1948年，国民党正式召开国民大会，然而这场会议的结果在开会前似乎就已经决定了。原本还抱有期待的程潜，却意外成为这场大会最大的输家。会议开始前，程潜接到蒋介石发来的邀请，一开始蒋介石主动开出了不错的条件，希望程潜能竞选副总统。可随着大会副总统竞选进入到最后一轮，程潜却接到蒋介石的通知，要求他将自己的选票分给孙科。
此事令程潜意识到蒋介石的真正意图，他对此感到无比愤怒，没想到蒋介石到了这个时候还要拿他当工具人。此时，国民党在正面战场上节节失利，程潜的心态发生了一定的变化，他对于国民党眼下的情况非常清楚。国民大会的事情，更是令他心灰意冷。恼怒之下，程潜做出了一个令所有人都感到意外的决定，他主动退出中央，要求到湖南主政。
这个提议令南京政府感到为难，蒋介石等人觉得非常过意不去，毕竟让程潜这样的元老去负责一个省，传出去实在太不好听。可此时程潜已经决定要为后面铺路，他并不想错过这个机会，眼看程潜一再坚持，何应钦等人主动送上人情，让程潜额外负责江西，一人兼管两省，看起来并没有亏待程潜。正忙于竞选内斗的南京政府，人们对于程潜这样一位落选的失败者并没有那么关注。
就这样，1948年7月24日上午，程潜乘坐的火车抵达长沙东站。尽管很多人对这位受到蒋系与桂系双重排挤的失势元老没有什么期望，可当程潜走下火车的时候，他看到的是早早在那里等候多时的湖南军政要员们。程潜的到来，在湖南社会各界引起了巨大的轰动。
主政湖南之后，程潜依旧高调地喊出了“反共”的口号。不过，在这大张旗鼓的宣传之下，是程潜一系列反常的举动。为了配合南下的解放军部队，中共在湖南的党组织开展了一系列活动，程潜对眼皮底下发生的这一切不予理会，又撤销了诸多针对中共的政策，同时在湖南开展了一系列打击贪腐，惩治地主恶霸的工作。此举引起了蒋介石等人的警惕，也引起了中共的注意。
中央希望能争取到程潜这样的元老，渴望他能顺应大势，配合解放军和平解放湖南等地。为此，中共开始了行动，先是通过程潜家族中的进步子弟，希望能让程潜明白。同时湖南政府以及社会各界的开明人士也加入进来，大家都希望程潜能够带领湖南起义。可程潜虽然采取了一些行动，但他心中仍然有一个最难过的坎，那就是自己的立场与归属问题。
当时，中央公布了许多国民党战犯的名单，程潜的名字就在里面。他一向非常信任的政府顾问方叔章则当面对程潜说：“如果共军来了，你走哪条路？打吧，蒋介石的几百万军队都被打垮了。跑吧，去美国你又没有钱， 去香港你也住不了多久。到台湾蒋介石不会要你，怎么办？”
此话道出了程潜的困境，然而程潜依旧犹豫，他非常清楚方叔章话里的意思，从离开南京后，他就一直在思考自己的去留。如今，程潜之所以还犹豫，是因为他对于自己在中共那边的立场并没有信心。他不清楚中共究竟是如何看待自己的，作为国民党元老，又被列为解放战争中排名靠前的战犯，程潜对起义之后的处境感到十分悲观。
好在关键时刻，毛主席亲笔电文令程潜心里有底，有了主席的支持与肯定，程潜最终下定决心。他调来了自己的学生陈明仁，与他们一同控制了湖南的局势，最终领导湖南和平起义。
中央对于程潜的选择非常高兴，毛主席更是热情邀请程潜来到北京参加政协会议。1949年9月9日，程潜一行抵达北京，毛主席等人早早就在车站等候，程潜下车之后，只见毛主席激动地走上前握住他的手，说道：“颂云兄，久违了，可好啊！”主席的态度，再一次明确了程潜在新中国的身份，要知道这场政协会议邀请了许多民主人士，但真正能让主席到车站迎接的人只有两个，一位是宋庆龄先生，另一位便是程潜。
新中国成立后，程潜担心的事情并没有发生，毛主席邀请程潜担任中南军政委员会副主席，随后又邀请程潜做了湖南省长。考虑到程潜的年龄问题，主席还主动提出，程潜可以每年半年多的时间住在北京。程潜多次认为自己的年龄太大，继续占着省长的位置太不合适，于是主动向毛主席请辞。主席却坚决不肯，一再挽留，最终程潜一直做了14年的湖南省长。
不过，国内发生的一系列变动，让程潜原本放下的心又有了一些波动。1957年，国内开始了整风运动，此事对于程潜等一众国民党老人们有些敏感。不少人对全国范围开展的整风感到非常担忧，程潜作为国内党外民主人士的代表，他的一举一动都受到人们的关注。在湖南召开的政协会议上，不断有人向程潜提出意见。当时，中央一直号召党外人士配合执行整风运动，程潜再一次面临着选择。
面对人们不断向自己提出的意见，程潜并没有亲自处理，而是将这些全部都交到了北京，希望中央能协助自己处理此事。很快，程潜等到了北京的来信，中央处书记打来电话，邀请程潜来到北京，希望他能来参加北京举行的整风运动座谈会。程潜意识到这次赴京，对自己来说是一个重要的机会。他希望中央能给出一些明确的信息，尤其是希望能与中央达成一致，明确自己在整风运动中的定位与立场。
