在无土栽培中，基质栽培的一大优势是能够避免土壤重茬问题，提高作物的产量和品质。和土壤栽培相比，尽管初期投入成本较高，但基质能够重复利用，处理起来也比土壤翻耕简单，在长期使用中具有明显的经济效益和劳动效率优势。
相比传统土壤种植，无土栽培的初期投入较高，包括购买种植设施和基质。然而，在后续的种植过程中，这种模式能降低很多成本。传统土壤种植在换茬时需要进行翻耕、消毒、施有机肥、起垄等多项工作，每亩地的成本通常达到一两千元。无土栽培则无需重复这些步骤，后期更省钱，同时节省人工成本。
尽管无土栽培省去了重新装填基质的麻烦，但直接种植在未处理的旧基质中容易引发死苗和根部病害。因此，基质的处理也是确保下茬蔬菜健康生长的关键步骤。
1.盐分积累的处理，基质栽培中的一个常见问题是盐分积累。不同于水培可以更换新的溶液，基质在多次使用后会逐渐积累盐分，导致肥料浓度过高，进而伤害植物根系。为了解决这一问题，可在蔬菜拔秧后用大量清水冲洗基质。通过浇水，可以将基质中的盐分通过排水口排出。浇水的程度需视流出的水中盐分含量而定，直到水质接近普通水即可停止。这一过程不仅能降低盐分积累，还能防止基质过于干燥，尤其在夏秋高温季节，还助于延长种植袋的使用寿命。
2.残留根系的处理，蔬菜拔秧后，种植袋中会残留一些须根和大根。大根可以手动拔出，而须根则通过浇水慢慢腐烂。使用含有微生物菌的有机基质（如蚯蚓粪），里面带的微生物菌能够分解有机物质，促进根系的分解，降低对下茬作物的影响，同时还需要对基质进行消毒处理。
3.基质的补充，蔬菜拔秧时会带走一些基质，特别是在基质未完全干燥时。浇水后，需检查种植袋中基质的量，缺少的部分应及时补充新基质。处理完这些步骤后，即可进行新一轮的栽苗。
