1999年左右，我国高校进行了第三次院系合并潮，陕西高校在这场合并潮中也未能幸免，为了建设综合性多学科的综合大学，陕西牺牲了多所顶尖的高校，最终才成就了3所985高校，8所211大学，从此陕西高校进入学科高速发展时期，陕西也成为了高教大省。

1999年，西北农业大学、西北林学院和5所科研院所合并组建成立西北农林科技大学。从此，西北农业大学和西北林学院通过强弱联姻，全面进入了腾飞阶段。西北农业大学在上世纪80年代就是全国重点大学，1981年成为第一批硕士学位授予单位，拥有7个硕士学位，3个博士学位，当时西农在全国农业院校中是顶尖的高校，如果当时不合并，西北农业大学凭借自己的实力至少也是211大学。合并后，学校实力猛增，农林多学科发展成功入选211、985工程建设大学。

2000年，西安医科大学、陕西财经学院合并到西安交通大学，组建成立新西安交通大学。西医大后来成为西交大医学院，填补了西交大在医学学科上的不足，陕西财经学院作为人民银行直属的财经院校，合并到交大填补了经济管理类学科不足，如今成为交大的顶尖学科，在财经类院校排名前十。

2000年，西北建筑工程学院、西安公路交通大学以及西安工程学院合并组建长安大学。三校强强联手，陕西失去了三所本科院校，有点惋惜，当时西安公路交通大学是交通部唯一培养公路桥梁人才的院校，在1981年就是就是硕士学位授予单位，如果当初不合并，凭实力至少也是985高校。合并后更名为长安大学，虽是211大学，但校名却显得缺少大气，考生青睐度不高，存在感较低。但还是没有西安公路交通大学名字霸气。

1998年延安医学院与延安大学，合并成为新延安大学，可以说是合并最成功的，如今的延安大学医学院，可谓是如虎添翼，综合实力大增，在双非大学中的报考分数比较高的大学，在全国一本批次招生。

2001年，汉中师范学院、陕西工学院合并组建陕西理工学院。后更名为陕西理工大学。汉中唯一的两所本科院校，实现了联姻合并，从师范和工科类更名为理工大学，可以说是最成功的合并，名字霸气，由于地处陕南，学校综合实力一直很平稳，如今博士点还在申报中。

2001年，陕西经贸学院与西安统计学院合并，成立西安财经学院。2018年，更名为西安财经大学，实现了强强联合，小而精细的学科，一跃成为了财经类多学科的综合大学，虽然失去两所本科院校，但如今的西安财经大学，综合学科实力猛增进入发展的腾飞阶段。

2003年，西安联合大学和西安教育学院合并组建西安文理学院，合并后学科更加全面，开启本科层次办学，近几年学科飞速发展，已纳入陕西十三五规划，力争更名西安大学。

陕西在高校合并潮中失去了13所本科院校，牺牲虽然有点大，但是如今却拥有3所985高校，8所211大学，造就了高教大省。那些年，在合并潮中“消失”的大学，如今已记忆，让人唏嘘。