同治八年（1869年）曾国藩到了直隶总督任上，着手治河、练兵、吏治几件事情，以完成慈禧交付的任务。然而，席未暇暖，新的任务又降临了。这一天，曾国藩在府中接连奉到两道上谕。一道是：“曾国藩着前赴天津，查办事件。”另一道为：“崇厚奏津郡民人与天主都起衅，现在设法弹压，请派大员来津查办一折。曾国藩病尚未痊愈，本日已再行赏假一月，惟此案关系紧要，曾国藩精神如可支持，着前赴天津，与崇厚会商办理。匪徒迷拐人口，挖眼剖心，实属罪无可逭。既据供称牵连教堂之人，如查有实据，自应与洋人指证明确，将匪犯按律惩办，以除地方之害。至百姓聚众将该领事殴死，并焚毁教堂，拆毁仁慈堂等处，此风亦不可长。着将为首滋事之人查拿惩办，俾昭公允。地方官如有办理未协之处，亦应一并查明，毋稍回护。曾国藩务当体察情形，迅速持平办理，以顺舆情而维大局。原折着抄给阅看。”
这就是近代历史上著名的天津教案了。曾国藩深知，事情牵涉到洋人，乱子闹得又这样大，此行必是非常艰难，而且一生功业有可能付诸东流，为此他给家人写了遗嘱，以示抱病前往、为国纾难、有去无回之心。事情果然如他所预料的，天津之行使他名誉扫地，受到朝野内外的攻击，骂声不绝于耳，使他生命的最后岁月完全生活在此事罩上的阴影之中，“内疚神明，外惭清议”，精神和身体每况愈下，直到1872年病逝。
生肖属羊的曾国藩，在天津教案中充当了最高统治者的“替罪羊”。一个更有意思的巧合是，接替曾国藩处置天津教案的李鸿章和执掌权柄的晚清女主慈禧太后同样生肖属羊，他们分别比曾国藩小十二岁和二十四岁。
1870年春，天津不断发生迷拐幼童案件，官府捕获拐犯王三等人，供词都与教堂有关。与此同时，法国天主教堂婴儿因瘟疫流行、照顾不周导致死亡三四十人，尸体溃烂。因当地百姓一直传说天主教堂的育婴室迷拐小孩、挖眼剖心，于是部分乡民组织起来告发教堂。在天津知府张光藻带人初查而无法落实时，围观百姓与教堂因口角发生冲突，但行为仅限于“丢石头”、“丢垃圾”。法国领事丰大业闻讯后，“像一头受伤的野兽”，迅速带人闯入三口通商衙门和天津知府衙门，要求通商大臣崇厚、天津知府张光藻调兵镇压，遭到拒绝后开枪恫吓崇厚。行至狮子林浮桥时，丰大业又对遇到的静海知县刘杰开枪射击，当场打死挡在前面的家人刘七。围观的群众愤怒了，当场殴死丰大业及其随从，又冲人法国教堂，扯碎法国国旗，打死外国传教士二十多人，并火烧望海楼教堂。事后，法、英、美、俄、德、比、西七国联合向清政府提出抗议，并调遣军舰到天津海口及烟台一带示威，扬言“将天津化为焦土”。三口通商大臣崇厚惊慌失措，一面自行请罪，一面奏请清政府速派“通晓洋务”的曾国藩到津主持局面。
曾国藩到天津后，同法国代表进行了反复交涉。双方对惩办元凶和修复教堂没有异议，要害的争端在于法方要求“天津地方官员抵命”和预先限定捕杀乡民的最低人数，而曾国藩认为拿官员抵命不可接受，因为“有损朝廷尊严，也于国法不合”。但在法方的强硬外交和清廷害怕引发战争而下令曾氏作出让步的情况下，曾国藩违心地答应了法方的要求。最后议定的结果：天津知府张光藻、知县刘杰发往黑龙江效力赎罪；赔偿法、俄、英、美四国损失和抚恤费五十万两白银；以杀人罪抵偿洋人死亡数处死民众二十人，以抢劫和伤人罪判处充军杖徒各刑二十五人，而因拐骗人口而引起天津教案的王三、安三和武兰珍却逍遥法外。