明孝宗朱祐樘之后、崇祯皇帝之前，整整100多年里，明朝皇帝不干正事几乎是常态：
明武宗朱厚照纵情声色、玩闹嬉戏，嘉靖帝久居深宫、一心修仙，隆庆帝束手高坐、彻底放权，万历迷信方术、28年不露面，天启帝醉心木工、委政于阉党.....
要放在别的朝代，但凡遇上一个这种皇帝，天下也许就会被王莽、司马懿、杨坚之辈篡夺了。但在懒政风气近乎“祖传”的明朝，政权却牢牢地把握在朱家手里；魏忠贤权倾天下，但17岁的崇祯上台动动嘴就能灭了他。
其实这就是当初老朱费尽心思所要达到的目的。虽然出身布衣，但朱元璋却设计出了一套绝对君主独裁的制度，让人不得不佩服。
洪武十三年（公元1380年），左丞相胡惟庸被人以“阴谋叛乱”的罪名告发，朱元璋立即行动，很快就将其处死。
但这并不代表事件的结束，接下来，胡惟庸的老乡、亲朋、旧部下以及许多存在些许瓜葛的人都被牵连其中，惨遭灭族；到了公元1390年，朱元璋仍以此事大做文章，声称要“肃清逆党”，再次杀人无数，其中就有77岁高龄的开国功勋李善长。
持续十余年的大清洗中，先后三万多人被杀。然而，这起事件的起因却相当玄乎，胡惟庸本人并无谋反的动机和迹象，就像《明史》里说的那样：“惟庸既死，其反状犹未明露”，所谓的“胡党”更是子虚乌有了。
朱元璋的真实目的，就在他于公元1395年发布的敕令中：“国家罢丞相，设府、部、院、寺，分理庶务，立法至为详善。以后嗣君，其勿得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑。”
很明显，朱元璋就像是“寻衅滋事”、借题发挥，他给胡惟庸扣上那么大一顶帽子、且牵连数万人之众，就是要把事情闹大，为自己废除“宰相”这个延续了1000多年的职务提供足够分量的理由。
从此之后，明朝的管理层趋于扁平化，由皇帝直接管理吏、户、礼、兵、刑、工六部，一切大权尽在其手。
这一转变的意义非比寻常。自战国以来，我国古代政权的大趋势是去封建化、职业化，即皇室在行政体系中的角色逐渐淡化，取而代之的是由士大夫组成的政府，而宰相就是这个政府的领袖。
君权代表的是贵族世袭特权，而相权则代表了社会精英的力量，但凡两者能互相制衡、互为倚仗的时期，皇室的地位固然稳固，民间的力量也能获得进入政治中心的机会，这个政权就较为稳定、强盛，比如汉唐。唐宋以来，这种政治传统逐渐根深蒂固，如唐代宰相李德裕所言：“宰相非其人，当亟废罢，至天下之政，不可不归中书。”
相反，若皇权无限扩张，等于把国泰民安的希望完全放在帝王本人身上，王朝绝大多数情况下都会趋于黑暗、腐败，如隋末、李隆基后期；但如果相权凌驾于君权至上，随之而来的则是权臣谋逆夺位，这种例子就不胜枚举了。
皇帝直接管理六部，理想很丰满、现实很骨感：海量的工作超出了正常人所能承受的极限。史载，朱元璋曾在8天内处理了3291件大小事务，这叫谁顶不住？
因此，洪武十五年，朱元璋重拾宋朝旧制，设置了华盖殿（后来改为中极殿）、武英殿、文渊阁、东阁、文华殿等大学士，他们职责仅限于协助处理文书工作、无权参与政务决策，官职正五品。由于长期在天子宫内殿阁中服务，大学士后来得名“内阁大学士”。
接下来，内阁权力逐渐扩大。
朱棣时期起，经常召集内阁成员与自己商议大事，让他们获得“参与机务”之权，但批答奏章的任务仍牢牢把控在自己一人手里。同时，内阁学士的品级仍未改变，属于中级官员。
阁臣地位迎来质变，始于明仁宗一朝。朱高炽还是太子时，面临了弟弟朱高煦的强力挑战。在东宫里幕僚杨溥、杨士奇、杨荣等人的殊死帮助下，他最终有惊无险、登上帝位。即位后，为了提高原东宫幕僚的官阶，他把阁臣提拔为正三品，虽然仍旧不高，但若再加上太师、太傅、少傅等头衔，甚至能比肩一品大员，内阁大学士的地位、权力俨然已超过了六部尚书。
