物种间存在广泛的相互作用，包括寄生、共生、竞争等，而普通的转录组只能研究单一物种的信息，不仅浪费一部分数据，而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。
互作转录组（DualRNA-seq），无需分离两物种，避免分离造成的干扰，只构建一个转录组文库，便能同时对2个（或多个）物种进行测序和分析，从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时，还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系，得到两物种间的相互作用机制。研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制；研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。
技术参数产品
测 序 策 略
推 荐 数 据
周 期
互作转录组测序
300bp RNA文库
HiSeq PE150测序
真核对照样本：6Gb clean data
原核对照样本：2Gb clean data
真核-真核、真核-原核互作样本：10G clean data
40~50个工作日
技术流程
康测科技技术优势
（1）国内首家Digital（UMI）高通量测序服务平台，自主研发建库技术，有效降建库低起始量；
（2）结合数字标签（UMI）技术，提高比对率、解决PCR偏好性对中低表达量基因的影响，让表达量分析精确度更上一个台阶；
（3）UMI技术帮助研究超低表达量基因：避免寄生物种信息被宿主掩盖、有利于病原体感染初期检测；
（4）强大的生信分析团队，提供多种个性化分析；
（5）从方案设计、建库测序到数据挖掘，贴心全程陪伴，全力帮助您的研究。
部分结果展示
差异可变剪接事件火山
加权基因共表达网络分析
时间序列样本分析
蛋白互作网络分析
案例解析沙门氏菌感染HeLa细胞过程中非编码RNA的调控作用
为了研究细菌感染细胞后两者的相互作用，作者使用带绿色荧光标记的沙门氏菌感染HeLa细胞，利用绿色荧光分离感染的细胞。然后分别对未感染细胞和感染后2~24小时的细胞进行Dual RNA-seq，同时研究感染过程中两个物种的mRNA和非编码RNA变化。
他们锁定了small RNA——PinT，在细菌感染宿主细胞的最初4个小时，PinT的表达量上调最为显著
（图a、b），在感染过程中增加了近100倍。PinT受PhoP的调控（图d）。此外，PinT可影响宿主的转录模式，调控自身毒力相关基因SPI-1下调、存活相关基因SPI-2上调，而SPI-2可以调控宿主JAK–STAT信号通路上调。
参考文献
Westermann A J, Förstner K U, Amman F, et al. Dual RNA -seq unveils noncoding RNA functions in host-pathogen interactions.[J]. Nature, 2016, 529(7587):496-501.