尽管曾国藩在谈判期间为维护国家尊严作了很大努力，在他的力主下天津地方官员最终未被抵命，仍然因“卖国媚夷”而受到内外攻击责骂，名毁津门。有人写诗讽刺说：“升平歌舞和局开，宰相登场亦快哉。知否西陲绝域路，满天风雪逐臣来。”查看曾国藩在办理此案后期与亲友的通信，“数月来查讯津案，办理既多棘手，措施未尽合宜，内疚神明，外惭清议”之语比比皆是。“内疚神明，外惭清议”，曾国藩此间的凄凉心态与落魄处境，尽在此寥寥八字之中展现出来。
“生在南洋、学在西洋、娶在东洋、仕在北洋”的一代怪才辜鸿铭，评价曾国藩是“大臣”，张之洞是“儒臣”，并说两者的区别在于：“三公论道，此儒臣事也；计天下之安危，论行政之得失，此大臣事也。国无大臣则无权，国无儒臣则无教。”以曾国藩的老成持重、通权达变，处理天津教案仍然无力回天，并落下一片骂名，这是时代的无奈、朝廷的无能还是个人的无力？不妨先看一下曾国藩在处理教案期间的两道奏疏：
六月二十三日，曾国藩与崇厚会奏，称：
王三虽经供认授药武兰珍，然且时供时翻。仁慈堂查出男女讯无被拐情事。至挖眼剖心，则全系谣传，毫无实据。此等谣传，不特天津有之，各省皆然。以理决之，必无是事。至津民所以生愤者，则亦有故：教堂终年扃闭，莫能窥测，其可疑者一；中国人民至仁慈堂治病，恒久留不出，其可疑者二；仁慈堂死人，有洗尸封眼之事，其可疑者三；仁慈堂所医病人，虽亲属在内，不得相见，其可疑者四；堂中掩埋死人，有一棺而两三尸者，其可疑者五。百姓积此五疑，众怒遂不可遏。仰恳明降谕旨，通饬各省，俾知谣传之说多系虚诬，以雪洋人之冤，以解士民之惑。现在将天津道、府、县三员均撤任听候查办。又奏委丁寿昌署天津道，马绳武署天津府，萧世本署天津县……洋人照会，挟制多端。请将知府张光藻、知县刘杰二员革职，交刑部治罪。陈国瑞现在京城，请交总理衙门就近查办。
黎庶昌在《曾国藩年谱》中说：“公雅意不欲加罪于府县，是日乃勉徇崇厚之请会奏。此疏拜发之后，公意痛悔之，病势渐剧。”
二十八日，针对张光藻、刘杰交部治罪已属过当，而外国要求将二人在天津正法，曾国藩认为“万难允准”，他上奏说：
焚毁教堂之日，众目昭彰，若有人眼人心等物，岂崇厚一人所能消灭？其为讹传，已不待辨。至迷拐人口一节，实难保其必无，臣前奏请明谕力辨洋人之诬，而于迷拐一节，言之不实不尽，诚恐有碍和局。现在焚毁各处，已委员兴修。王三、安三该使坚索，已经释放。查拿凶犯一节，已饬新任道府拿获九名，拷讯党羽。惟罗淑亚欲将三人议抵，实难再允所求。府、县本无大过，送交刑部，已属情轻法重。彼若不拟构衅，则我所断不能者，当可徐徐自转；彼若立意决裂，虽百请百从，仍难保其无事。崇厚与洋人交涉已久，应请留津会办，暂缓来京……中国目前之力，实难遽起兵端，惟有委曲求全之法。谕旨所示，弭衅仍以启衅，确中事理，且佩且悚。外国论强弱，不论是非，若中国有备，和议或稍易定。现令铭军全队，拔赴沧州一带，稍资防御。臣自带兵以来，早矢志效命疆场之志，今事虽急，病虽深，此心毫无顾畏，不肯因外国要挟，尽变常度。抑臣更有请者，时事虽极艰难，谋划必须决断。伏见道光庚子以后，办理夷务失在朝和夕战，无一定之至计，遂使外患渐深，不可收拾。皇上登极以来，外国盛强如故，惟赖守定和议，绝无变更，用能中外相安，十年无事。津郡此案，愚民愤激生变，初非臣僚有意挑衅。倘即从此动兵，则今年即能幸胜，明年彼必复来，天津即可支持，沿海势难尽备。朝廷昭示大信，不开兵端，实天下生民之福。惟当时时设备，以为立国之本，二者不可偏废。臣以无备之故，办理过柔，寸心抱疚，而区区愚虑，不敢不略陈所见。
