反实在论者提出，在科学中理论知识与观察层次的知识存在本质区别，其中观察层次的知识被视为更可靠。然而，这种区分遭到质疑，因为所有科学知识，包括观察与实验结果，都受理论影响且可能会被新证据替代。这表明观察知识与理论知识之间的界线可能并非那么明显，从而为实在论者提供了新的视角，即理论与观察知识应同等处理。

在实验层面，反实在论者承认理论对新实验效应的发现至关重要。他们强调，实验知识可以独立于理论进行操作和评价，并在理论变革中保持其价值。例如，法拉第的电动机发现和赫兹的无线电波实验，支持了反实在论者的观点，这些实验知识未直接依赖理论的变更。然而，随着科学的进展，实验知识和理论之间的联系变得更为复杂，且互相依存。

一个典型的例子是电子显微镜在研究晶体位错中的应用。早期研究可能支持反实在论，因为位错的观察和验证并不完全依赖复杂的理论。然而，随着技术和理论的进步，理论的细节变得关键，以至于对实验结果的解释越来越依赖理论的一致性。

反实在论者对理论的要求是其具有普遍性和统一性。他们追求的是一个理论框架，可以统一解释如天文学和力学的广泛现象。例如，皮埃尔·迪昂使用哥白尼革命来支持其观点，尽管这一点颇具讽刺意味。

对原子论的争论也显示了反实在论者的态度变化。19世纪末，许多反实在论者如马赫和奥斯特瓦尔德反对将原子论作为科学的一部分，认为原子作为不可观察的实体应当被视为有用的虚构。然而，到了20世纪，随着实验技术的发展，原子论被广泛接受，显示了科学知识的边界随着实验方法的进步而扩展。

这些讨论显示，反实在论者在面对批评时如何调整其理论立场，同时也反映了科学知识发展的动态性和复杂性。