在2016年军改过程中，省军区系统发生了非常大的变化，省级军区不再由大军区领导，而是划归军委国防动员部管辖，除新疆、西藏和北京三地的省级军区归陆军总部管辖之外，绝大多数省级军区都转隶军委国防动员部。

省级军区机关也有很大的变化，不再设省军区司令部、政治部、后勤部和装备部，传统的四个大部都取消了，而是改为了办公室、政治工作局、战备建设局、国防动员局和保障局，这5个师级部门，俗称省军区“一办四局”。省级军区的领导只有四人，司令员、政委、副司令员和副政委，不再设参谋长和政治部主任。

隶属于省军区的警备区和军分区，也是类似的。省军区建制的军分区（警备区）只保留了3个领导岗位，军分区（警备区）司令员、政委和副司令员，不再设置副政委、参谋长和政治部主任，这3个副师级岗位。

军改之前，军分区（警备区）设有司令部、政治部和后勤部，军改以后撤销了，改制为军分区（警备区）战备建设处、政治工作处、国防动员处和保障处。

一个省军区会管辖，1个或者2个警备区，以及若干个（通常为10几个）军分区，军分区（警备区）的数量，和省内地级行政区的数量直接相关。这些军分区（警备区）都隶属于省级军区建制，都是正师级单位，职能和省军区是一样的，负责兵员征集、退役军人安置、民兵的训练管理、国防教育和宣传、协调军队和地方事务等国防动员类工作。

不管是省军区本级，还是下属的军分区（警备区），都不承担军事作战职能，也不再保留任何作战部队，完全以国防动员这个核心开展工作。除此之外，还担负应急处置、抢险救灾的职责，以及管理军队干休所，为军队离退休老干部提供保障服务。

军改以后的省军区系统，主要职能是参与国防动员类、军地协调等方面的工作，不再直接参与对外作战和部队建设。当然，省军区系统不直接下辖作战部队，并不意味着“手里就没兵了”，省军区和所属的军分区（警备区）还是配有少量的警卫、通信、运输、医卫等勤务官兵，以供日常工作运转所需。

隶属于军委国防动员部的省级军区都会配备警备纠察队、警卫勤务队、综合训练队这三支直属力量，级别均为营级；也就是说，省军区至少还有三个营的现役兵力。另外，省军区系统麾下还掌握着一支规模达数百万的大军：中国民兵。

目前省军区只是不再保留作战部队，但是诸如警备纠察队、警卫勤务队（营级，含通信中队、警卫中队、勤务汽车分队和保管中队等）、卫生医疗队等职能部队还是照样有的。此外，省军区机关一般设有办公室、战备建设局、政治工作局、国防动员局、保障局等部门，其中前四个部门是正师级、保障处只有副师级，这些部门都由现役军官、士官和文职人员组成。

省军区下辖的军分区（警备区）也是如此，虽然没有现役作战部队，但有一定数量的勤务单位，负责军分区（警备区）的日常运作。但是新疆军区和西藏军区下辖的边防军分区，则是例外，这些边防军分区（警备区）都下辖有作战部队，而且承担作战任务，因此仍然设有参谋长一职。

除西藏军区和新疆军区所属的军分区（警备区）外，其它各军分区（警备区）下属海防部队、边防部队整体转隶各战区陆军领导，这些边、海防部队在军改以后，划归战区陆军领导，编制为海防旅、边防旅。为此，各战区陆军还专门设立了“边海防处”这一部门，战区陆军直接下辖海防旅、边防旅，和战区陆军的集团军没有隶属关系。