一般人们讨论历史上的飓风，一般会从1943 年以后算起，因为之前的飓风因为缺乏卫星图像和飞机侦察数据而变得难以考证，而近年来随着人们对更早之前航海日志等可能记录飓风活动的文档的挖掘，通过对北半球天气图和新闻报道的相互应证，逐步确定了1851 年之后的飓风活动轨迹，比如人们发现，1914 年为大西洋有史以来最平静的飓风季节，只生成了一场热带风暴。

而基于古气象学研究的表明，墨西哥湾沿岸的主要飓风（三级飓风和以上）活动在几个世纪到几千年的时间尺度上各不相同。在公元前 3000-1400 年期间，很少有主要飓风袭击墨西哥湾沿岸。在公元前 1400 年和公元 1000 年期间，这些静止间隔被一个极度活跃的时期隔开，当时墨西哥湾沿岸经常遭受灾难性飓风袭击，其登陆概率增加了 3-5 倍。这种千年尺度的变化归因于亚速尔高压即北大西洋高压位置的长期变化，在飓风不活跃期间，亚速尔高压位于更偏东北的位置将导致更多飓风被引导至大西洋沿岸。在极度活跃的时期，随着亚速尔群岛高压转移到靠近加勒比海的更偏西南的位置，更多的飓风被引导到墨西哥湾沿岸。

大西洋飓风的数量和强度可能经历 50-70 年的周期，这也称为大西洋多年代际振荡。根据重建了 18 世纪初的大西洋主要飓风活动，发现五个时期平均每年发生 3-5 次大飓风，持续 40-60 年，另外六个时期平均每年发生 1.5-2.5 次大飓风，持续 10-20 年。

以1600年前大西洋飓风的活动为例，古气候学主要根据沉积物芯样来判断曾经发生过的风暴，因为浪涌会导致大量沉积物的扇形沉积沉入地下，这一点能够从1938 年新英格兰飓风、1978年的Greta飓风等研究中得到证实。

在哥伦布的大西洋航行之前，由于缺乏航海日志，飓风的记录变得非常稀少。因此，1492 年之前的风暴主要在沉积岩芯中发现。用于核心样本的一些地点是伯利兹附近的全球最大的水下洞穴大蓝洞、阿拉巴马州海岸和新英格兰南部沿海沼泽地。大蓝洞是沉积物不断沉积其中的海洋落水洞，由于缺少水循环，海洋生物无法在其存活，但其却成为科学家们的宝库，一般来说，沉积层中的沉积物是光滑的。但是当一场大风暴经过时，它会卷起并沉积粗颗粒。由于蓝洞的结构，物质可以沉积但无法排出，这使得该特征可以作为古代风暴近乎完美的记录。

从公元前 3400 年到 0 年之间可能存在一个飓风极度活跃期，人们在沉积物中发现了频繁的灾难性美国墨西哥湾沿岸的登陆。也有证据表明飓风活动在温暖的中世纪时期达到另一个高峰，随后在小冰河时期出现平静，毕竟热带气旋活动需要温暖的海水作为其发展的动力。

沉积物证实了飓风一号Elisenda的存在，据推测，该飓风在公元前 3340 ± 50 年左右袭击了尼加拉瓜。沉积物显示了其对植被的重大影响，其可能是一个飓风活跃期的开端，伯利兹附近大蓝洞的沉积岩心表明，从公元前 250 年到最晚的1530 年，存在许多猛烈的飓风，在阿拉巴马州沿海地区，大约在 830 年和 1140 年左右发现了两场高端的可能达到四级或五级的飓风，类似于 1979 年的弗雷德里克飓风。

而在罗德岛南部的沉积物中发现了另外两个强大飓风，被过度冲刷的沙层将这两个风暴的发生时间定于 1350±55 和 1430±20 年左右，类似于 1815 年和 1938 年的飓风。从伯利兹附近的沉积物中发现了另一场大飓风，可能可以追溯到约 1465 年。西班牙方济各会传教士迭戈·德·兰达疑似在他的书中提到了这场风暴，他说这场风暴发生在公元 1463-1464 年左右，风暴“摧毁了玛雅土地上的大部分树木”。几年后的 1494 年 9 月，哥伦布抵达伊斯帕尼奥拉岛，不久之后，一场“猛烈的飓风”从西南方袭来，哥伦布在后来给伊莎贝拉女王的信中提及了这场风暴，提供了欧洲人对飓风的第一个记录描述。而在在大约 1500 年，沉积物向了人们展示了可能是自第三个千年以来袭击伯利兹的最大风暴，它可能认为它在玛雅文明中造成了毁灭性的破坏。这次事件的风暴潮如此之大，以至于当时人们认为它可能是一场海啸。研究认为，玛雅文明衰弱的部分原因除了干旱，也包括猛烈的飓风，大蓝洞沉积岩芯显示有五个异常厚的层——15 到 30 厘米——沉积于 700 到 1150 年之间。这些层表明存在极其强烈的飓风，相比之下， 1961 年经过同一地区的 5 级飓风哈蒂留下的沉积层只有 4 厘米厚。

哥伦布在其航行中也曾向飓风屈服，1502年7月，一场快速移动的飓风向西北方向的多米尼加与波多黎各之间移动莫纳海峡有，这是哥伦布的第4次航行，其被迫在伊斯帕尼奥拉的一个港口避风，而其他航海者则拒绝这么做，代价是惨重的，所有31艘船中只有1艘在海上幸存下来，这场灾难造成500多人死亡，是新大陆的第一场海难。

而在1508年8月，文艺复兴时期西班牙探险家Juan Ponce de Leon记录到了有史以来第一个影响波多黎各的热带气旋，而在1530 年夏天，波多黎各经历了3场风暴，第三场风暴在仅和第二次风暴间隔 9 天，洪水孤立了定居点，大量牲畜死亡，当时的西班牙殖民者非常痛苦，考虑完全放弃波多黎各。

1559 年 8 月，16世纪的西班牙探险家Tristan de Luna描述了当今佛罗里达州彭萨科拉附近的一场风暴，这是飓风影响佛罗里达州的第一个记录实例，他的大部分舰队沉没，成为现在的伊曼纽尔角沉船遗址。

1591年8月30日-9月1日，英西战争期间的弗洛雷斯海战爆发，其后一场飓风袭击了亚速尔群岛附近， 造成100 多艘船只沉没。暴风雨过后的 20 天里，人们只是打捞不断涌上岸的死者。1599 年 9 月，西班牙海军的记录显示飓风在佛罗里达州圣奥古斯丁附近登陆。这是 16 世纪目前发现的最后一场风暴。