内阁制度始于1402年明建文四年，至1644年崇祯十七年明亡。
它是由明成祖朱棣设立的，解缙、胡广、黄淮、杨荣、杨士奇、金幼孜、胡俨等进入文渊阁，为皇帝提供参谋建议，史料记载为"参预机务"，称为"内阁"。
明成祖朱棣
“八月壬子，侍读解缙、编修黄淮入直文渊阁。寻命侍读胡广，修撰杨荣，编修杨士奇，检讨金幼孜、故俨同入直，并预机务。”（明史 本纪.卷五）
它之所以会成立，最重要的原因就是明太祖朱元璋废除了丞相制度，由皇帝直接领导六部，皇权得以空前的集中。但这也意味着事无巨细都要皇帝亲自处理。
朱元璋是个强人，乐在其中，但其后代可受不了这种罪，所以必然要建立一个机构来代劳。
内阁成立之初只是皇帝咨政机构，相当于皇帝的私人秘书处。内阁大学士只具有顾问身份，很少有参决的机会，皇帝就看看他们建议作出决定。
内阁辅臣的人数并不固定，为一人至七人不等，辅臣奉旨外出办事时多自称阁部。此时内阁的主要作用是“拟票”，对于六部和地方上呈各种奏章阅审，给出合理化的建议，用小纸条写好贴在奏章上，再由通政司汇总，司礼监太监呈报给皇帝批阅。
皇帝在票拟上再批红
内阁阁员品级都不高只有正五品。内阁大学士全部从翰林院选拔。只有通过科举考试获得进士出身的考生，才能进入翰林院，由此可见内阁阁员全都是高素质人才，而且阁员一般还要经过翰林院庶吉士锻炼。
后来就逐渐形成了"非庶吉士不能入阁"的惯例。
到明仁宗、明宣宗时期，内阁地位日益尊崇，权力也逐年增大。明仁宗时升杨荣为太常寺卿，金幼孜为户部侍郎，杨士奇为礼部左侍郎，黄淮为通政使，分别为华盖殿大学士、武英殿大学士，四人全权掌管内阁。此时内阁阁员为正三品。
明仁宗朱高炽
宣宗时，杨溥及礼部侍郎张瑛兼华盖殿大学士、户部侍郎陈山兼谨身殿大学士先后入文渊阁供职。
明代宗景泰年间，内阁第一次有六部尚书进入。景泰三年（1452年）正二品的吏部尚书王文进驻入内阁，被称为内阁大学士，由此内阁成员开始主要从六部尚书及有实权的官员之中选拔。
于是诏用文。寻自江、淮还朝，改吏部尚书，兼翰林院学士，直文渊阁。二品大臣入阁自文始。（《明史·王文传》）
此举让内阁大学士成了实权职位，内阁地位至此高于六部。形成了六部向内阁负责，然后由内阁直达皇帝的模式。
明英宗首辅名产生天顺初，英宗复辟后，李贤加少保吏部尚书兼华盖殿大学士，二度入阁，明英宗命其“掌文渊阁事”。从此他在内阁地位独尊，遂有了首辅之名。
明武宗正式选首次辅武宗朱厚照正德年间，由于皇帝贪恋游玩整天嬉戏，常年不呆在宫中，这时的内阁权力又得到极大的扩张。内阁总领朝政，这时从内阁大学中选拔一个资历和威望最高的大学士为首辅，地位次之为次辅。用现在的话来说，基本可称为首辅负责制。
“然耽乐嬉游，暱近群小，至自署官号，冠履之分荡然矣。”（《明史》本纪·卷十六）
随后的嘉靖、隆庆两朝，出现了几个权倾一时的首辅如夏言、严嵩、徐阶、高拱。此时的内阁首辅虽无宰相之名，却有宰相之权，而且权力较前朝之宰相有过之而无不及。内阁不再局限于“拟票”，还有向皇帝推荐官员、领导六部、监督各级地方大员、决策国家各种大事等权力。
明世宗嘉靖
万历朝达到顶峰经过嘉靖、隆庆两朝，到了万历早期，内阁权利达到了历史上巅峰。首辅张居正真正掌握了朝政，内阁成为了政府运转的中枢。张居正通过内阁的推动明朝最有名的改革。此时的内阁首辅张居正实际上是朝堂第一人。
张居正之后，内阁首辅的权力逐渐衰落，但该称呼仍延续至明亡。
万历后，内阁遂成为太监的附庸明朝万历后，经济衰退、财政困难、社会矛盾的加剧导致了内阁的无力应对，农民起义的不断发生削弱了明朝政权的统治能力，内阁面临着巨大的困境。且在这段时间由于太监权力不断扩张，内阁实际上已为太监所制。
