祖逖死后，对于皇帝限制王氏权力的行为早就不满的王敦马上开始了自己的造反大业。而王氏兄弟中的另外一个，王导则是异常清醒，他明白，哪怕和皇帝再有分歧，也不能举起反旗。因为一旦你举起反旗，马上就会成为其途世家大族的攻击对象。对其它东晋的仕族而言，你王家占据高位这么多年，轮也该轮到别家了，以前是没机会，现在你反了，那就不好意思了，乱臣贼子人人得而诛之！

于是，在永昌元年（322年）的正月，东晋建康城中上演了一幕令人吃惊的一幕。丞相王导携同王邃、王彬、王侃等兄弟子侄共二十余人，每日清晨从乌衣巷出发，踏着朝霞来到皇宫门前，跪地痛哭流涕，恳求皇帝赦免王家的谋反大罪。因为此刻，他们的堂兄王敦已经举起了叛旗，势如破竹地杀向都城，战火硝烟即将笼罩这片繁华的土地。

到了公元307年，也就是永嘉元年，北方大地的局势已经开始失控，西晋王朝处于一片风雨飘摇之中。权倾朝野的司徒王衍，面对眼前的危局，心中想的并不是如何收拾这个乱摊子，而是如何给自己后撤南方铺设退路。他向当时掌权的东海王司马越建议，挑选文武兼备之人出任地方长官，以避免战乱波及他州。于是，他亲弟弟王澄被派往荆州，族弟王敦则前往青州。在私下里，王衍是这么对两弟弟交待的:“荆州有长江、汉水做天险，青州背靠大海易守难攻。你们俩镇守外地，我留在京师，咱们王家可以称得上是狡兔三窟了！”

瞧瞧，所谓仕族，总是先有家而后有国。多么煊赫一时的大帝国，只要局势不利于他们，终归会被这些人所抛弃！后世李唐，武周等帝国极大打压仕家大族的势力，原因也正由于此。

王敦，喜好清谈，不喜钱财和美色，生性简单豪爽。而王导则年少时就风姿飘逸，见识器量，清越弘远的性格王敦迥然不同。我们可以从一件事中看出这二人在性格胸怀和眼界抱负上的极大不同。有一次，二人一起拜访晋武帝的舅舅王恺，王恺让美人行酒，客人如果不干杯，就当场杀死美人。王导担心美人无辜丧命，勉强干了一杯；而王敦却偏偏不拿酒杯，任凭美人如何劝酒、面露恐惧，丝毫不为所动。王导责备他何必故意害人，王敦不以为然地说:“王恺杀的是自己家的奴婢，和我有什么关系！”王导叹息说:“如果日后王敦身居要职，又这样心怀残忍，估计是不会有善终的吧。”

晋元帝初临建康，面对着陌生的江南大地，迟迟打不开局面。什么原因呢？因为江南长久以来为原吴国的孙氏所统治，江南的仕族不大买司马家的账。在这个关键时刻，王导与恰巧从外地赶来参加朝会的王敦商议：“琅琊王的德行足以服众，但在江南之地，他的名声尚显不足。堂兄你战功赫赫，一直受人敬仰，此刻正是你与我共同拥护琅琊王，尽展匡济天下之责的时刻。”于是，于三月初三的秦淮河畔，王敦与王导一同出现在琅琊王的身后，正是因为他们的存在和推动,才让南方士族纷纷归附。

然而，司马氏与王氏之间君臣相敬相爱的和谐局面并未持续太久。当江南的局势刚刚稳定，晋元帝便开始琢磨如何稳固皇权，暗中压制和削弱王家势力。他重用刘隗、刁协，任命刘隗为镇北将军，虽以北伐石勒为名，实则意在牵制和防备掌握兵权的王敦。连一向忠于朝廷、恪尽职守的王导也开始有意疏远，两种势力在这个历史的洪流中相互碰撞，荡起层层涟漪。

王导智谋过人，如何能不明白皇帝的心思？然而，他为人谦逊，处事严谨，选择了静观其变、安分守己的策略。他的堂兄，性情豪爽，无法忍受这种刻意的压制，干脆以诛杀小人刘隗为由，于永昌元年(322年)在武昌起兵，顺江而下，直逼建康。不久，他们便攻入了皇城，刘隗被迫逃亡，投奔了后赵的石勒，而刁协则在逃亡途中惨遭不幸。

