截止1916年6月，中央已拥有拱卫、禁卫两个军，13个师（一至十二、二十），十七个混成旅（一至十六、及山东第四十七旅）。袁世凯阴谋称帝失败去世后，他的左右手、北洋嫡系段祺瑞和冯国璋彼此倾轧，遂分裂为直皖两系。

掌握实权的国务总理兼陆军总长段祺瑞控制的兵力有9个师、14个混成旅（第四、第五、第七、第九、第十、第十七师；边防军第一、第二、第三师；第六、第八、第十、第十三、第十五、第二十、第二十四、第四十七及边防第一、第二、第三、第四混成旅。）势力范围有北京、山西、山东、陕西、福建、安徽、浙江、甘肃、察哈尔、上海、湖南、四川等省。因段系安徽合肥人，后人称他及其集团为皖系。

各省皖系段的支持者和亲信都升官晋级。1917年9月，自封山西省长的阎锡山被段祺瑞正式任命兼任山西省长；山东督军张怀芝、陕西督军陈树藩、福建督军李厚基都被加官兼任省长；并派淞沪护军使卢永祥会办江苏军务，企图夺取江苏实权。段祺瑞又同时发表傅良佐为湖南督军、吴光新为长江上游总司令兼四川查办使。从此，皖系势力染指湘、川，形成皖系统治时期的军事、政治局面。

