对于封驳官如何具体行使其封驳之权，不同史料对此的记载也大不相同：
《唐六典》中关于的执行方式的记载是“凡制敕宣行，大事则称扬德泽，褒美功业，覆奏而请施行；小事则署而颁之。”也就是说封驳官对与皇帝所颁发的制敕有“覆奏”和“署而颁之”的权力。
对于“覆奏”和“署而颁之”的理解，主要是指制敕文书需要经过给事中的签署，其法律程式才会完整，如果缺少其签署或将文书退回，便形成“封驳”。
而《新唐书》在论及封驳官的行权方式时则表述为“诏敕不便者，涂窜而封还，谓之‘涂归’。季终，奏驳正之目。”
在新旧两唐书中，封驳权行使的方式并不相同，在《新唐书》中，封驳官具有对文书的涂改之权，而《旧唐书》所表述的权利仅为签署亦或退回。
对于这两篇史料的不同记载，我们可以得知，随着社会的演进和发展，封驳制度在唐代社会也逐渐被完善，封驳官行权的方式也渐为成熟和规范。
因此，在不同的历史时期，封驳官行使封驳权的方式也不尽相同。但我认为无外于如下几种方式：
（1）封还上奏唐前期，封驳制度尚未正式形成，仍处于酝酿阶段。封驳官对于制敕文书或者臣下章奏有不同意见时，一般采用的方式大都是“封还”、“驳议”、“论驳”等形式。
至于这种形式在实际操作中具体如何实施，史书中并无明确记载，但我们可以肯定的是，封驳官有权针对其认为失宜或者有违误的制敕或者奏抄封还上奏，也就是说封驳官除了拒绝在文书上签字以外，还可以采取封还的方式，并向皇帝陈奏其理由。
如唐中宗景龙元年（707年），给事中卢粲驳奏为武崇训建造陵墓的制书，这里给事中进行封驳时所采用的就是驳正并上奏的方式，称王侯、公主建陵一事此前只存在永泰公主一例，属违反了常例，不宜被效仿引用。
又如开元二十一年（733年），给事中夏侯铦驳奏安定公主与前驸马王同皎合葬一事，上书劝谏中宗，称安定公主已经与王家恩断义绝，此举不合礼制。这也是封驳官给事中采用封还上奏的方式进行封驳的例子。
另外，当时行使封驳权的除给事中以外，门下省之正副长官（侍中、黄门侍郎）也拥有对于制敕的审核驳正之权。
如贞元二年（786年），德宗命玉工制作一条玉带，但由于玉工的失手不小心将制成的玉带摔碎，德宗遂下令杀之。
门下侍郎柳浑执奏封还，后皇帝从其奏，将玉工释放，封驳成功。封驳制度正式确立后，根据大量的案例记载，封还并上奏陈述封驳的理由是封驳官最常采用的方式。
如元和四年（809年），给事中吕元膺封还任宦官突吐承璀为招讨处置使，并上奏解释道内臣若为帅统兵，不会为忠将所服。同年，给事中采取了同样的封还上奏的方式阻止了宪宗任淮南节度使孔戡为卫尉丞之诏。
又有开成三年（838年）给事中韦温以乐宫不可为官为由封还文宗授乐官尉迟璋为光州长史的诏书，此类事例不胜枚举。由此可见，唐代封驳制度逐渐形成并完善以后，封驳官所采取的最为主要的方式即将其认为有异议的诏书直接封还，并且上奏不合理之处供皇帝阅览。
（2）涂归、批敕所谓“涂归”，是指封驳官对其认为不当的诏敕直接加以涂改的行为。玄宗时期有敕文文曰：“加阶入三品，并授官及勋封甲，并诸色阙等进画，出至门下省重加详覆，有驳正者，便即落下墨涂讫，仍于甲上具注事由，并牒中书省。”
对于大臣门上呈的章奏，门下省有审阅之权，若认为有驳正之处，便可以用笔墨加以涂改。在封驳制度形成初期，门下省使用涂归的方式行使封驳职权主要是针对上行文书而言，即为皇帝呈阅奏章；而对于上行下达的“下行文书”并不多见，这也符合唐朝时期门下省的发展进程。
