在太平洋战场，美军实力在盟国中一家独大，所以不存在贯穿欧洲和北非战场上美英之间的利益争斗。但是在战场之外，美军内部的陆军、海军之争也从未间断过。无论是出于军种利益还是个人私心，麦克阿瑟始终希望将美军在太平洋地区的陆海空力量都纳入自己的指挥之下。作为美国海军在太平洋上的统帅，尼米兹和麦克阿瑟之间的矛盾也一直存在。
早在1943年春，麦克阿瑟就主张由南向北以“新几内亚——棉兰老岛”为进攻轴线，将太平洋主要作战力量集中于此，直至攻入日本本土。他的意见遭到海军众多高级将领的反对，海军更倾向于由东向西在中太平洋地区发起反攻，这里日军的陆基航空力量相对薄弱，兵力也更分散，而美国海军即将拥有强大的海上制空能力和远程打击能力，根本不用在西太平洋与日本人血拼。
“西进”是海军一致意见，而“北上”在陆军内部也有不同声音。与马歇尔不和的麦克阿瑟得不到最高统帅层的支持，只能在那一轮争论中败下阵来。
1943年11月，太平洋舰队所属第5舰队发起“电流”行动，攻占日军中太平洋前哨阵地吉尔伯特群岛。此役，美军在塔拉瓦岛遭遇惨痛损失。麦克阿瑟借机致信陆军部部长史汀生，再次请求调整太平洋地区的战略方向。
他在信中说：“如果正确指挥，太平洋现有兵力已经足够了，我现在需要指挥权……海军的正面进攻，如塔拉瓦，是可悲的，造成了无谓的牺牲。海军对太平洋不了解，不承认第一步是陆军建立陆基航空兵形成保护网后，海军才能投入战斗……罗斯福是海军派，您应当说服他，把太平洋的中央指挥权交给我，我保证在十个月内拿下菲律宾，不再让海军的权势和无知继续给国家造成悲剧。”
塔拉瓦岛争夺战美军的确损失惨重，在持续5天的战斗中，美军在完全掌握制海权和制空权的情况下，登陆部队以伤亡3000多人的代价，全歼守岛日军4000多人。尼米兹在战后广受诟病，美国国内也掀起了一股反对尼米兹的浪潮，直到总统罗斯福亲自干预才平息下来。
1944年1月底，尼米兹邀请太平洋战区高级指挥官齐聚珍珠港，商讨接下来的战略问题。尼米兹邀请了麦克阿瑟，后者依旧以战事繁忙为由拒绝赴约，仅派出参谋长萨瑟兰、航空兵司令肯尼和海军司令金凯德出席。
会上萨瑟兰再次提出经“新几内亚——棉兰老岛”发起主要进攻的主张。令与会将领惊讶的是，尼米兹没有坚持以前的意见，转而支持萨瑟兰，表示在第5舰队完成即将开始的马绍尔群岛战役后，会将太平洋舰队主力调至西南太平洋战区。会后他还指派专人携带会议备忘录赴华盛顿向参谋长联席会议汇报。
尼米兹态度的转变是受到塔拉瓦岛战役的影响。塔拉瓦岛不过1.2平方公里，美军尚需付出数千人伤亡代价才能攻取，在第5舰队西进的路线中，下一个目标将是马里亚纳群岛，其包含的关岛、塞班岛、提尼安岛都要比塔拉瓦岛大得多，碰到的困难也要多得多，还不知道会付出多大的牺牲。
麦克阿瑟得知尼米兹态度转变后，着实感到惊喜。殊不知这不过是两个人新一轮争斗的序幕。
无论是否改变进攻方向，部署在中太平洋的第5舰队都要按计划完成夺取马绍尔群岛的作战行动。
日军在马绍尔群岛部署的兵力比吉尔伯特群岛强大得多。地面部队包括海军两栖第1旅，南洋第1、第2、第3支队和隶属海军第4舰队的地勤保障队。空军兵力为3个航空队共约100架作战飞机。守军兵力合计1.3万人。
马绍尔群岛由一系列岛礁和小岛构成，防御重点放在群岛外围的几处环礁，指挥部则设在群岛中央的夸贾林环礁。
1943年12月，吉尔伯特群岛战役结束后不久，尼米兹就开始同第5舰队几位主要指挥官商讨代号“燧发枪”作战计划。
第5舰队司令斯普鲁恩斯、第5两栖编队司令特纳和第5两栖军军长史密斯都对塔拉瓦心有余悸。所以提出作战计划分为两个阶段，先占领群岛东端的马洛埃拉普环礁和沃杰环礁，然后利用日军修建的机场作为轰炸机基地，对设在夸贾林环礁的日军司令部实施进攻。
尼米兹否定了这个方案，他认为应该绕过日军重点防御的外围环礁，直接进攻夸贾林。攻下这里美军就能得到两座机场和第一流的锚地。
