北周建德六年（577年），李神通出生。李神通年少时轻慢而尚侠义。隋朝大业十三年（617年），当时李神通居住在长安（今陕西西安），恰逢李渊在太原（今山西太原）起兵，隋官搜捕李渊的同族人，李神通便逃亡到鄠县山区南部。李神通与长安大侠史万宝、河东人裴勣[jì]、柳崇礼等人起兵响应李渊。 西域的胡族商人何潘仁进入司竹园为盗贼，拥有部众几万人。李渊第三女平阳公主派家奴马三宝去劝说何潘仁，和她一起去依附李神通。李神通和平阳公主、何潘仁合兵一处进攻鄠[hù]县，并将其攻克。当时李神通拥有部众超过一万人，于是自称关中道行军总管，任命史万宝为副手、裴勣为长史、柳崇礼为司马，任命隋朝东城县长令狐德棻为记室。等到李渊渡过黄河后，李神通和平阳公主、段纶各自派遣使者迎接李渊。李渊任命李神通为光禄大夫，李神通长子李道彦为朝请大夫。李神通随同李渊平定长安，任职为宗正卿，掌管宿卫兵马。
