在靖难之役中结局最为凄惨的毫无疑问是建文朝名臣方孝孺，他被朱棣处于传说中的诛十族的刑法，全家被杀，也体现了朱棣处置建文朝旧臣时采用的残酷手段。作为朱允炆团队的核心人物之一，方孝孺全程参与了削藩策略的出台和执行，他的这个结局与黄子澄、齐泰等其它核心成员一致。然而在朱率军离开北平之前，他的重要谋士姚广孝曾替方孝孺说情，希望朱棣攻下南京后留下方孝孺，当时朱棣也答应了这个请求。可是等真的到了那一天，朱棣却出尔反尔，以诛十族的残酷手段将方孝孺灭门。

方孝孺是明初文人中非常著名的人物，在朱元璋时代就名震天下，被誉为“小韩愈”。他是明初大儒宋濂的弟子，由于宋濂是明初文人集团的领袖，太子朱标的老师，所以方孝孺一开始就走上了文人入仕的康庄大道。朱元璋对宋濂的评价很高，认为他是开国文臣之首，所以他的弟子都很受朱元璋的看重。方孝孺是宋濂弟子中最出色的，朱元璋委以重任，让他成为皇太孙朱允炆的老师。可以说朱元璋是将方孝孺当作新一代文臣之首来培养的，是留给朱允炆治理国家的大才。因此朱允炆上位后也重用方孝孺，使参与到削藩策略的制定中。

朱允炆的执政集团几乎都是文臣，除了李景隆、耿炳文等少数勋贵武将。方孝孺在其中排名第三，仅次于兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄，地位非常高。靖难之役的战争时期，建文朝对外发布的所有公开文件都出自于方孝孺之手，可以说他是建文朝第一的笔杆子。

方孝孺不仅在江南文人集团中影响力很大，在明朝全国的文人圈子中也颇受推崇。黑衣宰相姚广孝是朱棣靖难起兵的第一谋士，也被朱棣认为是靖难之役成功的最大功臣。因此他是燕王府治下文臣的代表人物，也是燕王世子朱高炽的老师。他对方孝孺的评价极高，称其为天下读书人的种子。

从史料记载来看，朱棣一开始也想留下这个种子的，所以他并没有直接处死方孝孺，而是先抓入狱中。在准备登基称帝的时候，朱棣让方孝孺出来起草即位诏书。方孝孺拒绝，他与朱棣在朝堂上争执，并激怒了朱棣，最终引发杀身之祸。当时方孝孺以明朝皇位的法理程序质问朱棣，认为朱棣没有合法继承皇帝位的资格。方孝孺的理由很充分，朱允炆死了有儿子朱文圭。若认为朱文圭太小，则有朱允炆的弟弟朱允熥。不论怎么算，都排不到朱棣身上。朱棣被逼得哑口无言，恼羞成怒便下令处死方孝孺。

对于朱棣为什么处死方孝孺的原因，在历史学的圈子里有着各种不同的说法。在我看来，这绝不是朱棣恼怒之下一时冲动的决定，而是在当时明朝政治形势下的必然选择。实际上他们两人在朝堂上的争执就是在对政治形势做选择，只是两人道不同不相为谋，无法互相妥协而已。

方孝孺之所以被姚广孝称为天下读书人的种子，是因为他是江南文官集团中最为纯粹的大臣。建文朝的削藩策略看似为了明朝中央集权，实际上是文官、勋贵和皇室藩王争夺权利的斗争。这种斗争有为国为民的成分，但绝大多数情况下是为了各自所代表的阶层的利益。

江南文官集团本质上代表的是江南的士绅和乡绅的利益，也就是所谓的士大夫集团，他们的政治理念和士大夫与皇帝共治天下。由于明朝是朱元璋从江南起兵建立的国家，所以江南士大夫在国家建立过程中立下大功，所以他们在朝廷中有着很重的话语权。朱元璋时代的著名文臣如李善长、刘伯温、宋濂、胡惟庸等等都是这个集团的代言人。这个集团的权势一度达到了独霸朝政的地步，所以引发了一系列的大案。这些大案表面上看是因官员贪污舞弊获罪，而朱元璋则利用大案的连坐属性，打压了这个集团的势力。