可见曾国藩虽然力主维持和局，但面对列强的要挟，也坚持维护国家尊严，并作了和、战的两手准备。他在家信中说：“如再要挟不已，余惟守死持之，断不再软一步。”同治九年六月二十九日)然而，当时的湘军主力已经裁撤殆尽，所余的刘松山部以及左宗棠部都在西北镇压回民起义，李鸿章统率淮军也已赶赴陕西一带作战，唯一能调往天津防御的只有驻山东张秋的淮军刘铭传部和曾国藩本人在保定新练的两千人马。为此，曾国藩接连致函奕诉，要求将李鸿章和刘铭传的军队移驻近处以备不虞，并致信刘铭传，要求他“速即束装赴军，勿稍迟缓”。刘铭传的九千兵马很快调到了天津附近的沧州御防，清政府又命李鸿章率军驰援，并从东北抽调两千马队到天津驻防。不过说到底，这些战备措施还是为了更好地促成和局，因为当时清政府和曾国藩都希望竭力避免同列强开战，以实现其“和戎”的既定战略方针。曾国藩在复宝鋆的信中说：“目下中国海上船炮全无预备，陆兵则绿营固不足恃，勇丁亦鲜劲旅，若激动众怒，使彼协以谋，我处处宜防，年年议战，实屑毫无把握。此等情势，弟筹之至熟，故奏牍信函，屡持此论。”
学者徐泰来认为：“当时，客观上讲，经过两次鸦片战争和太平军、捻军起义之后，不仅封建制度、封建统治全面衰败，而且人民穷困，国力贫弱，刚开始的洋务运动还不能提供足够的物质力量来对付一次新的战争。将会出现什么结果呢？在一时之内可能毁得痛快，戮得痛快，但天津教案的局面，尚不好收拾，那因新的毁戮造成的战争局面又如何收拾呢？”“权衡曾国藩在天津教案处理上的功过，实事求是地说，应该是功大于过。”
当然，这并不是说曾国藩在津案中的处理是没有问题的，不然他也不会“内疚神明，外惭清议”了。时论纷纷指责他，主要是处罚地方官员和杀害天津群众以抵罪一条犯了众怒，后人也指出“近世论曾国藩者，动訾其杀同种不仁”。他自己意识到的“保定和局，即失民心”，原因也在于此。也有学者指出：“曾国藩办理津案中的‘内疚神明，外惭清议’，是指他上疏庇护天主教和奏请府县交部二事，与他曲意求和，残民媚敌毫无关系。”既谓“教案”，则由宗教（主要是基督教）问题引发，在此案中则主要是“迷拐幼童”一事。对于这个问题，曾国藩没有作出决断，一方面认为揆诸情理，不大可能；一方面又认为教堂有可疑之处五点，不能肯定必无其事。由于技术条件的限制以及列强逼迫结案，这个问题就成了历史悬案，至今争讼不休。