中央陆军战斗序列及师长名录：

中央陆军第一师，直系，驻绥远。原清末北洋陆军第一镇，1912年8月镇改为师。

师长 蔡成勋，直隶天津人，北洋武备学堂毕业，时任绥远都统，以乡谊关系依附于徐世昌。

中央陆军第二师，直系，驻湖北。原清末北洋陆军第二镇，1912年8月镇改为师。

师长 王金镜，山东武城人，北洋武备学堂毕业，1918年2月因与护法军作战失利，被免职。

师长 王占元，山东馆陶人，北洋武备学堂毕业，湖北地方实力派，长江三督之一。

中央陆军第三师，直系，驻河南洛阳。原清末北洋陆军第三镇，1912年8月镇改为师。

师长 曹锟，直隶天津人，北洋武备学堂毕业，原为袁世凯心腹，初在段冯倾轧时左右逢源，后冯国璋病逝，他成为直系新任首领，并决意与段祺瑞一决高下。

师长（署） 吴佩孚，山东蓬莱人，北洋陆军速成武备学堂毕业，曹锟心腹。

中央陆军第四师，皖系，驻浙江。原清末北洋陆军第四镇，1912年8月镇改为师。

师长 杨善德，安徽怀宁人，北洋武备学堂毕业，浙江地方实力派，颇受段祺瑞器重，死于任上。

师长 陈乐山，河南罗山人，日本陆军士官学校毕业，后为卢永祥重要副手。

中央陆军第五师，皖系，驻山东。原清末北洋陆军第五镇，1912年8月镇改为师。

师长 张树元，山东无棣人，日本陆军士官学校毕业，山东地方实力派。1919年12月受济南血案及侵吞军费丑闻影响，被迫离职。

师长 郑士琦，安徽肥东人，安徽陆军随营学堂毕业。

中央陆军第六师，直系，驻江苏南京。原清末北洋陆军第六镇，1912年8月镇改为师。

师长 齐燮元，直隶宁河人，日本陆军士官学校毕业，李纯重要副手。

中央陆军第七师，皖系，驻四川。1914年10月由第三混成旅及所属备补营改编。

师长 张敬尧，安徽霍邱人，保定陆军军官学校毕业，皖系将领。

中央陆军第八师，直系，驻四川。1913年8月由拱卫军前路及炮兵一营、辅卫军步兵五营、新募三营合编。

师长 王汝贤，直隶密云人，王汝勤胞弟，北洋武备学堂毕业，1918年2月因与护法军作战失利，被免职。

师长 王汝勤，直隶密云人，日本陆军士官学校毕业。

中央陆军第九师，皖系，驻近畿。1918年6月由模范团一部及第五混成旅扩编。

师长 魏宗瀚

中央陆军第十师，皖系，驻浙江杭州。1914年5月由第五混成旅扩编。

师长 卢永祥，山东济阳人，北洋武备学堂毕业，皖系干将，主要负责应付长江中下游直系势力的意外事变。

中央陆军第十一师，直系，驻湖南。1916年1月由模范团一部扩编。

师长 张永成，1917年10月辞职。

师长 李奎元

中央陆军第十二师，直系，驻江西。1916年1月由模范团一部扩编。

师长 陈光远，直隶武清人，北洋武备学堂毕业，长江三督之一。

中央陆军第十三师，直系，驻近畿。1916年7月由拱卫军改编。

师长 李进才

中央陆军第十四师，滇军，驻四川。1917年4月，由驻川滇军第一师改编。

师长 顾品珍，云南昆明人，日本陆军士官学校毕业，驻川滇军头目。

中央陆军第十五师，直系，驻直隶保定。由第五混成旅扩编而成。

师长 刘询

中央陆军第十六师，直系，驻江苏。1917年9月由禁卫军改编。

师长 王廷桢，直隶天津人，日本陆军士官学校毕业，冯国璋重要副手。

中央陆军第十七师，湘军，驻湖南。

师长 陈复初，湖南沅陵人，日本陆军士官学校毕业，湘军将领。

中央陆军第十八师，直系，驻湖北。1916年由湖北督军王占元呈请，以湖北第六混成旅及混成第二团合并成师。

师长 王懋赏

中央陆军第二十师，直系，驻陕西。原清末新军第二十镇，1912年8月镇改为师。

师长 范国璋，直隶天津人，北洋武备学堂北洋，1918年2月因与护法军作战失利，被免职，留营效力赎罪。

中央陆军第二十一师，川军，驻四川。1918年1月由川军第二师改编。

师长 刘存厚，四川简州人，日本陆军士官学校毕业，四川武备系首领。

中央陆军第二十二师，川军，驻四川。1918年7月由川军第三师改编。

师长 钟体道，四川绵竹人，四川陆军武备学堂毕业，四川武备系头目。

中央陆军第二十七师，奉系，1912年9月由奉天中、前两路巡防营改编。

师长 孙烈臣，奉天黑山人，绿林出身，张作霖把兄弟及早期重要副手。

中央陆军第二十八师，奉系，1912年9月由奉天左路巡防营改编。

师长 张作霖，奉天海城人，绿林出身，奉系军阀首领。1917年因原师长冯德麟参与张勋复辟，张趁机夺其第二十八师兵权。

师长 汲金纯，奉天海城人，绿林出身，冯德麟旧部。

中央陆军第二十九师，奉系，1917年6月 ，由奉天第二骑兵旅与奉天后路巡防营合并编成。

师长 吴俊升，奉天昌图人，行伍出身，张作霖把兄弟及重要军事盟友。

西北边防军，段祺瑞欲以武力统一西南各省，于1919年6月将对德宣战时成立的参战军改称西北边防军，扩军为3师4旅，配备青年军官，全部军械来源于日本。直皖战争中，西北边防军惨败，第一、第三师遗散，第二师裁并为山东第七混成旅。第一、第二、第四旅被遣散，第三旅赴库伦驻防。

