科学不仅描述了可观察的世界，也探究了隐藏于现象之后的深层现实。实在论认为科学成功地揭示了自然界深层的真实性，比如电子、DNA、以及光在引力场中的行为。这些都是科学寻求理解的目标，而且在很大程度上，科学似乎也在这些领域取得了成功。

然而，实在论面临着来自某些现代科学哲学家的挑战。这些哲学家怀疑关于不可观察现象的科学声明，认为这些主张通常基于假设，而不是直接的观察证实。这种怀疑主要是因为历史上许多理论，如牛顿的光粒子理论和热质说，最终都被证明是错误的。尽管这些理论的基于观察的部分被保留下来，如牛顿关于光的衍射和干涉的观察，但其理论框架却被拒绝。

反实在论者则认为，科学理论的持久之处在于它们的实验和观察基础，而非其理论结构本身。他们认为，科学理论仅是在探索自然界时使用的临时结构，一旦它们的用途结束，这些理论框架也就可以被废弃。从这个角度看，科学的成功并不一定因其理论部分准确描述了不可见的现实。

实在论者则反驳这一观点，他们质疑如果科学理论没有至少近似地正确描述不可观察的现象，科学如何可能达到如此巨大的成功呢? 这种争论核心在于科学理论的证据和有效性，反实在论者强调，即使是过去错误的理论，如那些最终被证明为非实在的理论，也显示出了其时的成功。

总结而言，实在论与反实在论之争揭示了科学理论的复杂性，以及我们如何基于观察建立并评估那些超越直接经验的理论。这一辩论不仅是哲学上的讨论，也深刻影响着科学实践和理论的发展。