据当时查办迷拐案件的天津知府张光藻说，迷拐之事早就有之，“但未控案耳”。他回忆说：“（五月)二十日晚，有某村李二之兄在园浇灌，被匪迷拐，李二邀众人追及之，救醒其兄，而缚置拐匪于庙中，群相诘问，该匪自供乃武兰珍，迷药系教堂王三所给等语。次早乡民将武兰珍送案，当堂质讯，供悉如前。津民共见共闻，遂亦信迷药出自法国矣。街谈巷议，几有刻不能忍之势。”按张的这种说法，迷拐对象已经超出了幼童范围而涉及到成年人。当时的外国人也承认：“在中国人当中流行的关于洋人杀害儿童的流言蜚语，也并不是完全没有现象的依据”；“天主教徒据说对儿童受洗后灵魂得救的效验深信不疑。结果是，他们在幼孩病倒的濒危之际，将其接到他们的育婴堂施行洗礼。这种做法和死亡的频繁发生，支持了人们相信他们需要幼孩躯体供诡秘目的之用的看法”；另外“天主教育婴堂和孤儿院所遵守的保密制度，或者应该说幽闭状态，引起了人们的许多怀疑”。
有关迷拐传闻一事的真实性问题，至今未有定论。刘海岩的《有关天津教案的几个问题》认为：“至今一些论著中，仍将‘迷拐’幼孩当作史实，实为荒谬。”易孟醇的《曾国藩在办理天津教案中的心理矛盾》一文中提及，关于“迷拐”之事，“曾国藩当时完全可以调查审讯清楚”而实际未果，以致“成为历史悬案”。朱东安的〈曾国藩〉论述有关传闻最详，其中认定“迷拐”之事确凿无疑。董丛林的《“迷拐”、“折割”传闻与天津教案》则指出：“揆情度理，教方堂所既然为招徕送养者而不惜采取变相收买的方式，对被送儿童的来路也就未必认真查究，有意无意地收纳下被诱拐儿童的事情自不可免，并且有迹象表明，其他地方的教方堂所也存在这种情况。但是，并不能因此即说所谓‘迷拐’的事情肯定实有。”
“迷拐案”真假莫辨，而有一点是明确无疑的，这就是当时中国民众对“洋教”的抵制情绪非常强烈，这也是引发天津教案的根本原因。其实，在中国历史上“洋教”侵人是“古已有之”的事情，佛教、伊斯兰教、景教等的传入并没有受到这样大的阻力，甚至比中国土生土长的道教更受欢迎，本土化了的佛教几度成为国教，对于中国社会和人民思想的影响几与儒学比肩。但当基督教在列强坚船利炮的保护下侵入中国时，却受到了人们异乎寻常的抵制。究其原因，在于这次“传教”不是和风细雨地进人，而是在炮火硝烟后的侵入，虽然不能将手捧《圣经》的传教士与手握洋枪的侵略者一概而论，但前者显然代为承受了他们的同胞在中国大地上激发的强烈而偏执的民族情绪。同时，当年许多在华的外国人包括许多传教士，其所作所为也已经激起了百姓的愤慨。单以案发地的天津而言：“自通商以后，百货皆用外国轮船装载”，“轮船进口碰伤民船莫敢究诘，民船偶碰轮船则立擒船户置黑舱中勒赔，修价必厌其所欲”，“本处商民或欠洋人债项，被控到官，勒限三日必还。洋商铺伙有欠本处账目者，控之则抗不到案，官莫能追”，“有洋人乘马疾驰践踏人命之案，尸亲控县，莫能指名，洋人亦置不理”。（张光藻：《同治庚午年津案始末》，《北戍草》“附录”）曾国藩在分析迷拐传闻盛行终致引发教案的深层原因时也说，平时“凡教中犯案，教士不问是非，曲庇教民，领事亦不问是非，曲庇教士。遇有民教争斗，平民恒曲，教民恒胜。教民势焰益横，平民愤郁愈甚。郁及(积）必发，则聚众而群思一逞”。连当时有的外国人也意识到，天津教案的发生是当地民众“对洋人的深恶痛绝突然间冒了出来”，“这些感情有些是深信诱拐传闻的自然结果；但如果以为所有都可以归结为这个根源，那将是一种错觉。很明显，早已怀有但被压抑着的恶感，正在乘机发泄出来。讲老实话说，百姓关于屠杀（外国人）的普遍心情是庆幸，在某些情况下简直是幸灾乐祸”。
