首先，经历了《未麻的部屋》里自我、本我和真我的血腥撕杀，《千年女优》里对幻影的不断追逐，《东京教父》更像是今敏的脑力休息站，在这里，他终于可以，怎么说呢，不用去劳心费神的构造真实和虚幻的双重世界，不用去凝视人性的深渊也不用被深渊凝视，而是好像顺水推舟般的讲一个像童话一样的简单的故事。

这个故事，可能是幼年时母亲在睡前温柔的讲述过，可能是青春期时在某本书里偶然的读到过，但可以肯定的是，这样的故事其实在很早以前就存在于我们每一个人的内心里，只是有些心历经磨难，故事的面目好像被不停刮擦的玻璃那样渐渐模糊，而对于今敏来说，在刚刚好40岁的这一年，他决定讲出这个故事。

我们是从什么时候开始不再相信世界上有“奇迹”，而是选择将“奇迹”同“天真”和“幼稚”划上等号的呢？《东京教父》的开场便是一个奇迹，教堂的舞台上上演着“耶稣降生”的故事，而底下的观众，是一群昏昏欲睡的流浪汉，他们所关注的只有演出结束后教堂所施舍的“圣餐”能否填饱肚子。

只有一个人除外，那就是阿花。阿花是一个变性人，天生拥有强烈母性的他渴望拥有属于自己的孩子，然而，没过多久，他和同伴老金以及美由纪三人，便在垃圾场里捡到了小小的婴儿，阿花给她取名清子。在清子出场的一瞬间，我就已经联想到了在马厩里降生的耶稣，而没有生育能力却拥有了孩子的阿花，则等同于未经人事却怀孕生子的玛利亚。紧接着，手握零星的线索，三人决定出发去寻找清子的母亲。老金偶然邂逅的黑帮老大，他的小弟刚好是害得老金家破人亡的元凶。

想要暗杀黑帮老大的杀手，刚好打死了小弟，无意之中给老金报了仇。阿花给小婴儿取名清子，刚好和老金的女儿同名。阿花体力不支晕倒后，老金和美由纪把他送进医院，而医院里值班的护士刚好是老金的女儿。老金编造的自己的过去，刚好是女儿结婚的对象的人生经历。负责侦查婴儿失踪案的警察，刚好是美由纪的父亲。桥上遇见的想要自杀的女人，刚好就是他们想找的丢掉清子的人，这些“刚好”未免也太多了吧！