清初，和硕特蒙古固始汗统治了青海、西康、西藏等广大地区，清政府封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，承认了固始汗对青海等地区的统治。

顺治十三年（1656年），固始汗去世，其子相继继承了固始汗对青海地区的统治，但是权不归一，青海地区陷入混乱。

康熙五十三年（1714年），罗卜藏丹津承袭爵位，封为亲王。同时，清政府认为“自西陲用兵以来，青海王、台吉等，俱各效力，应酌加封赏”。

于是郡王戴青和硕齐察罕丹津封为亲王、贝勒额尔得尼厄尔克托克托奈封为郡王、墨尔根戴青拉查卜封为贝勒，青海诸王、台吉都被酌加封赏，并令察罕丹津与罗卜藏丹津共同管理青海右翼，对青海采取“分而治之”的政策。

这些措施进一步削弱了亲王罗卜藏丹津对青海地区的统治，打破了罗卜藏丹津想要恢复先人霸业，统领青海诸部的幻想。

罗卜藏丹津想获得权势的欲望没有得到满足，这些引起了他对清廷的不满。所以，罗卜藏丹津于雍正元年（1723年），即清政府新旧君王更替之际，与部分青海蒙藏势力和各寺喇嘛谋逆，发动叛乱，侵犯南西北各川。

清廷命侍郎常寿前往和解，本想采用和平手段解决，但“罗卜藏丹津并不听常寿之言，欲与戴青和硕齐察罕丹津交战，又冀望汗名号，又私称伊为达赖混（浑）台吉，殊属背逆”。

罗卜藏丹津蛊惑人心，煽动叛乱，并胁迫青海诸台吉听从他的指挥。青海各寺庙喇嘛也受到罗卜藏丹津的蛊惑，纷纷手持兵器，抵抗官兵，随罗卜藏丹津作乱。

在这样的形势下，清廷于十月“授年羹尧为抚远大将军，征调川陕官兵，声罪致讨”，以四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务。是年十月军队始出寨，分军于西宁、松潘、甘州等路进剿叛军，一路势如破竹，四个月之后，罗卜藏丹津叛乱被清军镇压。

平定罗卜藏丹津叛乱之后，清政府为了加强对青海地区的统治，采纳了年羹尧提出的“青海善后事宜十二条”，“青海蒙古宜照喀尔喀之例分其旗，分编为佐领，各管各属定有分界，而原属番人，勿许管辖，另行安插，使权不归一，去其羽翼”。

因此清廷命理藩院侍郎鄂赉公同副都统达鼐于雍正三年（1725年）划定游牧地界，分青海蒙古为二十九旗；藏族部落则是划归内地管辖，清查户口，划定地界，令附近道厅及添设卫所官员管辖，结束了和硕特蒙古长期统治青海地区的局面。

清政府于雍正三年“改西宁卫为西宁府，附郭为西宁县，碾伯所为碾伯县隶府，筑大通、永安、白塔三城，设兵分守，置大通卫隶府”。

并任达鼐为第一任西宁办事大臣，正式设立青海办事大臣衙门，驻西宁府。西宁办事大臣的设置改变了青海地区的行政建设，将青海纳入到了清政府统治下。罗卜藏丹津叛乱使清政府意识到了对青海统治的重要性。

所以设置了西宁办事大臣管辖青海事务，因此罗卜藏丹津叛乱是促使西宁办事大臣设置的导火索。

罗卜藏丹津叛乱只是西宁办事大臣设置的导火索，其设置的真正原因是清朝统一全国趋势的推进，强化中央王朝对青海的治理。

清初，和硕特蒙古固始汗早已在青藏地区站稳脚跟，统治青海达数十年之久。而清政府入主中原不久，国家局势并不稳定，各地出现多股反清势力，清廷没有多余的精力和军队对青海和硕特蒙古发动战争，所以清政府在政治上承认了和硕特汗王对青海地区的统治，并与青海和硕特蒙古建立了外交关系。

康熙二十一年（1682年），五世达赖喇嘛罗桑嘉措去世，第巴为揽政教大权，匿不发丧，并与噶尔丹勾结进攻青海，反抗清朝。

康熙二十七年（1688年），噶尔丹乘蒙古内战，发动叛乱，占领漠北。康熙帝为了确保边疆安定，三次出兵讨伐噶尔丹，康熙三十五年（1696年），清军在昭莫多歼敌数千，击败噶尔丹主力军队，平定了噶尔丹叛乱。

康熙三十七年（1698年），“清朝封达什巴图尔为和硕亲王，其余为多罗贝勒、固山贝子及辅国公等。于是青海和硕特蒙古正式成为清朝的藩属”。

继噶尔丹之后，康熙五十六年（1717年），准噶尔策妄阿喇布坦同样存有侵略野心，趁西藏局势不稳，派兵侵入西藏，发兵叛乱。康熙五十七年，清军出兵西藏，平定了准噶尔叛乱，之后青海蒙古内附。

雍正元年（1723年），罗卜藏丹津发动叛乱，清政府花费不到四个月的时间平定叛乱，此后和硕特蒙古在青藏地区的势力彻底衰弱，清政府乘这一时机接手了对青海和西藏的统治。随后清廷设立了驻藏大臣和西宁办事大臣。

清政府先后平定准噶尔及回疆大小和卓叛乱，统一新疆地区，逐渐完成了统一全国的趋势，西宁办事大臣正是在这一趋势下设置的，达到了安抚青藏地区的需要。

青海所处的地理位置十分重要，其北通甘肃、新疆，南接西康、四川、云南，西毗邻西藏，为“海藏咽喉”之地，地处西北要塞，是清代进军西藏的重要通道，也是清代准噶尔夷使进藏熬茶的必经之路。

无论是在宗教领域，还是地理位置上，青海都有其特殊的地位。《西宁府新志》上记载：“盖宁郡远通强虏，近逼羌戎，为河西之障，河西为河东之障，河东又为关中之障也。”

青海作为西藏的前沿门户，对青海的控制实际上达到了遥控西藏的目的，同时也能防御新疆准噶尔部的侵袭，所以青海一直以来成为了清廷与准噶尔争夺的地区。

早在西宁办事大臣设立前，清廷就曾派遣官员前往青海办理青海事务。到雍正时，正式设立西宁办事大臣管理青海蒙番事务。

西宁办事大臣的设置是清朝统一全国的一个步骤，以平定罗卜藏丹津叛乱为契机，推进了对青海地区的直接统治，将青海纳入到了清政府的行政体系之内。