而台北绝不会像桦山资纪想的这么顺利，因为在接下来，将发生一连串的台湾人民反抗日本统治的大小战役，同时也是台湾岛历史上规模最大的一次战争，被后世称为乙未战争。以驻台清军阵亡14000人为代价，而让日本远征军死亡4864人，虽然仅有164名的日本远征军战死，但日本已经惹得天怒人怨言，其余4700人都是因为水土不服，得了台湾的瘴疠而死。 当时台南的刘永福刚刚得知日本从基隆登陆，便派参赞吴彭年去台北请示巡抚唐景菘出战。而让刘永福不可思议的事，台北如此危急，唐景菘居然没有想起让他的黑旗军援助，于是刘永福便决定派出一支队伍去接巡抚唐景菘，无论如何也不能让他成为日军的俘虏，还给唐景菘写了一封信，让他到台南来，只要台湾的巡抚在，台湾的主心骨便在，而当然这被唐景菘拒绝了！ 而朝廷得知李经方在海上就与日本签约了，台湾交割完成，本来李经方违反圣旨， 没有在台湾与日本人交割，朝廷完全可以不承认，但光绪皇帝关心的不是这个，而是台湾的官员能否如数撤出？ 唐景菘也给军机处发了一封电报；而闽浙总督杨昌浚奏报的是另外一处结果，称唐景菘在台湾集结各军与义民准备与台湾共存亡。光绪皇帝认为，为了不让日本借此再动干戈，一定要把巡抚唐景菘召回来，而其余义民则不能代表朝廷，就由他们吧！ 翁同和的看法不同，日军给了大清这么大的打击，不能让日本这么轻易的入驻台湾！最终光绪皇帝还是决定召回唐景菘，让他限期离任回京，唐景菘为了自己的前途不敢不遵从圣旨。 而这时日军攻下基隆后，然后南下台北，遭到了义军和义民的抵抗，义军首领丘逢甲来找唐景菘请求增援，唐景菘拿出圣谕给丘逢甲看，说自己无能为力了，这时林朝栋来报，说栋字十营增援狮球岭，打退了日军，还缴获了一把日军指挥官的刀；而唐景菘看到这样的大好形势，会放弃回京吗?
