在探讨上饶师范学院、牡丹江师范学院和商丘师范学院这三所高校的实力对比时，我们需要从多个维度进行考量，包括学校的历史底蕴、师资力量、科研实力、学科设置、学生培养质量以及社会声誉等方面。以下是对这三所高校的详细对比分析。

首先，从历史底蕴来看，商丘师范学院拥有悠久的历史，其前身可以追溯到北宋时期的应天书院，是中国古代四大书院之一，具有深厚的文化底蕴。而牡丹江师范学院始建于1958年，拥有60多年的办学历史，学校秉承了东北抗联的“不畏艰辛，勇赴国难，敢于担当”的传统，形成了独特的办学精神。上饶师范学院则创办于1958年，虽然历史相对较短，但近年来发展迅速，特别是在师范教育方面取得了显著成绩。

在师资力量方面，商丘师范学院拥有较为雄厚的师资队伍，专任教师中教授、副教授占比较大，且博士、硕士学历的教师数量较多，具备较高的教学和科研能力。牡丹江师范学院也拥有一支结构合理、素质优良的师资队伍，包括一批享受国务院特殊津贴专家、省级教学名师等。上饶师范学院近年来也加大了人才引进力度，引进了一批高水平人才，优化了师资队伍结构。

在科研实力方面，三所高校均取得了一定的成果。商丘师范学院在科研方面注重学科交叉和创新，建立了多个科研平台和团队，取得了一批高水平的科研成果。牡丹江师范学院则注重科研与地方经济的结合，为地方经济社会发展提供了有力支持。上饶师范学院也积极开展科研工作，加强与企业的合作，推动科研成果的转化和应用。

在学科设置方面，三所高校均涵盖了教育学、文学、理学、工学等多个学科门类，但各有侧重。商丘师范学院以教育学、文学等师范类专业为主，同时也发展了工学、理学等应用型专业。牡丹江师范学院则注重师范类专业的发展，同时也加强了工学、农学等专业的建设。上饶师范学院则更加注重师范类专业和地方特色专业的建设，如教育技术学、汉语言文学等。

在学生培养质量方面，三所高校均注重学生的全面发展，提供了丰富多样的实践机会和课外活动。商丘师范学院通过开展创新创业训练、社会实践等活动，培养学生的实践能力和创新精神。牡丹江师范学院则注重学生的德育教育，通过开展志愿服务、支教等活动，培养学生的社会责任感和奉献精神。上饶师范学院则积极推进学生综合素质教育，开展了一系列文体活动、科技创新活动等，丰富了学生的课余生活。

在社会声誉方面，三所高校均得到了社会的广泛认可和好评。商丘师范学院作为河南省的知名高校之一，其毕业生在就业市场上具有较高的竞争力。牡丹江师范学院在东北地区也享有较高的声誉，其毕业生在基础教育领域和地方经济建设中发挥了重要作用。上饶师范学院虽然相对年轻，但近年来在师范教育领域的成绩也得到了社会的认可。

综上所述，商丘师范学院、牡丹江师范学院和上饶师范学院三所高校各有优势和特色，在师资力量、科研实力、学科设置、学生培养质量以及社会声誉等方面都取得了一定的成绩。因此，无法简单地判断哪所高校更强，而是需要根据不同的评价标准和角度进行综合考量。