收复新疆后，清军继续深入哈萨克腹地追击阿睦尔撒纳。追击途中，5000清军与数万哈萨克军有一场交战，结果清军大败哈萨克，哈萨克王西逃数百里。 1755年，乾隆帝发动了一次规模浩大的军事行动，旨在重新将伊犁地区及周边的西域归入中央帝国的版图之内。此次军事行动的背景是准噶尔汗国的再次兴起所带来的威胁，而乾隆帝为确保边疆稳定，决定亲自策划并指挥这一远征。 远征军由五万大军组成，分东西两路进军，历时三个月的连续作战，终于在短短几个月内成功消灭了准噶尔汗国的主要军事力量，将这一地区重新纳入清朝的统治之下。 在这一过程中，为减少自身的伤亡和提高行动效率，乾隆帝巧妙地利用了已投降的准噶尔将领阿睦尔撒纳和萨刺尔的地位和影响力，让他们作为先锋，在进军过程中有效地促使多个部落归顺。 尽管阿睦尔撒纳在此次行动中表现出色，乾隆帝在战后对其进行了重用和封赏，但阿睦尔撒纳心怀叵测，企图在战后恢复准噶尔汗国的独立地位。 他在清军撤退后，不仅自立为卫拉特总汗，还放弃了清朝的官印，使用准噶尔旧印章，试图以此巩固自己的权威，并积极扩充军力，试图重建准噶尔汗国。 1755年六月，清朝中央得知阿睦尔撒纳的不法行为后，乾隆帝试图以策略将其招至热河朝觐并图谋将其一网打尽。然而，计划泄露，阿睦尔撒纳得以逃脱，并在伊犁地区掀起叛乱。 乾隆帝对此反应迅速，重新组织军队，加强对伊犁的军事控制，并在此后的行动中，细化了管理西域的各项措施，包括重塑蒙古部落的盟旗制度和将领任命。 至1756年，面对清军的再次进攻，阿睦尔撒纳采取了缓兵之计，散布被擒的谣言。阿睦尔撒纳被迫逃往哈萨克斯坦，与当地的哈萨克力量结盟，继续其抗清活动。 对此，乾隆任命达尔党阿为定西将军，指派他领导西路大军深入哈萨克，目的是直接擒拿阿睦尔撒纳。同时，哈达哈率领北路大军前往乌梁海地区以稳定边疆，兆惠则被任命为定边右副将军，带领1500人驻守伊犁。 达尔党阿在同年七月率领1000名士兵进入哈萨克汗国的雅尔拉地区，与阿睦尔撒纳及哈萨克部队发生了激烈的战斗。尽管哈萨克军队迅速崩溃，清军在此战中斩杀了近910名敌军，阿睦尔撒纳仍然趁乱逃脱。 此后不久，达尔党阿释放了一些俘虏，试图通过他们向阿布赉汗传递擒拿阿睦尔撒纳的信息。然而，阿布赉汗的回应却是一个诡计，他表面上请求和平，实际上却秘密支援阿睦尔撒纳。 随着准噶尔部部族内部的叛乱逐渐扩大化，清军的压力增大。同年十一月，辉特部的汗巴雅尔联合多个哈萨克部族领袖公开反抗清朝。 同时，青滚杂卜利用清军分散力量的机会，加强与阿睦尔撒纳的联系，并鼓动喀尔喀各部反叛。他号召喀尔喀人作为成吉思汗的后代，团结起来抵抗清朝的统治。 为了应对不断升级的叛乱，乾隆下令部队从西域暂时撤回，并在八月集中力量镇压青滚杂卜。成衮扎布被任命负责此次镇压，他成功地在九月汇集了三路大军共8000人迅速平定了青滚杂卜的叛乱，且最终在中俄交界处将其擒获。 此外，乾隆还增强了对喀尔喀地区的控制，设立了库伦大臣以加强中央的影响力。随后，清朝继续重新部署西征力量，兆惠率军从伊犁撤回至巴里坤，并调遣6000军队固守西路阵地，以应对不断的叛乱挑战。 1757年正月初五，清军将领兆惠被迫退守乌鲁木齐。此时，噶尔藏多尔济、锡喇以及尼玛等哈萨克与准噶尔联军首领集结大军，对兆惠进行了包围。 在严寒和恶劣的环境中，清军连续撤退并苦战20天，最终撤至阜康地区。虽然疲惫不堪，清军仍然坚守阵地，成功抵御了敌军的多次进攻。 在这一时期，清朝北路大军由成衮扎布和舒赫德带领，而西路大军则由兆惠和富德指挥。3月份，成衮扎布和兆惠再次领军远征，直指准噶尔领土深处。 当时，准噶尔境内局势混乱，部落内部矛盾激烈，自相残杀不断。清军利用这一混乱态势，向哈萨克地区推进，目标是追剿阿睦尔撒纳。 到了五月底，清军在哈萨克地区对阿布赉汗的军队发动了猛烈攻击，于5月30日大获全胜。6月7日，阿布赉汗正式表明臣服，并将哈萨克汗国纳入清朝的藩属体系。6月19日，阿睦尔撒纳带领少数部下逃往哈萨克，并试图逃亡俄国，但最终未能逃脱被捕的命运。 乾隆皇帝对俄国接纳阿睦尔撒纳一事极为不满，强烈要求俄国将其遣返。然而，阿睦尔撒纳在1758年病逝，清朝与俄国的外交纠纷因此暂时告一段落。乾隆皇帝随后对准噶尔地区发动了严厉的镇压，造成了大量准噶尔人的死亡。 此后，为了巩固清朝在西北边疆的统治，乾隆皇帝命令兆惠镇守伊犁，并在天山南北开展多次军事行动，最终平定了整个新疆地区。