实际上，中央正是考虑到这点，才特意邀请程潜来到北京。当程潜赶来北京后，周总理早就等他多时了。在北京程潜的寓所里，前来拜访的周总理与程潜俩人在客厅内，秘密会谈了一个多小时。身边的人们并不知道他们俩人到底谈了些什么，不过从周总理离开之后，程潜的表现来看，大家认为程潜与中央已经达成了一致。因为，随后他作为党外人士的代表，就特意要求自己的秘书写了一份关于整风座谈会的演讲稿。
次日，程潜在讲话中指出：“要不要共产党领导？这本来不是一个问题。谁在今天还提出这样的问题，或者向共产党的领导权进攻，只表明他在政治上的幼稚无知和狂妄……且不说共产党的强大，且不说法律规定了共产党对我们国家事务的领导权，退一万步，请问：不要共产党领导，谁来领导？……我们民革代表旧军政人员，其他的民主党派各代表一定阶层、阶级，这是中国政治历史形势和阶级力量对比决定的。”
这番言论，无疑明确了自己的立场，也成为党外人士在整风运动中立场的代表。显然，程潜必然与中央取得了一致，他的发言对于整风运动有极大的帮助。不过，程潜的立场仍然受到了很多人的质疑。
不少选择起义的国民党将领，感到非常害怕，当初长沙起义的将领里，就有人找到程潜。他指出程潜作为起义的代表，政府是不会对他们做些什么的，可像自己这样，起义的时候并没有那么高军衔的人，在这场风波里就很难安定了。面对昔日部下提出的质疑，程潜非常生气，他认为中共不会做出过河拆桥的事情，眼下跑来质疑这种事情，反而是主动挑起分裂。程潜坚定的态度，令不少人停止了抱怨，可大家悬着的心并没有放下。因为很快，程潜的族弟程星龄受到了波及。
他不仅是程潜的家人，更是长沙起义中，负责与程潜联络的重要人员。他卷入到风波之中，令很多人感觉程潜的处境也非常不妙。尤其是针对程星龄的批判很快就在湖南开展，一时间运动迅速步入高潮，舆论一边倒偏向了批判。尽管此前已经与中央取得了一致，但湖南发生的事情，令程潜的心也没有底了。他对于这场批判非常不满，认为这也是冲着自己来的，尽管统战部已经事先跟他打好招呼，程潜依旧感到非常生气。
他对身边人说：“程星龄是我族弟，蒋介石讨嫌他，他和共产党联系多，曾身陷国民党囹圄，还是我借机保他出来。长沙和平起义，他参与谋划，功不可没。现在这不是杀鸡儆猴吗？”随后他多次直言一些事情的弊端，可此时的程潜年龄已经非常大了，他已经没有太多的精力去管这些事情了。
中央一直都非常重视对于程潜的保护工作，周总理更是将程潜定做首要保护的目标之一。毛主席一直都跟程潜保持着非常好的关系，主席还曾邀请程潜一起出去玩，俩人一同乘船游玩，主席还亲自开船。可是，随着运动不断扩大，许多地方都发生了巨大的变化。诸多党外人士，同样被卷入了这场运动之中，受到批判，被下狱的人有很多。
由于中央的政策，程潜一家在北京得到保护，但还是难免受到波及。此前族弟的事情，让程潜家里感到非常不安。运动的不断扩大，更是令他们感到非常害怕。1968年，程潜不小心摔伤住院。此时，北京城内不少地方都已经失去了秩序，医院内更是乱成一团。程潜入院之后，一家人看到了医院此时的情况，他们更加害怕。眼看着程潜的身体越来越不好，大家心里都产生了一个疑问，那就是如果运动继续扩大，一家人还能否不受波及呢？
程潜与妻子都非常清楚，他们还是需要有一个保证，只是他们没办法主动提出来。当时，中央内部事情非常多，许多事情都需要尽快处理，周总理等人也忙不过来。这种时候，自然不好为这类事情去烦扰总理他们。可是很快，程潜的病情开始恶化，4月9日，程潜在医院中病逝。去世前，他还是非常担心自己的家人，又对当时一些事情感到担忧，这位对中国革命产生过巨大影响的革命元老，最终还是带着遗憾离开了人世。
得知程潜病逝，中央高度重视，周总理得知此事非常伤心，连忙赶来吊唁。总理清楚，程潜生前是希望能以棺木下葬，可程潜的妻子郭翼青知道眼下是特殊时期。因此，她没有选择遵照程潜的遗愿，坚持使用火葬。总理反复劝说无果，只能同意。
4月12日，程潜的追悼会如期举行，李宗仁等人还是赶来参加了程潜的葬礼。总理结束了忙碌的工作后，在次日特意来到程潜的家里，慰问其家属。见到总理亲自到访，郭翼青非常高兴，他们交谈了之后，郭翼青还是忍不住问出了之前她们一家人一直关注的这个问题：“程潜究竟算什么人？我们家到底算什么成分？”
听到程潜夫人这么说，总理清楚他们的担忧。如今特殊时期，像程潜这类定为模糊的人，家人确实容易受到冲击。于是总理肯定地答道：“颂公当然是革命干部嘛！他与共产党合作那么多年，抗日功勋卓著，和平起义义声昭著，还是一级解放勋章的获得者。解放后，身兼要职，鞠躬尽瘁，死而后已。你们的家庭当然是革命干部家庭嘛！”这番话让程潜一家一直悬着的心终于落地，同时也给程潜同志定了性。
