无菌室应采光良好、避免潮湿、远离厕所及污染区。面积一般不超过10平方米，不小于5平方米；高度不超过2.4m。由1~2 个缓冲间组成，在缓冲间或更衣室内应有洗手、换衣、换鞋等设施，不应放置培养箱和其他杂物：无菌室内应六面光滑平整，能耐受清洗消毒。操作间内不应安装下水道。

无菌操作室应具有空气除菌过滤的单向流空气装置，操作区洁净度100级或放置同等级别的超净工作台，室内温度控制18~26C，相对湿度45%~65%。缓冲间及操作室内均应设置能达到空气消毒效果的紫外灯或其他适宜的消毒装置，空气洁净级别不同的相邻房间之间的静压差应大于5Pa，洁净室(区)与室外大气的静压差大于10Pa。无菌室内的照明灯应嵌装在天花板内，室内光照应分布均匀，光照度不低于300lx。缓冲间和操作间所设置的紫外线杀菌灯(2~2.5W/平方米)，应定期检查辐射强度，不符合要求的紫外杀菌灯应及时更换。

无菌室应每周和每次操作前应用消毒液擦拭操作台及可能污染的死角，开启空气洁净过滤器及紫外灯杀菌。在每次实验操作完毕，也同样用上述消毒溶液擦拭工作台面。