《新唐书·百官志》记载：“唐制，给事中四人，掌侍左右，分判省事，……见百司奏抄。侍中既审，则驳正违失；诏敕不便者，涂窜而奏还，谓之涂归”在制度上了赋予给事中涂窜奏还之权。此外，除了给事中有权对诏敕进行涂改以外，门下省的其他封驳官（侍中、黄门侍郎）也享有同样的权力。
宪宗时期，李藩以门下侍郎同平章事，代表门下省签署制书，因为他的反对，打消了王锷兼相案，其采用的封驳方式即是用笔直接涂改了诏书上的“兼相”二字。
此乃封驳官用涂归的方式进行封驳的典型事例。
所谓“批敕”，是指封驳官对制敕若有异议，可将其异议书写在另一白纸上，是谓“文状”，然后将制敕随同文状一起封还。
元和年间，给事中李藩在表达对某项制敕的异议时，采用的是直接在黄敕上进行批示的方式。一旁的小吏认为此举似有犯上之嫌，若对敕书有不同意见，应当附于另一张白纸上。
李藩道：“另外附纸，只能叫‘文状’，怎么能算是给事中的‘批敕’之责呢？”。
李藩还因批敕的行为被统治者认为有宰相之器，不久就被提拔为宰相。李藩直接将异议写在制敕上，其做法是对的，所以宪宗觉得他很合乎给事中之做法。只是主事之吏很少见到如此做法，且在当时的封建社会背景下，皇权具有最高的权威，黄敕被认为是至高无上的权力的体现，直接在黄敕上进行批改的方式较为激进，并非主流做法。
在古代封建王朝，对于皇帝的诏令，作为官员随意进行涂抹修改是不合礼法的，并且极有可能会触犯皇帝的权威，因此也很少有此相关的事例佐证。“涂归”与“批敕”这两种方式均是对制敕文书直接进行批改，其不同之处就在于其所针对的制敕施行阶段的差异。
“涂归”主要在中书省草拟诏书至门下审核时，封驳官认为有须驳正之处，对其加以涂改并封还。而“批敕”主要是指此时诏书到了统治者手中，封驳官对其有异议而对其进行修改的行为，通常应该在文书后另附白纸。
简言之，“涂归”是指封驳官对未副署草案的修改，而“批敕”是针对正式制敕文书的修改。
（3）执之不下封驳官在封驳时还有一种较直接封还诏书更为温和的方式，即暂时扣压诏书不下放。如德宗贞元元年（785年），给事中袁高执制书上奏，以卢杞曾有劣政、不宜任新职为由反对太宗对卢杞的人事任命。
此时，给事中固然可以直接封还制书，但如果做的更温和些，在形式上是谏议，而实际仍然是封驳性质的做法即给事中将此草诏暂执，另行提出奏议，即所谓“停诏执奏”。
此案中给事中袁高就是采取的这种方式，此时上奏还可联合志同道合的群臣，共同上奏，或分别上奏，对君相形成集体压力。卢杞案除了给事中袁高上奏表示反对以外，还有补阙陈京、赵需等上疏论奏。这种做法一方面可以减少制书之错误，或减少实施之困难；
另一方面，对于不合理的制书，亦可形成压力，迫使统治者收回成命。在此案中，给事中袁高对此所采取的封驳方式除了再三力奏不可之外，还对任命诏书“执之不下”，最终使得德宗打消原意，卢杞被改任为上佐，封驳成功。
又如元和四年（809年），有官员举报孔戡有违纪之事，宪宗下旨贬黜孔戡。制书下行至门下省时被给事中吕元膺执之，经皇帝遣中使慰喻后才得以下行。上述案例中封驳官表面上可能只是暂压诏敕，争取时间，或是结合众谏官改变皇帝旨意，实质上亦属于封驳的一种，只是处理方式较为缓和而已。
但是由于唐代时候封驳官进行封驳的主流方式是对诏书进行封还并上疏陈奏，说明其理由，采用执之不下这种方式进行封驳的事例史书所记载得并不多，因此，这种方式是否为封驳官进行封驳的既定形式无从得知。
