司马睿登基以后，有三件事情是他的心结：首先是祭祀问题，再就是立储，当然，最令司马睿纠结的，还是与王氏家族的权力斗争。
琅琊王氏势力再大，也不可能笼络住所有的朝臣。在东晋朝廷中，因为争权夺利、执政理念或性格不同等诸种原因，还有不少与王氏家族对立的势力。除了前文提及的刁协和刘隗之外，如戴渊、卞壸（kǔn）等人也是王氏家族的异己。
戴渊，字若思，广陵郡（治今江苏扬州）人，生性豪侠。年轻时受陆机推荐，在东海王司马越幕府任官，封秣陵侯，后渡江归附司马睿，任镇东将军右司马。东晋建立后，司马睿曾想让戴渊任尚书仆射、护军将军等职，但都被戴渊推辞。
卞壸，字望之，济阴冤句（今山东菏泽）人，其父卞粹在齐王司马冏辅政时期曾为侍中、中书令。卞壶在司马睿渡江之初，就被任为从事中郎，委以官员选拔之责，深受司马睿的信任。明帝继位后，迁吏部尚书，累事三朝，两度为尚书令。
总之，东晋朝臣中非王氏系的有很多：一是与王导具有相当地位的中原高门大族，如周顗、温峤、庾亮等人。他们虽然忠于司马睿，但是处于与王氏家族相似的阶层，往往能够与之虚与委蛇。二是次等的中原大族，如刁协、刘隗等。他们基于权力争斗或者尊崇皇权，而时常抑制大族，招致以王氏家族为首的大族的不满。三是江东大族，如顾荣、纪瞻、贺循等。他们在江东地区拥有巨大的影响力，只要不危及自身利益，不愿意参与到王氏与司马睿的争斗中。这些人往往称病不做官，不愿意与司马睿走得太近。四是中级士族，如蔡谟、卞壸、陈峮等人。他们往往与大族那种延续西晋无所事事的“名士风范”格格不入，为大族所轻，被视为异类。
当然，非王系而依附王氏的也大有人在，如桓温的父亲桓彝。《世说新语·企羡篇》记载，王导拜为司空时，桓彝梳着两角的发髻，穿着粗布衣服，在路边围观看热闹，羡慕得不得了。
如何在纷纭的政局中，尽可能多的争取支持，一直以来就是让司马睿深感头痛的问题。开始的时候，他敏锐地觉察出应该利用江南人士去平衡朝野，但是王氏家族的势力如此庞大，仅仅如此还远远不够。
司马睿对王导的镇之以静、“宁使网漏吞舟（意喻法律宽疏，重犯也能漏网）”的政策深为反感。因为一来扶植、纵容了门阀势力；二来使吏治腐败，货赂公行。他一反其儒学家族的传统，而“用申韩以救世 ”，奉行“以法御下”的方针，依靠刁协和刘隗的帮助，制定一系列树立皇权、整顿吏治、抑制豪强的措施，军国大事只与刁协、刘隗密议，对王导开始疏远。
这种政策的矛头直指当权的门阀士族，冲击了高门大族的利益。以王氏为首的大族因为权势的失去与自身经济利益的损失，对刁协和刘隗恨之入骨。他们一方面将“以法御下”的政策比之为“刻碎之政”，一方面则对刘、刁二人进行直接的人身攻击，说他们是佞幸小人。
《世说新语·方正篇》记载的一件小事，很能说明当时刁协与同僚的关系：吏部尚书周顗在单位值夜班，突然得了急病，作为直属上司的尚书令刁协关怀备至，照顾得很是周到。第二天病情有所好转，刁协就派人通知周顗的弟弟周嵩，周嵩急急忙忙赶来。刁协见到周嵩，就向他诉说昨夜周顗病危的情况。周嵩听都不听，一把将刁协推开，也不询问病情，劈头盖脸的对周顗说：“君在中朝，与和长舆齐名，那与佞人刁协有情！”意思是你在中原的时候，是与和峤齐名的人，怎么竟然与小人刁协也有交情。说完扬长而去。
周嵩将刁协、刘隗等比成佞幸，是对司马睿疏远和抑制世家大族势力表示不满。他曾上疏力谏司马睿切勿疏远王导而重用刁、刘。他在奏疏中把王导比作诸葛亮，认为司马睿这样做，是“以危为安，以疏易亲，放逐旧德，以佞为贤”。司马睿接到周嵩的上疏后，有所“感悟，故导等获全”【《晋书·列传第三十一·周浚》附《周嵩》】。但是司马睿的“感悟”，并非发自内心，因为随后另一位江南名士孔愉也向司马睿建议，国事不论大小最好都同王导商议后再施行。司马睿听后非常不快，将他贬为司徒左长史。