总司令 徐树铮，江苏萧县人，日本陆军士官学校毕业，段祺瑞心腹，皖系四大金刚之一。

边防军第一师（皖系，驻近畿）师长 曲同丰，山东福山人，日本陆军士官学校毕业。

边防军第二师（皖系，驻山东）师长 马良，直隶清苑人，回族，北洋武备学堂毕业。

边防军第三师（皖系，驻近畿）师长 陈文运，河南光山人，北洋陆军随营学堂毕业。

西北边防军第一旅（皖系，驻洛阳）旅长 宋邦翰，安徽庐州人，日本陆军士官学校毕业。

西北边防军第二旅（皖系，驻廊房）旅长 宋子扬

西北边防军第三旅（皖系，驻宣化）旅长 褚其祥，江苏徐州人。

西北边防军第四旅（皖系，驻洛阳）旅长 张鼎勋

中央陆军第一混成旅，直系，驻山东。1914年8月由中央陆军第五师第十旅改建。

旅长 潘鸿钧，山东蓬莱人。

中央陆军第二混成旅，直系，驻河南。

旅长 孔繁霨，山东滕县人，日本陆军士官学校毕业。

中央陆军第三混成旅，直系，驻江西。1915年冬募兵编成。

旅长 周贵祥，1916年8月署；陈光逵，1917年11月任。

中央陆军第四混成旅，直系，驻陕西。1917年8月由近畿陆军第二旅奉命改编。

旅长 张锡元，直隶密云人，北洋武备学堂毕业。

中央陆军第五混成旅

旅长 魏宗瀚，1917年10月任；朱泽贯，1918年7月任。

中央陆军第六混成旅，皖系，驻上海，由中央陆军第四师一部改编而成。

旅长 王懋赏；何丰林，山东平阴人，北洋武备学堂毕业，卢永祥重要副手。

中央陆军第七混成旅，驻湖南、山东。

旅长 唐天喜，河南沈丘人，袁世凯亲信。

中央陆军第八混成旅，皖系，驻河南。

旅长 徐占凤；靳云鹗，山东邹县人，靳云鹏弟，保定速成参谋学堂毕业，后转投新直系。

中央陆军第九混成旅，直系，驻江西。

旅长 丁效兰，1919年12月辞；吴鸿昌

中央陆军第十混成旅，皖系，驻福建。

旅长 唐国谟，1914年9月任；贾文祥，1919年4月任。

中央陆军第十一混成旅，皖系，驻福建。

旅长 王麒，1914年9月任。

中央陆军第十二混成旅，直系，驻山西。

旅长 黄国栋，1914年9月任，1917年4月免职；孔繁霨，1917年6月任。

中央陆军第十三混成旅 ，直系，驻四川。1916年初由暂编第一混成旅改编。

旅长 李炳之，1916年1月任；张继善，1919年7月任。

中央陆军第十四混成旅，直系，驻福建。1916年由第十师赴闽之第十九旅沈于海团改编。1917年9月扩充为福建陆军第二师。

旅长 董崇仁

中央陆军第十五混成旅，直系，驻陕西。1914年9月中央陆军第七师裁撤，改成第十五、十六两混成旅。

旅长 管金聚，1916年7月任。

中央陆军第十六混成旅，直系，驻湖北。

旅长 冯玉祥，原籍安徽巢县，生于直隶青县，陆建章内侄女婿，行伍。1914年9月任，1917年4月调京；1917 年7月任，1918年2月免职，1918年6月销去免职处分。杨桂堂，1917年4月；董世禄，1918年2月代理。

中央陆军第十七混成旅，直系，驻湖北。原为第九师黎天才部，因响应护法被北洋军击败。1917年冬，段祺瑞令其部改编为第十七、十八两混成旅。

旅长 张联升，直隶天津人，保定将弁学堂毕业，张勋旧部，后归附黎天才。黎部响应护法军 ，他又叛走南阳，投靠吴佩孚。

中央陆军第十八混成旅，直系，驻四川。

旅长 赵荣华，1918年2月任。

中央陆军第十九混成旅，奉系，1918年5月，中日共同防敌军事协定签字前成立。

旅长 鲍贵卿，奉天海城人，张作霖亲家，北洋武备学堂毕业，奉军头目。

旅长 张焕相

中央陆军第二十混成旅，皖系，驻山东。1918年6月由近畿第一旅改编。

旅长 吴长植

中央陆军第二十一混成旅，直系，驻湖北。1917年10月由湖北省防团改编而成。

旅长 孙传芳，山东泰安人，日本陆军士官学校毕业，王占元旧部，浙奉战争后成为东南霸主。

中央陆军第二十二混成旅

旅长 刘存勋，1918年1月任。

中央陆军第二十三混成旅

旅长 汪可权，1918年1月任。

中央陆军第二十四混成旅，皖系，驻福建。1918年12月由奉天补充旅改编。

旅长 王永泉，直隶天津人，日本陆军士官学校毕业，徐树铮旧部，1922年10月在徐树铮策动下驱逐依附直系的福建督军李厚基，短暂统治福建。

中央陆军第四十七混成旅，皖系，驻山东。

旅长 施从滨，安徽桐城人，北洋武备学堂毕业。

中央陆军第七十五混成旅 ，直系，驻江苏江阴。1914年由苏军第四师一部裁减而成。

旅长 方更生

中央陆军第七十六混成旅，直系，驻江苏。1914年由苏军第四师一部裁减而成。

旅长 张仁奎