第5舰队的三位主将都强烈反对尼米兹的意见。他们认为一旦美军攻占夸贾林，就会成为四周日军陆基航空兵的袭击目标，夸贾林未必守得住，至少会付出重大伤亡。尼米兹提醒诸位，情报显示日军正在加强外层环礁的防御工事，唯独忽略了有外围环礁屏护的夸贾林。即便如此斯普鲁恩斯、特纳和史密斯也没有改变立场。
1943年12月14日，尼米兹最后一次征求第5舰队众将的意见。
“斯普鲁恩斯，你现在怎么考虑？”
“打外围岛屿。”
“特纳，你呢？”
“打外围岛屿。”
“霍兰德，还有你呢？”
“打外围岛屿。”
会议陷入沉默。接着尼米兹用不容置疑的口吻说：“但是，诸位，我们的下一个目标还是夸贾林。”
特纳仍旧反对，尼米兹则语气平静地说：“情况就这样，如果你们不想干，战区就换人。你们愿意干还是不愿意干？”
斯普鲁恩斯见无法改变尼米兹的决定，于是提出在占领夸贾林的同时，占领防御薄弱的马朱罗岛，用于海军作战舰队的基地。尼米兹表示同意。
最终“燧发枪”行动确定在1944年1月31日开始实施。战役计划规定：D日首先攻取未设防的马朱罗环礁，取得锚地。D+1日在夸贾林环礁南、北两端登陆发起进攻。如果战役进展迅速，则孤立群岛东侧日军防御重点，挥师西北夺取距离日本联合舰队基地特鲁克669海里的埃尼威托克环礁。
此次行动依旧由斯普鲁恩斯统一指挥，两栖编队指挥官特纳，登陆部队指挥官史密斯，第5舰队所属第58航母特混舰队则交给了马克·米切尔少将。此次作战第5舰队集中了375艘舰船、5.3万登陆部队和3.1万守备部队。米切尔率领的第58特混舰队辖6艘重型航母、6艘轻型航母、6艘快速战列舰、6艘巡洋舰、36艘驱逐舰和700架飞机。
1944年1月22日，尼米兹站在夏威夷马卡拉帕山上，目送第5舰队离港。清晨还犹如钢铁城堡般的夏威夷港很快就变得一片空旷。这支舰队中很多军舰在战争结束前再也没有回到过珍珠港。
日军对美军直取夸贾林毫无防备，他们在战前估计美军的进攻方向有两条，一条是从刚夺取的吉尔伯特群岛出发，从马绍尔群岛东南方向进攻米利环礁和贾卢伊特环礁；或者从珍珠港出发，从马绍尔群岛东北方向进攻沃杰环礁和马洛埃拉普环礁。所以他们重点加强了上述四个岛礁的防御，反而忽视了夸贾林。
“燧发枪”行动还吸取了进攻塔拉瓦岛的经验，在登陆前炮火准备期间，美军使用高强度炮火对日军防御工事实施轰炸，投弹量是上次行动的4倍。1月31日，美军顺利攻占马朱罗岛。担任夸贾林进攻任务的是陆军第7步兵师，该师曾参加过1943年5月的阿图岛战役，具备夺岛作战经验。2月1日，第7师按计划在“红一”和“红二”海滩登陆，进展出乎意料地顺利。只用了12分钟就将1200名官兵送上岸。
一位参战军官回忆说：“这简直像是一次演习。我们没有耽误一秒钟，我们的士兵携带着喷火器和炸药包前进，去摧毁那些在美军火力攻击时侥幸未遭遇破坏的军事设施和未被炸死的日军。我方损失了一些人，但日军却大批被击败了。”
在随后的几天，第7步兵师稳扎稳打。从2月3日起，日军又开始发动多次反击，至3日黄昏，美军已经把守敌压缩在一条只有500多米长的地段。2月7日，美军彻底肃清了夸贾林日军残余。与此同时，海军陆战第4师于2月1日攻占罗伊岛，2日攻克那慕尔岛。至于日军重点防御的几处岛礁，美军并没有发动强攻，而是采取围困的方式，直到战争结束。
至此“燧发枪”行动结束，美军在夸贾林仅阵亡372人，歼灭日军近8000人。
“燧发枪”行动获得了美军高层的一致称赞，认为这是“美军打得最漂亮的一次两栖进攻作战，应当成为未来进攻战的模式”。2月17日，第5舰队1个航母特混大队秋风扫落叶一般对马绍尔群岛西端的埃尼威托克环礁发起进攻。战至2月21日，全歼守军808人。在此期间，斯普鲁恩斯派出其余3个航母特混大队逼近日本联合舰队大本营特鲁克港。日军舰队司令古贺峰一得知美军正在特鲁克上空实施侦察后，立即命令将舰队撤离。随后美军特混舰队对特鲁克港实施了三轮轰炸，岛上飞机几乎全部被摧毁。从军事角度说，特鲁克港已经毫无价值。