可以说这个文官集团的执政目标不是为了国家，也不是为了皇室和勋贵，更不是为了社会底层的百姓，而是为了士绅乡绅能够独占国家的资源。他们对外打着“齐家、治国、平天下”的美好招牌，却干着蝇营狗苟的事情，为了自身的家族利益，危害着国家的根基。

明朝文人有两类，一类是把程朱理学当招牌，当作争夺权利的工具，另一类是真正的在饯行儒家学说的理想，实现“齐家、治国、平天下”的终极目标。而方孝孺便是后一类，他是以这个理想为人生目标的读书人。因此方孝孺是这个集团中的异类，是真正的纯粹的读书人。

方孝孺这样的读书人在明朝朝廷中不多，在朱允炆削藩的大背景下更是凤毛麟角。姚广孝称赞他为读书人最后的种子虽然有点夸张，但以方孝孺的名声，也不算太过。而朱棣要当好皇帝，把明朝治理好，就非常需要这样的读书人，而非黄子澄、齐泰这种功利之辈。如果方孝孺能够支持朱棣称帝，不但能解决永乐朝在南京立足的问题，还能够弥合南北大案以来南北方文人的矛盾。朱棣和姚广孝都知道文人政治肯定是未来执政的主题，他们都不可能以勋贵和武将治国，所以一开始在处置方孝孺问题上达成了统一意见。

然而他们忽略了一个问题，方孝孺除了文学、治国方面的能力，为国为民的至高理想，还有着酸文人的通病。这便是将气节看得比生命、理想还重要，为此他不惜牺牲家族的一切。尽管方孝孺知道支持朱棣称帝的种种好处，不仅能够家族带来荣华富贵，他自己的政治理想也有机会实现，而且他也会成为永乐朝文臣之首。但是这种珍视气节的政治风格，让他不能够违反自己的人生原则，该投入朱棣麾下。所以他提出了以朱允炆之后来当皇帝的要求，这既是符合明朝法理，也不会玷污方孝孺的个人的气节。

方孝孺选择了气节，而朱棣则是选择了国家。如果方孝孺不加入，明朝文人集团的南北割裂是必然的。而江南文人集团在靖难之役中与勋贵、藩王等产生的矛盾也会继续下去。对于经历了四年内战的明朝来说，这种状况出现在朝廷中，几乎就预示着党争的出现。中国数千年的封建王朝史中，哪个王朝的灭亡没有点党争的因素？这种国家内部政治冲突而导致的内耗，是这些王朝灭亡的根源。朱棣不可能想不到这些，更不可能放任党争出现。他必须要采取手段消弭或者压制这些矛盾，解决朝廷内部的问题。

朱棣解决党争问题和朱元璋非常相似，既然好说好听不干，那就下狠手。用强硬且残酷的手段将这些利益集团打趴下，把这些利益集团争权夺利的力量分化瓦解，使其不敢、无力再朝中争夺既得利益。不论是处死方孝孺一家，还是逼死建文朝旧臣，或者是以各种理由处置明军勋贵，都是为了这个目的。而方孝孺作为文人集团中声望最高者，肯定首当其冲，毫无侥幸的可能。而且朱棣处置方孝孺的手段必须越残酷越无人性越好，只有这样才能达到震慑这些利益集团的目的，坐稳永乐朝皇帝的位置。

方孝孺与朱棣在朝堂上的争执，与其说争夺皇帝位的所属，不如说是争夺解决靖难之役后明朝内部问题的话语权。在朱棣看来，用朱文圭、朱允熥当皇帝，虽然符合法理，却没有威慑力，解决不了内部矛盾问题。即便朱棣当摄政王，也是名不正言不顺。这种勉强组合起来的朝廷早晚会爆发内部矛盾，到时候不只是燕王府，连整个明朝都可能卷入战火之中。所以说朱棣强势即位，不仅仅是个人野心，燕王府和勋贵利益，也是为了明朝考虑。而方孝孺为了所谓的节操而放任这些潜在的危机，也就只能成为朱棣登上皇位的垫脚石。