元至正二十六年（1366）十二月，朱元璋指使心腹廖永忠将小明王韩林儿的坐船凿沉，韩林儿溺死在水深流急的瓜步江中后，龙凤政权便土崩瓦解了。 随小明王一同消逝的，还有“光复大宋” 这块金字招牌，红巾起义军这个名号也逐渐被人淡忘，几乎不再有人提及了。

虽然“恢复大宋之天”不再成为反元口号，红巾也不再是各路义军的总名号，但元末大动乱仍在持续。元朝末年这场大动乱，虽然起于宗教蛊惑，但根源还在于民族情感之勃发。

小明王韩林儿和他的龙凤政权一同消失在历史烽燧中后，天下之纷乱仍在继续，虽然各地义军不再以“恢复大宋之天”为号召，不再以“红巾”为名号。拥军自重的乱世枭雄们纷纷割地称王，彼此为争权夺利而混战不休。虽然“天下红巾之共主”韩林儿已不在人世，这些割地自雄的军阀们也不再以红巾军自诩，但其身上都或多或少地被涂上了红巾印记，无论如何也不能彻底抹去。当时几个很有实力的大军阀譬如自称大汉皇帝的陈友谅、自称大夏皇帝的明玉珍 、自称大周皇帝的张士诚以及自称吴王（曾被小明王封为吴国公）的朱元璋，原本都是红巾军将领。

史载，朱元璋唆使廖永忠溺死小明王后，和张士诚麾下悍将吕珍激战于安丰，果然不出刘伯温所料，汉王陈友谅果然统兵倾巢而出，顺流东下，目的是趁虚直捣朱元璋的腹心 。但陈友谅鉴于上次伐吴在江东桥被朱元璋设计大败，用兵极度谨慎，没有挥军直捣应天（南京），而是集结所有兵力围攻洪都（今南昌），朱元璋的侄儿朱文正率孤军死守洪都长达85天之久，硬是抵住了陈友谅65万大军昼夜不停的进攻，不仅创造了古代军事史上的奇迹，还为朱元璋完成军事部署赢得了宝贵的时间。

陈友谅倾国而出却患得患失， 以全军围攻洪都（南昌）85天之久，因朱文正精血守城，陈军久攻不克，却死战不撤——这就给前期战略部署失误的朱元璋一个极其宝贵的调整纠错的机会。当年7月，朱元璋击退吕珍，从安丰腾出手来，亲率20万精锐主力驰援洪都，和陈友谅大军决战于鄱阳湖。彼时实力最强劲的两大枭雄在湖里、岸上激战了36天，朱元璋亲冒矢石，指挥军队与强大的陈军水陆师作战，几番遇险，差点丢了性命，最后胜利的天枰终于倾向了实力稍逊的他——鄱阳湖之战朱元璋以弱胜强击败陈友谅，陈军强大舰船几乎全部覆灭，将士死伤殆尽，陈友谅乘船逃跑时被一枚流矢射死，其子陈理在猛将张定边的掩护下仓惶逃回武昌......

鄱阳湖之战是元末乱世的一个大转折点，最后以陈友谅兵败身亡而告终。这一战局的结果，决定了未来天下大势的走向与归属。

紧接着，朱元璋趁势率大军东征张士诚，以破竹之势横扫周军，攻入平江（今苏州），大获全胜。张士诚兵败被俘。朱元璋亲自去看望已成阶下囚的大周皇帝张士诚（乳名九四），张九四知道老朱来看他，却闭眼不理不睬，不吭不哈；朱元璋集团的二号人物、首席谋臣李善长也好心去探望他，却被他劈头盖脸一顿臭骂，尴尬而退。朱元璋得知后怒火中烧， 令武士将他乱棍打死，将尸体浇上油架在柴堆上点火烧成灰烬。

《明史》记载，在讨伐张士诚大周政权时，朱元璋西吴政权发布了许多讨张檄文，还命人到处张贴布告 ，其中一些内容颇有意思。譬如，当时名义上还是龙凤集团中书右丞相的朱元璋，竟然直言不讳地声称“

“致使愚民，误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有，冀其治世，以苏其困，聚为烧香之党，根据汝、颖，蔓延河、洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士民，荼毒生灵，千端万状” 。

朱元璋指斥韩山童、刘福通等人用“妖术”蛊惑愚民，全盘否定龙凤政权，这标志着小明王的存在已经成为朱元璋建立新朝的绊脚石，于是小明王很快“自沉”瓜步江......

此后，朱元璋再也不提龙凤时代的往事，更绝口不提他曾臣服韩林儿的“秽事”，他自己不提还严禁臣下提及。他荡平张士诚后，曾在镇江西城竖起了一座纪念碑，后来因铭文上刻有龙凤年号而被他下令捣毁，所有元明的官修正史上更是把他和龙凤政权千丝万缕的瓜蔓、干系都清除得彻彻底底，干干净净。

此后，争天下的主题由神神叨叨、虚无缥缈的宗教迷信蛊惑，变成了冠冕堂皇却实实在在的民族革命和天下一统——

“盖我中国之民，天必命我中国之人以安之”！《明史》

此时的元王朝，早已被刘福通、张士诚、陈友谅、明玉珍等人摧毁大半， 随后又不断发生内乱，内有元顺帝妥欢帖木儿和其子爱猷识理达腊争权不休，外有扩廓帖木儿与孛罗帖木儿两大军头自相残杀，基本大势已去。朱元璋趁元廷内讧的有利时机，发动了北伐、南征，两路并举，命大将军徐达、大将常遇春统兵25万大举北伐，命大将何文辉、胡瑞庭、周德兴、杨璟等率军南征。

1368年初，徐达率北伐大军已经平定山东，逼近元大都，元顺帝携嫔妃仓惶北遁；南征军也已迫降占据福建的陈友定，兵锋直指岭南、西南。在一片欢呼声中，朱元璋于正月初四在应天府正式登基称帝，国号“大明”，建元“洪武”。此前他虽然下令禁止民间信仰弥勒教、明教、白莲教等所谓“邪教”，但最终还是以“明”为国号。

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