且这些冲突还都相当激烈，乃至于“短兵相接，日在火并之中”。

孙洪伊抓住段方把俩，穷追猛打，并向段祺瑞提出辞呈。徐树铮忍无可忍，对段祺瑞说：“姓孙的太狂妄了！他想胁迫总理，我看干脆批了他的辞呈，把这个害群之马赶出内阁。”

孙洪伊得理不饶人，段祺瑞偏偏还不能赶他走，其直接原因是总统府和国会的一些人正借机大做文章，黎元洪还特招孙洪伊前去见面，对其大加慰留。

毕竟是自己理亏在先，黎元洪又作此表示，段祺瑞于是也不得不对孙洪伊进行了慰留。

孙洪伊有了面子，这才答应收回辞呈，但又迫使段祺瑞答应对院秘书长的权限进行限制，其中包括不能对内阁会议的决定进行擅改，以及政府命令必须由国务员副署后，才能送总统府盖印发表等等。

此次冲突的结果，徐树铮受到了重大打击，此后他与孙洪伊的争斗便开始表面化，而且呈现出逾演逾烈之势。

孙洪伊上任后，一度想安插自己的人当京师警察总监。京师警察系统虽隶属于内务部，但对总监这样高级别官员的任免，必须得到总理的认可才行。

段祺瑞怎么可能让孙洪伊随心所欲地布置自己的势力，他的提议理所当然地遭到了拒绝。

孙洪伊安插不了总监，又把主意打到了部内。早在未入阁之前，他的“夹袋人物”也就是亲信和存记备用之人就有一百五十多人。这些人都要进行安置，孙洪伊就以整顿内务部为由，裁减了原有的一批高级部员。

部员们突然丢了饭碗，恨不得找人拼命。徐树铮见有机可乘，遂鼓动他们上诉平政院。

平政院即后来的行政法院，主要负责监察行政官吏的违法和不正当行为，原肃政厅即为其下属机构。接到有关内务总长违法裁员的投诉后，平政院裁决原告胜诉，并要求孙洪伊限期撤销解职令，准许被解职部员重新回部上班。

平政院是根据袁世凯时代的“民三约法”设立的。孙洪伊紧紧抓住这一点，认为平政院的存在本身是否合法还存在疑问，所以拒绝执行该院的裁定。

徐树铮见状，赶紧与段祺瑞商议，拟定了一道执行平政院裁定的命令，准备送府盖印。可是按照新规定，命令须由孙洪伊副署，而孙洪伊拒绝副署。

平政院听说自己的裁定竟然不能被执行，顿觉大丢脸面。他们请段祺瑞主持公道，说：“如果平政院真的不合法，请总理立即下令解散。如果是合法的，为何判决不能生效？”

平政院方面还声称，倘若孙洪伊继续拒绝执行裁定，他们将集体辞职。

段祺瑞把孙洪伊叫来，让他无条件执行裁定。孙洪伊却抵死不肯，还公然对段祺瑞进行顶撞。段祺瑞勃然大怒：“你这是结党营私，滥用私人！平政院的判决我看很合理，难道你还无法无天了？”