内阁近似宰相、却不等于宰相。明宣宗朱瞻基时期，赋予内阁“票拟”（或称条旨、票旨）权，指的是在奏章提交给皇帝前，内阁学士可以把自己的意见写在小纸条上、贴在奏章外面。拥有决定权的，还是皇帝，他在收到内阁学士们给出意见的奏章后，用红字批复，随后颁布宫外，这叫“批朱、批红”。
为啥有“票拟”这种东西呢？帝王由于精力、爱好等原因，不再愿意频繁接见大臣，改由文字往来。自此之后，大多数明朝皇帝都选择了这种方式与内阁交流。
但鉴于“批朱、批红”的工作量也不小，于是，朱瞻基违背了“宦官不得识字”的祖训，设置内书堂，教身边那些聪明伶俐的宦官学习知识，按照自己的意见代替奏章上批复；干这种活的太监，就是“司礼监秉笔太监”。
这么一来，皇帝的工作量进一步减轻。但朱瞻基毕竟是个头脑清醒、颇有作为的皇帝，遇到国家大事时，他还是会与阁臣们面议。
但在这之后，历代皇帝或年幼、或贪玩、或有独特爱好，批红就成了司礼太监的工作，他们与拥有票拟权的内阁一内一外，掌握了中央朝政。而且，那些想掌握实权的阁臣，首先必须要结交司礼太监，连张居正也不例外。
不过，皇帝本人对于“批红”权可收可放，他随时可以检查甚至收回司礼监的权力。毕竟，不同于士大夫，宦官不管权力多大，他们并没有精神、人格上的独立权，只能依附于皇帝，属于皇室的“家奴”（说到对宦官的驾驭，可以了解下嘉靖帝的手段）。
同时，与唐朝后期不同，明朝皇帝虽然重用宦官，但还有自己的底线——军权。明朝的军队以卫所的形式，或分属于各个都司（如辽东奴儿干都司），或者直属于中、左、右、前、后五军都督府，征调权则隶于兵部，归皇帝直接管辖。卫所军人闲时屯田，战时由朝廷任命的总兵官带着出征，完事后各回各家，类似于唐朝的府兵。这种体系的最大优势，就是“稳”，毫无武将拥兵自重之忧。
此外，明朝皇帝手中还有一个维护皇权的撒手锏。
为了替自己的改革提供暴力保证，朱元璋还祭出了另一大创举：锦衣卫。早在洪武初年，他就就设置了“检校”一职。但这些人只能案中侦查大臣。不具备逮捕、审讯的权力；他们之间互不认识，不是一个组织，各自都向朱元璋直接汇报情况，完全等同于安插在大臣身边的“间谍”。后来，随着这些人声名狼藉，朱元璋果断抛弃了他们。
不过，朱元璋还留了一手：同样设置于洪武初期的拱卫指挥使司，后来改名亲军都尉府，下设仪鸾司。洪武十五年（公元1382年），仪鸾司改名为锦衣卫，“掌直驾侍卫、巡查缉捕”。锦衣卫最高长官是指挥使，下设专门审讯机构镇抚司；镇抚司还有自己的监狱，人称诏狱。
至此，明朝皇帝就有了独立于王朝法定司法机构——刑部之外的独立特务机关，完全归他本人指挥。这个机构的侦缉对象涵盖了除皇帝之外的所有人，重点对象就是那些士大夫。朱元璋的目的，就是让士大夫群体“只能为吾用而不足为吾患”。这一臭名昭著的季候曾在洪武二十年短暂被废，但在朱棣时期再度恢复，并且形成祖制。
综上，明朝的权力分配形成了一个严密的制衡系统：官僚群体的首领被废黜，取而代之的是仅有“给意见”权力的内阁群体，“决定权”被皇帝及其爪牙、代理人宦官掌握；而在皇帝的身边，还有独立于司法机关之外、归其个人的执法机构锦衣卫（东厂西厂暂且不提），专门盯着威胁皇权的乱臣贼子。在复杂的制衡机制下，全国的权力都归皇帝一人掌握，但皇帝却又无需向任何人负责，由此出现了“君王百年不上朝、政权却永远姓朱”的奇迹。但再稳的体系，一旦失去了民心，就再也覆水难收。