为了表彰第5舰队取得的功勋，尼米兹上报海军作战部，并经美国参议院批准。斯普鲁恩斯晋升四星上将，特纳、米切尔、史密斯晋升海军中将。米切尔还被正式任命为第58航母特混舰队司令。
就在尼米兹志得意满的时候，海军作战部长欧内斯特·金却给尼米兹寄去了一封措辞严厉的信。让金震怒的起因是马绍尔战役前在珍珠港召开的那次战略会议，当时尼米兹承诺马绍尔群岛战役结束后，将支持麦克阿瑟从西南太平洋发动主攻，并把太平洋舰队主力交给对方。
金在信中写道：“我怀着极大的兴趣读了你们的会议记录，对你们的意见感到惊讶和愤慨。显然那些主张在西南太平洋地区集中使用兵力和认为这种意见可行的人，既没有考虑也没有想清楚是否要到何时才能结束日军占领、使用马里亚纳群岛和加罗林群岛的状态……在我看来，如果从新几内亚直穿菲律宾消灭日军的战略是荒谬的，也不符合参谋长联席会议的决议精神。”
很显然作为美国海军的掌舵人，金极力反对麦克阿瑟的主张，信中也表达了对尼米兹改变态度的强烈不满。此时尼米兹也有些后悔，他当初是受到塔拉瓦岛损失惨重的影响，西进的信心受挫。但马绍尔群岛战役的巨大成功又给了他信心，于是他给金写了一封回信，表示愿意回到原来的战略路线上来。
麦克阿瑟得知此事后勃然大怒，1月底那次会议结束后，他连续上书美军联席会议，要求向西南太平洋战区增派重型轰炸机，要求把太平洋舰队全部交给哈尔西指挥，还要求协调英国方面，派出一支海军特混舰队交给自己指挥。在麦克阿瑟看来，自己即将成为太平洋地区的最高统帅。但是尼米兹的“出尔反尔”让麦克阿瑟陷入了极为尴尬的境地。他立即致信马歇尔，要求尽早让他亲自去向陆军部部长和总统陈述意见。
马歇尔的回信很不客气，他说：“在你地区的所有部队和设施都归你指挥，你在指挥上的完整性和个人面子都没有问题，除非你主动放弃指挥权。”
1944年3月2日，参谋长联席会议要求尼米兹和麦克阿瑟返回华盛顿，当面解决他们之间分歧。麦克阿瑟知道华盛顿决策层没有他的支持者，仍旧以战事繁忙、无法脱身为由拒绝返回，只是委派参谋长萨瑟兰代为表达意见。后者坚定要求从新几内亚向北进攻，并提出第5舰队配合行动，这一次尼米兹直接回绝了。
3月11日，参谋长联席会议中和了两方的意见，作出一份妥协方案：4月，西南太平洋战区发起霍兰迪亚战役，撕破日军在南太平洋的防御锁链；6月，中太平洋战区发起马里亚纳群岛战役，攻入日军“绝对防御圈”；9月，中太平洋战区进攻帕劳群岛；11月，两路美军进攻棉兰老岛，届时西南太平洋战区担任主攻，海军负责支援作战。
参谋长联席会议结束后，尼米兹受邀拜访总统罗斯福。此时罗斯福的身体状况已经大不如前，尼米兹在会谈时刻意少谈公事，以免让总统费神。他给罗斯福讲起了自己擅长的得克萨斯笑话，让整个会谈气氛变得轻松愉快。尼米兹清楚这次会面的用意，它表明总统一直支持他。
3月15日，尼米兹返回珍珠港。他的办公桌上放着一份电报，令其惊讶的是电报是麦克阿瑟发来的。上面写道：“我久有此意，向阁下略尽地主之谊。通过我们之间的私人会晤，增进双方司令部的紧密合作。因此阁下如有时间来布里斯班作客，我将甚为高兴，定予热诚欢迎。”
尼米兹一直隐忍着对麦克阿瑟的不满，西南太平洋战区的实力并不弱，仅控制的太平洋舰队舰船就有221艘之多，但这些战舰长期闲置，不能在海上发挥作用。即便如此，麦克阿瑟依旧觊觎中太平洋的第5舰队，这很难让人相信麦克阿瑟仅仅是从战争角度考虑问题。
不过陆军与海军、西南太平洋战区和太平洋战区、尼米兹和麦克阿瑟之间的纷争对战争进程毫无益处，所以尼米兹一直迫切希望与麦克阿瑟建立最起码的合作关系。在收到麦克阿瑟的善意后，他立即回电：“对阁下的热忱邀请我非常感谢。今晨我从华盛顿回来读到来电，我将以莫大的荣幸在不远的将来获得阁下的款待。我们之间的会晤将使我们在未来战争中获得最密切的协作。数天内，我将把可能动身的时间奉告给你。”