周嵩为人耿直，果敢仗义，以那种张扬的性格去上疏，并不让人感到意外。然而，政治斗争中，决定取舍的关键因素还不在于此，在于利益。周嵩既与王敦的亲兄长王含是儿女亲家，而王敦无子，便将王含的次子王应过继过来。此外，在周嵩嫁女的过程中，周嵩的门客阻断道路，公然刀砍过路的百姓，并在建康左尉前来维持治安时，又将建康左尉砍伤。时任御史中丞的刘隗严厉地弹劾了周顗，以其身为兄长教导不力而免去了周顗的官职。可以说，周嵩与刘隗势不两立。而王含也曾经因为任用属僚不当，被刘隗弹劾。所以，在对付刘隗和刁协的问题上，周家与王家是存在共同利益的。
周嵩·火攻下策
至于王导，由于自己是“以法御下”政策的首要目标，自然不便对刁协、刘隗进行直接人身攻击，但他对刁、刘二人的仇视却往往不由自主地溢于言表。他认为为政不应“采听风闻（道听途说），以察察为政”【《晋书·列传第五十三·顾和》】。而当他对朝臣进行品评时却又说：“刁玄亮之察察，戴若思之岩岩（威严），卞望之之峰距（意喻刚直不阿）。”【《世说新语·赏誉篇》】评价刁协为人“察察”，实是 “苛察”非“明察”之意，是贬斥而非赞誉。刘隗一直为丞相司直，也得罪了不少权贵，史载“时刘隗用事，颇疏间王氏，导等甚不平之”【《晋书·列传第六十八·王敦》】。
刁协和刘隗对皇权的忠诚及执行“以法御下”的坚决，毫不在乎来自门阀势力的种种非议和反对，使司马睿对他们更加信任。太兴初年，司马睿任命刘隗为侍中，又赐爵都乡侯。在司马睿的支持下，他们继续采取了一系列弱枝强干的措施，从而使得皇权与门阀世族之间的矛盾日益表面化。
实事求是地说，在这场权力之争中，是司马睿首先打破了原有的平衡。对司马睿的行为，王导等人尽管十分不满，但因身处建康，也只能忍耐。王敦就不同了，他居上游之重，都督江、扬、荆、湘、交、广六州军事，又有大功于司马氏。王氏家族遭到排斥，自然令王敦心中不满 ，为此他上疏为王导鸣冤叫屈：
昔臣亲受嘉命，云：“吾与卿及茂弘当管鲍之交。”臣忝外任，渐冉十载，训诱之诲，日有所忘，至于斯命，铭之于心，窃犹眷眷，谓前恩不得一朝而尽……顷者令导内综机密，出录尚书，杖节京都，并统六军，既为刺史，兼居重号，殊非人臣之体。流俗好评，必有讥谤……且王佐之器，当得宏达远识、高正明断、道德优备者，以臣暗识，未见其才。然于见人，未逾于导，加辅翼积年，实尽心力。霸王之主，何尝不任贤使能，共相终始……以导之才，何能无失！当令任不过分，役其所长，以功补过【《晋书· 列传第六十八·王敦》】。
意思是说，过去陛下曾经说过，您与我以及王导应该成为像管仲和鲍叔牙那样的挚友。我出外任职已将近十年，您给我的诸多教诲也忘掉了不少，但是您说的这句话，我却始终铭记于心，我私下还寻思，过去您给予的恩情不至于突然间就消失了……前一段时间您重用王导，不仅任命他为扬州刺史，而且还录尚书事，假节都督六军，恩宠超越人臣的本份，一定会有世俗诽谤……当今所谓的王佐之才，能够超过王导的，我还真是没有见过。王导辅佐您多年，尽心尽力，过去那些有作为的君主，何曾不与重臣有始有终……以王导之才，怎会没有过失呢？您只要对他要求不过分，用其所长，补其所短，他一定能将功补过。
这份奏疏言辞之间颇多怨恨，王导先接到奏疏，怕惹出事端，就把奏疏“封还”给王敦。王敦固执，派人直接送给了司马睿。司马睿连夜召见谯王司马承，示以王敦的奏疏，共谋对策。司马承表示，若不早作决断，王敦必将发难。