尽管王导无法阻止王敦进入皇城，但当他察觉到堂兄有进一步篡位的野心时，却立场极为坚定，极力维护司马氏的正统地位。王敦想起往日曾有过的野心：“永嘉之乱”后，他曾想独揽朝政，但担心司马睿年长难以控制，欲改立年幼的皇帝。当时，因为王导的坚决反对，他的计划才未能实施。他叹了口气说：“唉，就是因为当初你不肯听我的话，差点让司马睿给咱们王家带来灭族之祸啊。”然而，王导始终坚守自己的信念，不为所动。

王敦明白短期内无法实现篡位的野心，而且他的势力远在湖北，原本也没打算留在建康。因此，他在四月率军返回武昌，遥控朝政。这场政变未能成功，多亏了王导的坚定与智慧。

晋元帝打压王家的计划遭受重创后，王敦专政，使得晋元帝虽名为天子，但号令却出不了宫门。他的忧愤化作疾病，很快便卧床不起，同年十月便去世了。太子司马绍继位，史称晋明帝。

在太宁元年(323年)，王敦暗示朝廷征召自己回朝，明帝亲自写诏书邀请，并赏赐他三项特权:对上奏事不用提自己名字；觐见皇帝不用为了显示恭敬而快步上前；上殿可以佩带武器、不脱鞋袜。后来王敦自己做主，把自己任命为扬州最高长官，前去赴任了。

此后，王敦的傲慢更甚以往，他甚至将地方朝贡的珍品直接从国库转入自己的私人府库，而地方长官也几乎全是他的心腹。谋士钱凤眼见王敦的身体越来越差，便建议说:“倘若主公有什么不测，应该把尚未完成的后事交给王应。”王敦回答:“这种非常之事哪是一般人所能担负的！况且王应年纪还小，历练不足，哪能担得起这样的大事？我死之后，不如把军仁队就地解散。大家归附朝廷，借此保全家人，这是上策；退回武昌，明面上服从朝廷，暗地里拥兵自重，这是中策；在我过世后率全军再次进攻建康，万一侥幸成功，就能完成我们的图谋，这是下策。”

事实上王敦临死前留下的这三策算得上是考虑全面，但事情总是不断变化的。人都死了，计划的再好也白搭，后面的继承者显然没有理解王敦的苦心，反而把三策中的下策当作上策。于是钱凤私下跟另一位谋士沈充商量:“主公所说的下策恰恰是最好的上策啊。他们决定等王敦死后发难，再次发动叛乱，彻底颠覆东晋。

王敦的侄子王允之在一次偶然的机会里，偷听到了钱凤等人的密谋。他立刻把这个消息告诉了父亲王舒。王舒深知事态严重，于是急忙劝说晋明帝早做准备，以防王敦再次发动叛乱。

司马绍抓住王敦病重的时机，派遣陈晷等人去慰问王敦，同时暗中观察芜湖敌营的虚实。而王敦则派遣温峤监控朝廷的动向，没想到温峤竟然背叛了王敦，向朝廷揭发了他企图篡位的罪行。

得知这个消息后，晋明帝果断下令讨伐王敦。然而此时王敦已经病入膏肓，无法亲自指挥作战，只能任命哥哥王含为元帅，再次打着“清君侧”的旗号，率领大军进攻建康。

在这关键时刻，王导毫不犹豫地选择了站在皇室这边，与自己的兄弟展开激战。他带领王家子弟为王敦举行公开的葬礼，让世人误以为王敦已死，从而鼓舞更多的人加入到平叛的行列。

不久后，王敦病逝。他在临终前嘱咐养子王应，要优先处理好眼前的谋反事务，安排好文武百官，再处理自己的丧事。然而，王应只是草草地用席子包裹住王敦的遗体，涂上蜡，将其埋在议事厅的屋内，然后就与诸葛瑶等人沉溺于酒色之中。

随着王含、钱凤等人的军队接连败北，王敦之乱很快就被平息。最终，王敦的兄长王含和继子王应都被处死。

时王氏强盛，有专天下之心，敦惮帝贤明，欲更议所立，导固争乃止。及此役也，敦谓导曰："不从吾言，几致覆族。"导犹执正议，敦无以能夺。

-《晋书·列传第三十五)