一面是列强侵略下的种种不平等，一面是传教士的宗教宣传，两者本无冲突甚至是互相“促进”和“补充”的。然而在特定的历史时期和特定的历史背景下，基督教在中国的传播遇到极大阻力是必然的。如美国学者所指出的：“用中国人的眼光看，大概基督教和伊斯兰教的最大差异在于：早期从西亚传来的商业和科学风气对于儒家帝国建立已久的秩序威胁很小，而19世纪的基督教却是欧洲现代工业和军事力量的组成部分。中国统治阶级感到直接受了威胁，因而排斥了这个外来宗教。这样，把基督教带到中国去的西方扩张本身，使它在那里不受欢迎。”
中国原来称外国为“夷”，仅限于指边疆民族之意，近代以后则称他们为“鬼子”，子曰：“未能事人，焉能事鬼？”对于“鬼子”自然应该敬而远之了。与这种思想相伴的，则是一种激烈的民族情绪。在这种民族情绪支配之下，是什么事情都可以发生的。解决的办法，在于实现民族的自强自立以增强民族自尊自信；然而“同治中兴”、“洋务运动”并没有做到这一点。于是这种情绪继续受到压制和累积，其结果则是持续的教案，一直持续到义和团兴、“庚子国变”为止。
“今有巨厦，更历千岁，非不枵然大也，风雨猝集，则倾圮必矣，而室中之人，犹然酣嬉鼾卧，漠然无所闻也。”这就是晚清时代的真实写照。在清政府中，曾国藩算是有所闻有所见识的人了，对待津门教案的态度也比李如松等大臣要理智得多(李提出要“乘此机会，尽毁在京夷馆，尽戮在京夷酋”）。风雨如磐，鸡鸣不已，世事纷乱之际，即使聪明智慧如曾国藩者又能如何?
法律问题宗教化，宗教问题政治化，政治问题民族化，民族问题情绪化，这就是曾国藩“文武全才，惜不能办教案”的症结所在。曾国藩做了集体非理性情绪的活靶子，也做了朝廷的“替罪羊”。纵观整个处理过程，曾国藩的处理方针与朝廷大致相同，他也是事事请示并按照统治者的意见来行事的。李鸿章接替曾国藩之后，最后仍以曾国藩的奏报结案，并无实质性改观，只是由于俄国提出被杀的四人只要赔款不要抵命，而将原定死刑二十名改为十六名，仅此而已。
针对天津教案的处理结果为曾国藩招来的骂名，清末就有人为他辩白：“于时议者纷纷，曾公以时方多事，不肯遽启兵端，恬然犯众谤，以成国家之至计。今日曾公往矣，而一代伟人之胸襟擘画，千载下尚有以相也。而彼侈然以道学经济自命者，其心地之正大明白，不必如曾公；他日之建树，不必如曾公；即令易地以处，其能慎密坚忍，为国家善事而弭患者，亦不必果如曾公。而旁观坐啸，徒欲以其气矜凌躐乎曾公之上。”对此统治者心知肚明，慈禧后来召见曾纪泽时，还念念不忘称赞“曾国藩真是公忠体国之人”。一百二十年后，袁伟时先生有一段精彩的论述，为外交舞台上曾国藩的悲剧性命运作了鲜活的注解：“历史应该教会我们的人民在处理重大的国际国内问题的时候一定要审时度势，在各种复杂情况下最好地维护本国人民的利益和推动社会前进。在今天，任何国家的领导人在面对外国的侵略和威胁如果只懂得硬拼，我们在赞颂其爱国热忱的同时，必将为其幼稚或僵化摇头叹息。分析19世纪中国的史事，我们也没有什么理由只能讴歌反抗，而把一切妥协和退让视作出卖国家利益的大逆不道之举。不必要的或危及人民根本利益的妥协、退让当然应该谴责，但一部好的史书不能引导人们走向极端。”
曾国藩顶着卖国贼的名声，在郁闷中仅活了两年，便病逝了。
