康熙年间，在推行“罚科举”改革的同时，政府也开始着手整顿儒学，打击一些被视为“邪说”的学术思想。

1701年，有学者在文章中提出了一些有关朱子学说的质疑观点，这引起了保守学者的不满。他们上书朝廷，指控这些观点有“误导”之嫌。

朝廷下令将涉案学者逮捕入狱，并展开调查。在调查过程中，一些学者认为过于追求统一不利于学术创新，主张应给予一定的学术自由和包容性。但是，保守学者则认为必须严格把关，杜绝“邪说”，以维护儒家正统。

这起事件在当时学术界引发了一定争议。一方面，有学者担心政府干预会限制学术思想的进步;另一方面，也有学者支持政府整顿学术，杜绝“异端”。不过，整体来说，康熙仍然重视儒学的发展。这可能只是当时政策执行过程中的争议，不代表他反对学术自由。